| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,465,011 | T→C | 8.5% | I223I (ATT→ATC) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,465,011 | 0 | T | C | 8.5% | 313.9 / 15.6 | 105 | I223I (ATT→ATC) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/44); new base C (4/5); total (56/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACA > minE/2464941‑2465078 | tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt > 1:3229136/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:1997682/69‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:509070/69‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:4256742/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:1309480/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt < 1:2292513/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:2360461/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt < 1:261660/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCGGATTTTCATTCt < 1:2045384/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTAGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:3186632/1‑71 (MQ=255) tgTCCAAACCAGTTTCTCTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:4628252/68‑1 (MQ=255) tCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:3754255/69‑1 (MQ=255) tCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGa < 1:2036765/70‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:654281/67‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTg < 1:4224973/67‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGa > 1:3273336/1‑68 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGAtt > 1:159969/1‑70 (MQ=255) cAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTg < 1:2102441/71‑1 (MQ=255) 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1:3592156/1‑70 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAt < 1:295231/51‑1 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtttt > 1:622970/1‑68 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTcc > 1:1887765/1‑70 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCca > 1:686469/1‑71 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCca > 1:2287400/1‑71 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCca > 1:1683319/1‑71 (MQ=255) cATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt > 1:2768369/1‑51 (MQ=255) cATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt > 1:2752542/1‑51 (MQ=255) cATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt > 1:994907/1‑51 (MQ=255) aTTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCcaca < 1:3039782/70‑1 (MQ=255) | TGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACA > minE/2464941‑2465078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |