| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,187,540 | G→A | 12.5% | G10R (GGG→AGG) | yeaI → | predicted diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,187,540 | 0 | G | A | 12.5% | 248.2 / 22.6 | 89 | G10R (GGG→AGG) | yeaI | predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/36); new base A (5/6); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
TACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTG > minE/1187476‑1187605 | tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:3949582/1‑71 (MQ=255)tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:2429614/1‑71 (MQ=255) aCATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAtt > 1:4226744/1‑71 (MQ=255) aCATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:1128665/1‑70 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:867098/1‑71 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:4688129/1‑71 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:3933330/1‑71 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTAATCtt > 1:141262/1‑71 (MQ=255) 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TACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTG > minE/1187476‑1187605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |