| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,464,999 | G→A | 8.5% | E219E (GAG→GAA) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,464,999 | 0 | G | A | 8.5% | 333.8 / 15.2 | 106 | E219E (GAG→GAA) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/54); new base A (4/5); total (47/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGC > minE/2464929‑2465067 | aaGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAg > 1:2165477/1‑71 (MQ=255) gTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAgatgat > 1:3444992/1‑71 (MQ=255) tAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAtt > 1:3186124/1‑71 (MQ=255) aGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAtttt < 1:2561776/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAttt > 1:2665084/1‑69 (MQ=255) gCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTc < 1:4053179/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGTCCAAACCAGTTTCTCTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1892437/71‑1 (MQ=255) tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt > 1:3229136/1‑71 (MQ=255) tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAt > 1:1011043/1‑70 (MQ=255) tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAt > 1:1971062/1‑70 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:509070/69‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:1997682/69‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt < 1:261660/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:2360461/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt < 1:2292513/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:1309480/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:4256742/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCGGATTTTCATTCt < 1:2045384/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTAGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:3186632/1‑71 (MQ=255) tCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCt < 1:2839085/56‑1 (MQ=255) tCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:3754255/69‑1 (MQ=255) tCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGa < 1:2036765/70‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAgt < 1:4436849/53‑2 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGc < 1:2655385/53‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGc < 1:2388560/53‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:654281/67‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:4224973/67‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGa > 1:3273336/1‑68 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGAtt > 1:159969/1‑70 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTg < 1:2108013/71‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTg < 1:2102441/71‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTg < 1:1979820/71‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGACGGTGAGCTGATTTTCa > 1:2473610/1‑62 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGACGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:154939/67‑1 (MQ=255) aaaCCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGc < 1:1104878/71‑1 (MQ=255) aaCCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCt > 1:1807739/1‑71 (MQ=255) ccAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAttt > 1:1422812/1‑55 (MQ=255) gTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCt > 1:2906340/1‑71 (MQ=255) ttCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGt > 1:3826078/1‑71 (MQ=255) tCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTg > 1:3159068/1‑45 (MQ=255) tCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTg > 1:555292/1‑45 (MQ=255) cACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGtt < 1:4451963/70‑1 (MQ=255) cACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGtt < 1:2248924/70‑1 (MQ=255) tCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:3909304/48‑1 (MQ=255) tCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg > 1:2635796/1‑71 (MQ=255) tCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg > 1:514956/1‑71 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTc > 1:985076/1‑49 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTc > 1:3938101/1‑49 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTc > 1:133127/1‑49 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGa > 1:1956442/1‑52 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCgtg > 1:4747859/1‑71 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg < 1:2739454/69‑1 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg < 1:4102474/69‑1 (MQ=255) tttGCGACTGTTCTGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1176796/44‑1 (MQ=255) tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTct < 1:198091/44‑2 (MQ=255) tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1215752/44‑1 (MQ=255) tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:906678/44‑1 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:74925/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:3412248/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:2293332/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:3859644/2‑71 (MQ=255) tGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGtggtgg > 1:3777176/1‑71 (MQ=255) cGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTggtggt < 1:696204/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTTGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:3958726/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:1789411/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:4201384/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:1115985/71‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:64827/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:2488532/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:4328085/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:2154619/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGATACCGTGGTGGTCACAGt < 1:1632785/70‑1 (MQ=255) cGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTgg < 1:15451/70‑1 (MQ=255) ggTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt < 1:4606629/71‑1 (MQ=255) ggTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt > 1:16380/1‑71 (MQ=255) gTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGa < 1:1384777/69‑1 (MQ=255) aaCATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAg > 1:1712296/1‑63 (MQ=255) aCATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt < 1:743229/67‑1 (MQ=255) aCATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt < 1:2764699/67‑1 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:3447607/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:3078560/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:256207/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:3863304/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGa < 1:2361874/71‑1 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGa < 1:3911839/71‑1 (MQ=255) tGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTgg > 1:4203597/1‑62 (MQ=255) tGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTgg > 1:2334127/1‑62 (MQ=255) tATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt < 1:1362587/71‑1 (MQ=255) tATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt > 1:2402960/1‑71 (MQ=255) tGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGc > 1:1662452/1‑71 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGcc > 1:2085340/1‑70 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg > 1:3548770/1‑71 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg < 1:1048145/71‑1 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg < 1:1042453/71‑1 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg > 1:2321249/1‑71 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg > 1:2799251/1‑71 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTCAATGTGCCGTg > 1:3131664/1‑71 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGGCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg < 1:4360089/71‑1 (MQ=255) gTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg < 1:3695612/70‑1 (MQ=255) aGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGc < 1:3216128/70‑1 (MQ=255) | AAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGC > minE/2464929‑2465067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |