| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,507,753 | C→T | 17.4% | L273L (CTA→TTA) | yicI → | predicted alpha‑glucosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,507,753 | 0 | C | T | 17.4% | 170.3 / 27.8 | 69 | L273L (CTA→TTA) | yicI | predicted alpha‑glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/23); new base T (5/7); total (39/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
ACTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCGG > minE/2507686‑2507819 | aCTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGTCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTaa > 1:1115245/1‑71 (MQ=255)aCTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTaa > 1:1491345/1‑71 (MQ=255) cTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAAc < 1:1932895/71‑1 (MQ=255) cTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAAc < 1:349055/71‑1 (MQ=255) cTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAAc < 1:3310873/71‑1 (MQ=255) gATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCAc > 1:3769473/1‑71 (MQ=255) aTCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACt > 1:3764678/1‑71 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCa < 1:3494471/66‑1 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCa < 1:3271617/71‑1 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCa < 1:3633547/71‑1 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCa < 1:408733/71‑1 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCa < 1:3167750/71‑1 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCa < 1:2657798/71‑1 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCa < 1:2267723/71‑1 (MQ=255) tataCCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTaa > 1:2742405/1‑61 (MQ=255) ataCCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCAtt > 1:3562438/1‑70 (MQ=255) gCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTaccac > 1:1623989/1‑70 (MQ=255) gCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTaccac > 1:754870/1‑70 (MQ=255) gCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTacca > 1:510206/1‑69 (MQ=255) tACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAAc < 1:1083888/70‑1 (MQ=255) cTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTac < 1:268734/71‑1 (MQ=255) gtcgtcCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACt > 1:823025/1‑50 (MQ=255) gtcgtcCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTacgac > 1:2100129/1‑71 (MQ=255) gtcgtcCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTacgac > 1:2104586/1‑71 (MQ=255) gtcgtcCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCGTCGGCCTGTGGc > 1:2250473/1‑42 (MQ=255) gtcCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGc > 1:251614/1‑39 (MQ=255) cGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTGCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGc > 1:2609206/1‑70 (MQ=255) cGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGc > 1:2600418/1‑70 (MQ=255) cGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGc > 1:297672/1‑70 (MQ=255) cGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGc > 1:316057/1‑70 (MQ=255) cGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGc > 1:608595/1‑70 (MQ=255) ggCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTacgacg < 1:2024991/65‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTacgacg < 1:2027462/65‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTacgacg < 1:1227986/65‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAACCACTTCATTTACCACCAACTacgacg < 1:2911904/65‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGa > 1:246472/1‑71 (MQ=255) gcgcTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGa < 1:3377763/70‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGAc > 1:748309/1‑71 (MQ=255) ccgcccgcGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTaaa > 1:841540/1‑71 (MQ=255) cgcgTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCt > 1:3019704/1‑71 (MQ=255) cgcgTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCt > 1:1109094/1‑71 (MQ=255) cgcgTGGTCCTTAGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCt > 1:1545599/1‑71 (MQ=255) cgTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCttt < 1:1928543/71‑1 (MQ=255) gTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCGTTa > 1:2203225/1‑71 (MQ=255) gTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCGTTa > 1:2207828/1‑71 (MQ=255) tGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGa > 1:366157/1‑55 (MQ=255) ggTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTac < 1:1243477/44‑1 (MQ=255) ggTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTac < 1:3708946/44‑1 (MQ=255) cTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATg > 1:407212/1‑71 (MQ=255) cTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATg > 1:3460443/1‑71 (MQ=255) cTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATg > 1:1502042/1‑71 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACTAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATc < 1:2713459/66‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATc < 1:3031736/66‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATc < 1:3717877/66‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATc < 1:1784106/66‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATgg > 1:1688732/1‑71 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATgg > 1:3351696/1‑71 (MQ=255) ttCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATgg > 1:249057/1‑71 (MQ=255) tCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGCCGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATgg > 1:1889909/1‑70 (MQ=255) tCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAATCAGCTTTATCGATg > 1:2774618/1‑69 (MQ=255) ggCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTAt < 1:706522/71‑1 (MQ=255) gCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATg > 1:1728272/1‑71 (MQ=255) gCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATg > 1:683262/1‑71 (MQ=255) cTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATgg < 1:2268168/70‑1 (MQ=255) tgtgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCg > 1:1401913/1‑71 (MQ=255) tgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCgg < 1:1774158/70‑1 (MQ=255) tgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCgg > 1:2322469/1‑70 (MQ=255) tgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCgg > 1:258347/1‑70 (MQ=255) tgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCgg < 1:2787697/70‑1 (MQ=255) tgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCgg < 1:1242128/70‑1 (MQ=255) tgGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCgg < 1:939495/70‑1 (MQ=255) | ACTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCGG > minE/2507686‑2507819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |