| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,728,325 | C→T | 29.0% | L188L (CTG→TTG) | kefB → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,728,325 | 0 | C | T | 29.0% | 196.5 / 101.1 | 124 | L188L (CTG→TTG) | kefB | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/39); new base T (15/21); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCTTC > minE/2728255‑2728395 | ggCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGc > 1:4004862/1‑71 (MQ=255) gCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCt < 1:3038630/71‑1 (MQ=255) gTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTgg < 1:1248576/71‑1 (MQ=255) ttAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTgg > 1:1958692/1‑70 (MQ=255) ttAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTgg > 1:2032013/1‑70 (MQ=255) gTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGt < 1:117866/70‑1 (MQ=255) gTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGt < 1:2196777/70‑1 (MQ=255) gTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGt < 1:2756529/70‑1 (MQ=255) gTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGt < 1:481275/70‑1 (MQ=255) gTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGt < 1:1668670/70‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGttt < 1:4320486/71‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGttt < 1:912259/71‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGttt < 1:3427001/71‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGttt < 1:1488257/71‑1 (MQ=255) ccGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGt < 1:4092419/71‑1 (MQ=255) ccGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGt < 1:2085322/71‑1 (MQ=255) gttgttGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCg < 1:704608/71‑1 (MQ=255) ttgttgGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCg < 1:3761481/70‑1 (MQ=255) ttgttgGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCg < 1:3291432/70‑1 (MQ=255) gttgGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:2334209/1‑71 (MQ=255) ttgGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCa < 1:1034112/70‑1 (MQ=255) ggCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTg > 1:1674177/1‑62 (MQ=255) ggCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGt > 1:3491603/1‑63 (MQ=255) gCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCt < 1:3618055/71‑1 (MQ=255) gCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCt < 1:3116637/71‑1 (MQ=255) gggTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGAt < 1:4548515/71‑1 (MQ=255) gggTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGAt < 1:3655077/71‑1 (MQ=255) ggTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGAtt > 1:4126502/1‑71 (MQ=255) tCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCgg > 1:4291567/1‑59 (MQ=255) ggCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCt > 1:4267438/1‑63 (MQ=255) ggCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATtggtg > 1:4756657/1‑71 (MQ=255) gACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCgg < 1:3109168/53‑1 (MQ=255) gACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCAt < 1:904460/56‑1 (MQ=255) gACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCAt < 1:1284580/56‑1 (MQ=255) gACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGgc > 1:4482991/1‑70 (MQ=255) aCGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATtgg < 1:405755/64‑1 (MQ=255) aCGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATtgg < 1:3453481/64‑1 (MQ=255) aCGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATtgg < 1:3016653/64‑1 (MQ=255) cGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCt < 1:2754107/71‑1 (MQ=255) aaCATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGAtt < 1:2642564/59‑1 (MQ=255) aCATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAtt > 1:930486/1‑71 (MQ=255) aCATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAtt > 1:1505892/1‑71 (MQ=255) aCATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAtt < 1:2619226/71‑1 (MQ=255) aCATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTGTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAtt < 1:1760077/71‑1 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAttt < 1:4223074/71‑1 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAttt < 1:3818698/71‑1 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAttt < 1:2255593/71‑1 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCg < 1:2458220/39‑1 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAtt > 1:23475/1‑70 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAtt > 1:2102934/1‑70 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTAGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAttt < 1:4419212/71‑1 (MQ=255) cATTTCGACTGGATGAAGATCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAttt < 1:1052619/71‑1 (MQ=255) tttCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGt < 1:4193282/38‑1 (MQ=255) tttCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTAc > 1:2249488/1‑71 (MQ=255) tttCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTAc > 1:4174726/1‑71 (MQ=255) ttCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACt > 1:472485/1‑71 (MQ=255) tCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGc > 1:2226782/1‑48 (MQ=255) tCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGc > 1:3673333/1‑48 (MQ=255) tCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTa > 1:3203874/1‑68 (MQ=255) tCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACt > 1:4054077/1‑70 (MQ=255) cGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTAc > 1:3017051/1‑68 (MQ=255) gACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCgg < 1:44990/41‑1 (MQ=255) gACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCgg < 1:2834015/41‑1 (MQ=255) gACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCgg < 1:677891/41‑1 (MQ=255) gACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCgg < 1:1048344/41‑1 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:46886/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:1343123/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:1434140/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:137352/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCa > 1:2152464/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCa > 1:4611934/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCa > 1:754987/1‑41 (MQ=255) cTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTc > 1:650915/1‑71 (MQ=255) tGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:3773264/1‑40 (MQ=255) tGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCa > 1:3778617/1‑40 (MQ=255) tGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGgcgc < 1:2444831/57‑1 (MQ=255) gATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTcc < 1:1355655/69‑1 (MQ=255) aTGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCgg > 1:3647121/1‑70 (MQ=255) tGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTa > 1:3090361/1‑71 (MQ=255) aaGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTAtt < 1:1249359/71‑1 (MQ=255) aaGGTCGGCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTAt > 1:3636501/1‑70 (MQ=255) cGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATtg > 1:1577828/1‑38 (MQ=255) cGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCt > 1:1025582/1‑71 (MQ=255) ggCATGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCt < 1:2147162/70‑1 (MQ=255) ggCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATtgg < 1:1777690/38‑1 (MQ=255) aTGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTAt > 1:1336354/1‑71 (MQ=255) aTGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTAt > 1:1674590/1‑71 (MQ=255) tGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGc < 1:924302/65‑1 (MQ=255) tGAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGc < 1:1302970/65‑1 (MQ=255) gAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTAttt < 1:746480/45‑1 (MQ=255) gAAGGTGTTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTg > 1:1522754/1‑71 (MQ=255) gAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTg > 1:2331670/1‑71 (MQ=255) aaGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGTGTCCGGTa > 1:4342631/1‑57 (MQ=255) aaGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTg > 1:4694314/1‑70 (MQ=255) aaGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTg < 1:1879216/70‑1 (MQ=255) gTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTc > 1:3927987/1‑57 (MQ=255) gTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGc > 1:63916/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTa > 1:3927581/1‑40 (MQ=255) gCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCtt > 1:2037417/1‑71 (MQ=255) cTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCgg < 1:3649803/49‑1 (MQ=255) | GGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCTTC > minE/2728255‑2728395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |