| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,429,321 | T→C | 5.5% | M88V (ATG→GTG) | wzzE ← | Entobacterial Common Antigen (ECA) polysaccharide chain length modulation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,429,321 | 0 | T | C | 5.5% | 332.2 / 8.1 | 109 | M88V (ATG→GTG) | wzzE | Entobacterial Common Antigen (ECA) polysaccharide chain length modulation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/50); new base C (3/3); total (56/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CACGAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCATATTCA > minE/2429251‑2429386 | cACGAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCAt < 1:3575069/71‑1 (MQ=255) aCGAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATg > 1:1051893/1‑71 (MQ=255) cGAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGt < 1:1701367/71‑1 (MQ=255) cGAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCACGt < 1:3160864/71‑1 (MQ=255) gAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGtt > 1:2208347/1‑71 (MQ=255) gAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGtt > 1:3234808/1‑71 (MQ=255) ggCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTg < 1:2796370/71‑1 (MQ=255) ggCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTg < 1:624393/71‑1 (MQ=255) gCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTg < 1:618784/70‑1 (MQ=255) ccAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa > 1:2168891/1‑71 (MQ=255) ccAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa > 1:2272773/1‑71 (MQ=255) ccAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa > 1:137579/1‑71 (MQ=255) ccAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa > 1:87860/1‑71 (MQ=255) ttGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa < 1:1150676/67‑1 (MQ=255) ttGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa < 1:322431/67‑1 (MQ=255) ttGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa < 1:857061/67‑1 (MQ=255) ttGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa < 1:463880/67‑1 (MQ=255) ttGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGa > 1:742018/1‑71 (MQ=255) ttGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGa < 1:2829217/71‑1 (MQ=255) tGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGa > 1:4060234/1‑70 (MQ=255) aTAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc > 1:58048/1‑71 (MQ=255) aTAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc < 1:4276156/71‑1 (MQ=255) aTAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc < 1:2153282/71‑1 (MQ=255) aTAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc > 1:4076249/1‑71 (MQ=255) aTAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc < 1:3243870/71‑1 (MQ=255) tAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCATAAGCCATGTTTg < 1:892349/60‑1 (MQ=255) tAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTg < 1:337718/60‑1 (MQ=255) tAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc < 1:4270610/70‑1 (MQ=255) aCAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACAt > 1:3260985/1‑67 (MQ=255) aCAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCa < 1:1997141/70‑1 (MQ=255) aCAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAg > 1:553805/1‑71 (MQ=255) aCAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAg > 1:298452/1‑71 (MQ=255) aCAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGCTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCa > 1:3532505/1‑70 (MQ=255) aaCTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGtt < 1:764132/71‑1 (MQ=255) aCTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGa > 1:4695773/1‑60 (MQ=255) ctctTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTAc > 1:3132181/1‑71 (MQ=255) tctTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACg > 1:3723902/1‑71 (MQ=255) tttATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc < 1:4669807/60‑1 (MQ=255) ttATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATc < 1:2443913/59‑1 (MQ=255) tataGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACg > 1:3556962/1‑52 (MQ=255) tataGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCaa > 1:3243393/1‑70 (MQ=255) ataGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCaaa < 1:4078904/70‑1 (MQ=255) gCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtg < 1:1209042/71‑1 (MQ=255) cTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGa < 1:2871602/43‑1 (MQ=255) cTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGa < 1:4003409/43‑1 (MQ=255) cTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGa < 1:494069/43‑1 (MQ=255) cTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGa < 1:730278/43‑1 (MQ=255) cTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGa < 1:2035764/43‑1 (MQ=255) cGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgc > 1:1668314/1‑71 (MQ=255) cGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctg < 1:1889847/70‑1 (MQ=255) gTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgct > 1:4586620/1‑71 (MQ=255) gTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgct > 1:3580322/1‑71 (MQ=255) gTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgct > 1:332200/1‑71 (MQ=255) gTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgct < 1:1412038/71‑1 (MQ=255) gTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgct > 1:1615695/1‑71 (MQ=255) gTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgct > 1:2024674/1‑71 (MQ=255) ccATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgctg < 1:1358037/70‑1 (MQ=255) cATGACCGATGGTTGGTCGGCATAAGCCATGTTTGAACGGACAtac > 1:4710212/1‑44 (MQ=255) cATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa > 1:2957861/1‑37 (MQ=255) cATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGaa > 1:44914/1‑37 (MQ=255) cATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgctgc < 1:913158/70‑1 (MQ=255) cATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgctgc < 1:872751/70‑1 (MQ=255) cATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgctgc > 1:2910881/1‑70 (MQ=255) gACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACa < 1:1557829/40‑1 (MQ=255) gACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAAtt < 1:2952656/59‑1 (MQ=255) gACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAg > 1:4584195/1‑70 (MQ=255) aCCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACAt > 1:3469636/1‑40 (MQ=255) aCCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACAt > 1:3693797/1‑40 (MQ=255) aCCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAg > 1:4034269/1‑69 (MQ=255) aTGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAatat < 1:188018/71‑1 (MQ=255) ggttggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgc > 1:926442/1‑54 (MQ=255) ggttggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgc > 1:715510/1‑54 (MQ=255) ggttggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgc > 1:2153837/1‑54 (MQ=255) ggttggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAata > 1:3841217/1‑68 (MQ=255) ggttggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAata > 1:301040/1‑68 (MQ=255) gttggtCGGCAGAAGCCACGTTTGAACGGACATCCa < 1:3573007/36‑1 (MQ=255) tggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgc > 1:1279577/1‑51 (MQ=255) tggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgc > 1:4548845/1‑51 (MQ=255) tggtCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgc > 1:2417074/1‑51 (MQ=255) tCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTaa < 1:1218848/60‑1 (MQ=255) tCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAg < 1:1755051/71‑1 (MQ=255) tCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAg > 1:4262127/1‑71 (MQ=255) tCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAg < 1:1763301/71‑1 (MQ=255) tCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAg > 1:1860027/1‑71 (MQ=255) ggCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtg < 1:1203449/45‑1 (MQ=255) ggCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAata > 1:4286269/1‑60 (MQ=255) ggCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGc < 1:2996172/70‑1 (MQ=255) ggCAGAAGCCACGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCa > 1:2870746/1‑71 (MQ=255) gCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATtgctgctgc < 1:4166751/51‑1 (MQ=255) gCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGc < 1:4449506/69‑1 (MQ=255) cAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCata < 1:161681/71‑1 (MQ=255) cAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCata < 1:4122928/71‑1 (MQ=255) gAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCATAtt > 1:3565958/1‑71 (MQ=255) gAAGCCACGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCaaaa < 1:349898/37‑1 (MQ=255) aaGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCaaaa < 1:2567078/36‑1 (MQ=255) aGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCATATTCa > 1:2086019/1‑71 (MQ=255) aGCCACGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAAt > 1:2155898/1‑37 (MQ=255) ccATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGa > 1:789854/1‑46 (MQ=255) ccATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGa > 1:1311749/1‑46 (MQ=255) ccATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGa > 1:4290149/1‑46 (MQ=255) | CACGAGGCCAGTTGCATAACAAACTCTTTATAGGCTTCGTCCATGACCGATGGTTGGTCGGCAGAAGCCATGTTTGAACGGACATCCAGGTTACGCAAAAATTGCTGCTGCGAGTAATATCCCCCCAGCATATTCA > minE/2429251‑2429386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |