| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,469,991 | C→G | 5.3% | Q325E (CAG→GAG) ‡ | atpD → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,469,991 | 0 | C | G | 5.3% | 370.6 / 7.5 | 112 | Q325E (CAG→GAG) ‡ | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/55); new base G (3/3); total (54/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTCAGCTGGACCCGCT > minE/2469922‑2470061 | gATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCa < 1:3408123/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACTCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:165944/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:2933339/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:3786272/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:4146390/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:419823/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:4550302/71‑1 (MQ=255) tgacttgactGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:3659978/70‑1 (MQ=255) cttgactGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATcg > 1:4001699/1‑71 (MQ=255) ttgactGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATcgc > 1:3997982/1‑71 (MQ=255) ctgacCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGtct < 1:3506926/71‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:85322/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:1611013/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:1752367/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:2921162/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTg > 1:3232864/1‑71 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTg > 1:2792014/1‑71 (MQ=255) cGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGt < 1:2862459/71‑1 (MQ=255) cGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGt < 1:3589691/71‑1 (MQ=255) gTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTa < 1:1819097/71‑1 (MQ=255) tcCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTAt > 1:3825130/1‑69 (MQ=255) tcCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATc > 1:4189031/1‑70 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGAt > 1:2130285/1‑52 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGAt > 1:3128941/1‑52 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATcgc > 1:4562971/1‑55 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATcgc > 1:376330/1‑55 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTa < 1:869574/70‑1 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTa < 1:2598282/70‑1 (MQ=255) cGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTa < 1:150178/70‑1 (MQ=255) ggCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTa < 1:244764/69‑1 (MQ=255) gCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTg < 1:3428217/60‑1 (MQ=255) gCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTg < 1:4256067/60‑1 (MQ=255) gCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTAccc < 1:105299/71‑1 (MQ=255) gCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTAccc < 1:4720782/71‑1 (MQ=255) cAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCg < 1:3161384/71‑1 (MQ=255) cAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCg < 1:4189578/71‑1 (MQ=255) aaCCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCgg > 1:4063829/1‑71 (MQ=255) caccTTTGCGCACCTTGACGGAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATcg > 1:206391/1‑47 (MQ=255) caccTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCg > 1:735537/1‑71 (MQ=255) caccTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCg > 1:2829053/1‑71 (MQ=255) caccTTCGCCCACCTGGACTCGACCGTCGTTCTGTCGCGTGACATCGCATCGCTGGGTATCTACCCTGcgg > 1:4025323/1‑69 (MQ=255) caccTTCGCCCACCTGGACTCGACCGTCGTTCTGTCGCGTGACATCGCATCGCTGGGTATCTACCCTGcgg > 1:2501833/1‑69 (MQ=255) caccTTCGCCCACCTGGACTCGACCGTCGTTCTGTCGCGTGACATCGCATCGCTGGGTATCTACCCTGcgg > 1:3415904/1‑69 (MQ=255) accTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTAt > 1:2342622/1‑59 (MQ=255) accTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCTGGCCGt < 1:1108/71‑1 (MQ=255) accTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGt < 1:4736167/71‑1 (MQ=255) ccTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGtt > 1:1017555/1‑71 (MQ=255) ccTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGtt < 1:3585632/71‑1 (MQ=255) ccTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGtt < 1:2324941/71‑1 (MQ=255) ccTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTATGGGTATCTACCCGGCCGtt < 1:1707410/71‑1 (MQ=255) cTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTa > 1:3475372/1‑60 (MQ=255) cTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTAc > 1:2893327/1‑61 (MQ=255) cTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTg < 1:2410584/71‑1 (MQ=255) cTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATATAc > 1:1254073/1‑61 (MQ=255) ttGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGt > 1:511006/1‑45 (MQ=255) ttGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGt > 1:1676958/1‑45 (MQ=255) ttGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGt > 1:25921/1‑45 (MQ=255) ttGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGAc > 1:2247333/1‑71 (MQ=255) tGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCt > 1:1432523/1‑56 (MQ=255) gcgcACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGAcc < 1:728405/70‑1 (MQ=255) gcgcACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGAcc < 1:2577269/70‑1 (MQ=255) cgcACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGAccc < 1:3554573/70‑1 (MQ=255) ccACCTGGACGCGACCGTCGTACTGTCCCGTGACATCGCCTCGCTGGGTATCTACCCCGCGGTCGACCCGc < 1:3967805/70‑1 (MQ=255) ccACCTGGACGCGACCGTCGTACTGTCCCGTGACATCGCCTCGCTGGGTATCTACCCCGCGGTCGACCCGc < 1:759270/70‑1 (MQ=255) cACCTGGACGCGACCGTCGTACTGTCCCGTGACATCGCCTCGCTGGGTATCTACCCCGCGGTCGACCCGc < 1:83372/70‑1 (MQ=255) aCCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:3237960/43‑1 (MQ=255) aCCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTg > 1:360219/1‑71 (MQ=255) aCCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTg > 1:3383060/1‑71 (MQ=255) aCCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTg < 1:2977417/71‑1 (MQ=255) ccTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCt > 1:1975031/1‑69 (MQ=255) ttGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCg > 1:253635/1‑65 (MQ=255) ttGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCg > 1:1244383/1‑65 (MQ=255) tGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTa > 1:2251103/1‑44 (MQ=255) tGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTa > 1:1885760/1‑44 (MQ=255) tGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACt > 1:3280172/1‑71 (MQ=255) tGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACt > 1:1984961/1‑71 (MQ=255) aCGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTcc < 1:4084956/71‑1 (MQ=255) cGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTg < 1:1570183/64‑1 (MQ=255) cAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTccac > 1:395314/1‑70 (MQ=255) aaCCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTccac > 1:1038244/1‑69 (MQ=255) aCCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAg < 1:3378230/71‑1 (MQ=255) ccGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGc > 1:1132770/1‑71 (MQ=255) tGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGt > 1:3083266/1‑71 (MQ=255) gTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTc < 1:3932433/70‑1 (MQ=255) gTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTc < 1:4330114/70‑1 (MQ=255) gTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTc < 1:2704942/70‑1 (MQ=255) gTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTc < 1:2988030/70‑1 (MQ=255) tACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTc < 1:2963858/69‑1 (MQ=255) tACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTCAg < 1:3365512/71‑1 (MQ=255) tGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCTGCCGTTGACCCGCt > 1:3114619/1‑49 (MQ=255) tGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCt > 1:2881687/1‑49 (MQ=255) tGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCt > 1:2733773/1‑49 (MQ=255) tGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCt > 1:3048460/1‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |