| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,190,181 | T→A | 6.8% | L11I (TTA→ATA) ‡ | dcuD → | predicted transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,190,181 | 0 | T | A | 6.8% | 174.2 / 4.4 | 59 | L11I (TTA→ATA) ‡ | dcuD | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/22); new base A (2/2); total (35/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TTATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCT > minE/2190111‑2190250 | ttATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1393948/1‑71 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:4007684/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:3900263/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:3701407/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:2909154/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1531736/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1473582/1‑70 (MQ=255) aTGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTatt < 1:3776307/70‑1 (MQ=255) aTGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTatt < 1:4151583/70‑1 (MQ=255) ggATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTattaat > 1:3370805/1‑70 (MQ=255) ggATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTattaat < 1:1562751/70‑1 (MQ=255) ggATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTattaat > 1:18888/1‑70 (MQ=255) gACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGAt > 1:2770862/1‑71 (MQ=255) aCCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATg > 1:1367226/1‑71 (MQ=255) aCCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTAATTAATACGATg < 1:3160422/71‑1 (MQ=255) aCCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTAATTAATACGATg < 1:2704244/71‑1 (MQ=255) cGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATgg > 1:2230277/1‑70 (MQ=255) cGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATgg > 1:1895083/1‑70 (MQ=255) cGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATgg > 1:4502815/1‑70 (MQ=255) ttttCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCt < 1:3356607/71‑1 (MQ=255) ttCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTa < 1:1540648/70‑1 (MQ=255) ttCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTa < 1:189575/70‑1 (MQ=255) ttCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTAt > 1:4026291/1‑71 (MQ=255) ttCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTAt > 1:2163909/1‑71 (MQ=255) tCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTAt < 1:4061878/70‑1 (MQ=255) tCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCATATTAATTACGATGGGCTAt < 1:1172830/70‑1 (MQ=255) cTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTAttt > 1:3445576/1‑71 (MQ=255) tGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGa < 1:4503194/69‑1 (MQ=255) acGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTg > 1:3597108/1‑70 (MQ=255) gTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAAc < 1:3782378/71‑1 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:382108/1‑36 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:3655979/1‑36 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1927684/1‑36 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACg < 1:4136698/44‑1 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGa > 1:3523588/1‑45 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATgg > 1:1222916/1‑48 (MQ=255) caacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGc > 1:3221655/1‑50 (MQ=255) aacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACa < 1:1243918/71‑1 (MQ=255) aacaaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACa < 1:3099803/71‑1 (MQ=255) caaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTattaatta > 1:4476325/1‑39 (MQ=255) caaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTattaatta > 1:3611220/1‑39 (MQ=255) caaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACaaa > 1:155982/1‑71 (MQ=255) tGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:1982219/1‑61 (MQ=255) tGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaa > 1:261402/1‑60 (MQ=255) ttCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCt > 1:338400/1‑69 (MQ=255) cGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCCATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAgg > 1:1096751/1‑71 (MQ=255) ggCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAggt < 1:1315739/71‑1 (MQ=255) aTAATTATATCTGTCATCGTATTAATTCCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAggtgg < 1:132109/70‑1 (MQ=255) aTAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTa > 1:4343567/1‑38 (MQ=255) aTAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTa > 1:4740183/1‑38 (MQ=255) aTAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAggtggt < 1:1755122/71‑1 (MQ=255) aTAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAggtggt < 1:1760568/71‑1 (MQ=255) tAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAAc < 1:2539320/53‑1 (MQ=255) aaTTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgc > 1:4422425/1‑71 (MQ=255) aTTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgct > 1:2233840/1‑71 (MQ=255) aTTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgct > 1:588339/1‑71 (MQ=255) aTTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgct > 1:3994527/1‑71 (MQ=255) atatCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgctggc > 1:4001999/1‑71 (MQ=255) atatCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgctgg < 1:3334224/70‑1 (MQ=255) atatCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgctgg < 1:2067548/70‑1 (MQ=255) tatCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTgctggct < 1:3391490/71‑1 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:3934756/1‑40 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:575470/1‑40 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:50287/1‑40 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:259614/1‑40 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:4568277/1‑40 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGaaaaa > 1:2562021/1‑40 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCg < 1:4175433/69‑1 (MQ=255) tCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGc < 1:967005/70‑1 (MQ=255) cATCGTAATTAATACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAg > 1:544151/1‑71 (MQ=255) cATCGTAATTAATACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAg > 1:75181/1‑71 (MQ=255) tCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAgg < 1:4301903/51‑1 (MQ=255) tCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAgg < 1:4647297/51‑1 (MQ=255) tCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAgg > 1:3924192/1‑70 (MQ=255) gTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAggtg > 1:2448787/1‑51 (MQ=255) gTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAggtg > 1:3433747/1‑51 (MQ=255) ttaattaCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTc < 1:1865543/43‑1 (MQ=255) ttaattaCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTc < 1:1034260/43‑1 (MQ=255) ttaattaCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTc < 1:1139907/43‑1 (MQ=255) ttaattaCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCt < 1:2144217/70‑1 (MQ=255) ttaattaCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCt < 1:1447587/70‑1 (MQ=255) | TTATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCT > minE/2190111‑2190250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |