BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,763,540	A→G	9.3%	noncoding (304/1542 nt)	rrsG ←	16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,763,540	0	A	G	9.3%	322.8 / 22.0	118	noncoding (304/1542 nt)	rrsG	16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/52); new base G (6/5); total (61/57)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01

Only 100 of 118 total aligned reads displayed.

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTG  >  minE/1763502‑1763609

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:3628801/1‑71 (MQ=32)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:1004722/70‑1 (MQ=14)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:3898091/70‑1 (MQ=14)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:3034851/1‑71 (MQ=17)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:2319412/1‑71 (MQ=17)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:1921084/1‑71 (MQ=17)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:1858234/1‑71 (MQ=17)

  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     <  1:3639358/71‑1 (MQ=34)

  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     <  1:233993/71‑1 (MQ=34)

  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     <  1:4079601/71‑1 (MQ=34)

    tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     >  1:1961792/1‑69 (MQ=35)

      tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc                                 >  1:696638/1‑71 (MQ=21)

      tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc                                 >  1:4731660/1‑71 (MQ=21)

       ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                >  1:1883677/1‑71 (MQ=21)

        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg                                  <  1:3369704/68‑1 (MQ=35)

        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:4644394/70‑1 (MQ=35)

        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc                                 <  1:2686093/69‑1 (MQ=25)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                              >  1:2474083/1‑71 (MQ=34)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTAGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGcctt                              >  1:2495741/1‑69 (MQ=11)

          ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt                             <  1:428441/71‑1 (MQ=21)

          ccGTGTCTCAGGTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt                             <  1:3223644/71‑1 (MQ=21)

           cGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTa                            >  1:3741835/1‑71 (MQ=34)

           cGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTa                            >  1:1308849/1‑71 (MQ=34)

             tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                          >  1:3395388/1‑71 (MQ=34)

             tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                          >  1:1681201/1‑71 (MQ=34)

             tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                          >  1:2500466/1‑71 (MQ=34)

             tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc                           <  1:3859730/70‑1 (MQ=25)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                       <  1:3593602/56‑1 (MQ=33)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcccc                        <  1:2069517/71‑1 (MQ=34)

                ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGCCCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       >  1:4619897/1‑71 (MQ=255)

                ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       >  1:498195/1‑71 (MQ=34)

                ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       >  1:253058/1‑71 (MQ=21)

                ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       >  1:4199549/1‑71 (MQ=21)

                ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       >  1:4425631/1‑71 (MQ=21)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:1898411/53‑1 (MQ=31)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:4190246/53‑1 (MQ=31)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     >  1:936094/1‑56 (MQ=35)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc                           >  1:2042295/1‑66 (MQ=35)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      >  1:43676/1‑71 (MQ=34)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     >  1:3434126/1‑56 (MQ=255)

                 tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc                           >  1:3139172/1‑66 (MQ=25)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcacc                     <  1:2180373/70‑1 (MQ=11)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTgg                                      >  1:3943943/1‑53 (MQ=35)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc                     >  1:2318077/1‑70 (MQ=35)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       <  1:3678858/68‑1 (MQ=35)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       <  1:3415938/68‑1 (MQ=35)

                   aGTTCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTAGGCCTTTACCcca                       <  1:4298232/68‑1 (MQ=11)

                    gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                   >  1:961651/1‑71 (MQ=38)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  <  1:1765458/71‑1 (MQ=39)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  <  1:891497/71‑1 (MQ=39)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:3224348/57‑1 (MQ=255)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:4511650/57‑1 (MQ=255)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:4560797/57‑1 (MQ=255)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:4663587/57‑1 (MQ=255)

                     ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:1138459/57‑1 (MQ=255)

                      tCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  >  1:3579975/1‑70 (MQ=255)

                      tCCAGTGTGGCTAGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  >  1:2180233/1‑70 (MQ=255)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  >  1:1457435/1‑69 (MQ=40)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  >  1:3785609/1‑69 (MQ=40)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                              >  1:3342261/1‑57 (MQ=255)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                              >  1:3198613/1‑57 (MQ=255)

                           tgtgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTAcctc                        >  1:930577/1‑57 (MQ=11)

                           tgtgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTAcctc                        >  1:3970019/1‑57 (MQ=11)

                           tgtgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTAcctc                        >  1:3933247/1‑57 (MQ=11)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:1535058/43‑1 (MQ=32)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:2212591/43‑1 (MQ=32)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:1184927/43‑1 (MQ=32)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:3611651/43‑1 (MQ=32)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:716173/43‑1 (MQ=32)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa            <  1:561457/71‑1 (MQ=255)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa            <  1:3040396/71‑1 (MQ=255)

                           tgtgGCTGGGCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:1203898/43‑1 (MQ=12)

                             tgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAAt          <  1:74407/71‑1 (MQ=11)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:3979733/70‑1 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:1324711/70‑1 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt          <  1:2810103/71‑1 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:3389987/70‑1 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt          >  1:3116563/1‑71 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt          >  1:1558553/1‑71 (MQ=255)

                              ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt          <  1:3099215/70‑1 (MQ=255)

                              ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      <  1:1067824/58‑1 (MQ=255)

                              ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      <  1:3381600/58‑1 (MQ=255)

                              ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      <  1:3971345/58‑1 (MQ=255)

                              ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      <  1:222373/58‑1 (MQ=255)

                               gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAATca        <  1:4369799/71‑2 (MQ=11)

                               gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAATca        <  1:1849771/71‑2 (MQ=11)

                               gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAATca        <  1:327476/71‑2 (MQ=11)

                               gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc        <  1:1848359/71‑1 (MQ=255)

                               gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc        <  1:1108347/71‑1 (MQ=255)

                               gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc        >  1:3053221/1‑71 (MQ=255)

                               gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc        >  1:2479877/1‑71 (MQ=255)

                                cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:4217589/1‑39 (MQ=37)

                                cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:2308789/1‑39 (MQ=37)

                                cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:4061959/1‑39 (MQ=37)

                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca                       >  1:3643056/1‑54 (MQ=35)

                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:662157/70‑1 (MQ=255)

                                   gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa            <  1:21607/63‑1 (MQ=255)

                                   gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCa      <  1:3785622/69‑1 (MQ=255)

                                    tCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGGCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa            <  1:896226/62‑1 (MQ=255)

                                     cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCAATCTg  >  1:1240109/1‑71 (MQ=255)

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTG  >  minE/1763502‑1763609

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`