| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,816,539 | T→A | 7.6% | I66N (ATT→AAT) | soxR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,816,539 | 0 | T | A | 7.6% | 338.7 / 14.9 | 116 | I66N (ATT→AAT) | soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/64); new base A (7/2); total (50/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CGGCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGAAA > minE/2816471‑2816609 | cGGCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTg < 1:1745542/71‑1 (MQ=255) ggCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTgg < 1:2250602/71‑1 (MQ=255) ggCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTgg < 1:606576/71‑1 (MQ=255) ggCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTg < 1:3501255/70‑1 (MQ=255) aaTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAt < 1:3247449/71‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:3404956/71‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:2294321/71‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTc > 1:4184713/1‑71 (MQ=255) gcggcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGc < 1:892457/71‑1 (MQ=255) gcggcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGc < 1:3182895/71‑1 (MQ=255) cggcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:3962990/71‑1 (MQ=255) cggcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:1739344/71‑1 (MQ=255) gcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTgg > 1:3038447/1‑71 (MQ=255) gcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTgg > 1:993060/1‑71 (MQ=255) cgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGGAATGCCAATACGCt < 1:2426283/68‑1 (MQ=37) gATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCg < 1:3154233/71‑1 (MQ=255) atatAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGGAATGCCAATACGCTga > 1:1699343/1‑67 (MQ=37) atatAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGGAATGCCAATACGCTga > 1:1348754/1‑67 (MQ=37) atatAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGGAATGCCAATACGCTga > 1:3644334/1‑67 (MQ=37) atatAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGGAATGCCAATACGCTga > 1:2180643/1‑67 (MQ=37) atatAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGGAATGCCAATACGCTga > 1:1452552/1‑67 (MQ=37) tataAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGAc < 1:1445250/71‑1 (MQ=255) ataAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGAc > 1:2902641/1‑70 (MQ=255) taAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGAc < 1:2869539/69‑1 (MQ=255) taAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGAc < 1:3927895/69‑1 (MQ=255) taAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGAc < 1:188270/69‑1 (MQ=255) cGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTgg > 1:221581/1‑71 (MQ=255) tGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGAc < 1:3361642/63‑1 (MQ=255) tGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTg < 1:4675041/71‑1 (MQ=255) tGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTg < 1:4437178/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCa > 1:462443/1‑63 (MQ=255) aTGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCa > 1:4597438/1‑63 (MQ=255) aTGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCa > 1:3543787/1‑63 (MQ=255) aTGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCa > 1:3431427/1‑63 (MQ=255) tgtTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTgg > 1:2597219/1‑64 (MQ=255) tgtTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGc < 1:1096635/70‑1 (MQ=255) tgtTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGc < 1:3903629/70‑1 (MQ=255) ttGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:2938746/70‑1 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAGTTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt < 1:1674947/70‑1 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTAtt > 1:2206936/1‑37 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTAtt > 1:802392/1‑37 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt < 1:3252420/70‑1 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt < 1:3247130/70‑1 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt < 1:3718858/70‑1 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt < 1:1138087/70‑1 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTg > 1:2437854/1‑71 (MQ=255) gCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTg > 1:2904828/1‑71 (MQ=255) gATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:36939/46‑1 (MQ=255) gATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:2866789/46‑1 (MQ=255) gATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:1673822/46‑1 (MQ=255) gATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:4285634/46‑1 (MQ=255) tatGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGaa > 1:4260634/1‑60 (MQ=255) atGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGc > 1:2476349/1‑42 (MQ=255) atGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGc > 1:2611073/1‑42 (MQ=255) atGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGc > 1:4180570/1‑42 (MQ=255) gTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGtt > 1:922133/1‑71 (MQ=255) gTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGtt > 1:1462798/1‑71 (MQ=255) ttGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGtt < 1:487457/70‑1 (MQ=255) ttGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGtt < 1:2802024/70‑1 (MQ=255) ttGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTg < 1:3378946/71‑1 (MQ=255) tGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGaa > 1:571953/1‑55 (MQ=255) tGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGaa > 1:2567705/1‑55 (MQ=255) tGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt < 1:652564/61‑1 (MQ=255) cAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:3544557/37‑1 (MQ=255) aaTTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTgg < 1:3089782/60‑1 (MQ=255) aTTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGtt < 1:2952674/56‑1 (MQ=255) ttATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCg < 1:2054037/53‑1 (MQ=255) ttATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGccc > 1:500093/1‑68 (MQ=255) ttATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCg > 1:4112973/1‑69 (MQ=255) aTCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGt > 1:1854805/1‑45 (MQ=255) aTCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGt > 1:2702532/1‑45 (MQ=255) aTCAAAATTGCTCAGCGAATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGtt > 1:3025554/1‑53 (MQ=255) tCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAgg < 1:4009570/70‑1 (MQ=255) tCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAgg < 1:3315565/70‑1 (MQ=255) tCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAgg < 1:1572869/70‑1 (MQ=255) aaaaTTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCa > 1:2778356/1‑71 (MQ=255) aaaaTTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCAATGGTGAAGc > 1:2256273/1‑47 (MQ=255) aaaTTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:1397786/48‑1 (MQ=255) aaaTTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:3309037/48‑1 (MQ=255) aTTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt > 1:2899979/1‑48 (MQ=255) gCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGtt < 1:2036813/71‑1 (MQ=255) gCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGtt < 1:3019254/71‑1 (MQ=255) cTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGtt > 1:776002/1‑70 (MQ=255) cTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGtt > 1:4602721/1‑70 (MQ=255) cTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGt < 1:1315135/69‑1 (MQ=255) cAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAg > 1:924809/1‑71 (MQ=255) tATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:913273/35‑1 (MQ=255) tATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:1253436/35‑1 (MQ=255) tATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:195150/35‑1 (MQ=255) tATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGt < 1:3417716/35‑1 (MQ=255) ttGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt > 1:379828/1‑35 (MQ=255) ttGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGttt > 1:3286082/1‑35 (MQ=255) ttGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGaaa < 1:1597260/71‑1 (MQ=255) ttGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGaaa < 1:4388410/71‑1 (MQ=255) ttGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGa > 1:4401115/1‑69 (MQ=255) ttGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGa > 1:1860263/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |