| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,344:1 | +A | 16.9% | intergenic (+112/‑1667) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,344 | 1 | . | A | 16.9% | 167.7 / 44.2 | 59 | intergenic (+112/‑1667) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/31); new base A (5/5); total (23/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
ATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCG > minE/2571277‑2571411 | attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:2119564/70‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa < 1:1232140/71‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa < 1:2225942/71‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:85200/1‑71 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:2182597/1‑71 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:418124/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:2254309/1‑70 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATg < 1:3533469/70‑1 (MQ=255) tttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAg < 1:2502571/70‑1 (MQ=255) tGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgtg < 1:2389877/70‑1 (MQ=255) gCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgtgt > 1:1360047/1‑70 (MQ=255) atatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTAct < 1:2694549/71‑1 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGctct < 1:175902/70‑1 (MQ=255) aCTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCa < 1:3027968/70‑1 (MQ=255) aCTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCa < 1:1985376/70‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCAtt < 1:2485622/71‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:1637292/1‑52 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTg < 1:2992931/69‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGa > 1:2008979/1‑71 (MQ=255) aTTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGGGTGCTCTCATTGGAt < 1:2791507/71‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:909931/48‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:1884285/48‑1 (MQ=255) aGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:2105731/1‑48 (MQ=255) cTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtttttt < 1:51191/71‑1 (MQ=255) cTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtttttt < 1:1809107/71‑1 (MQ=255) cTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtttttt < 1:1410050/71‑1 (MQ=255) tCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgt > 1:1241951/1‑49 (MQ=255) tCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgt > 1:2625243/1‑49 (MQ=255) gtgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑t > 1:1733264/3‑42 (MQ=12) gtgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑Tg > 1:2571275/3‑43 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATc > 1:466854/1‑71 (MQ=255) gatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTAAAGAAGTTc > 1:2962167/1‑39 (MQ=9) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCg < 1:1035998/71‑1 (MQ=255) tgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATcc > 1:602030/1‑71 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:334079/1‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc < 1:833991/70‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTc > 1:1663272/3‑67 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:1699436/68‑1 (MQ=255) ccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTga < 1:2002593/69‑2 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTACCCGTCTTGATc < 1:681628/71‑1 (MQ=255) atttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1204721/2‑71 (MQ=255) ttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTg > 1:1385251/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTgt > 1:3859165/1‑70 (MQ=255) tatTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:2954658/46‑1 (MQ=255) tatTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTAACCGTCTTGTTCTGCCGc < 1:1658843/70‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:2701468/70‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:3677991/70‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATga < 1:2009661/71‑1 (MQ=255) gcaTGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa < 1:3193494/45‑1 (MQ=255) gcaTGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa < 1:3041316/45‑1 (MQ=255) tATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc > 1:779794/1‑57 (MQ=255) tATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGa > 1:2418661/1‑67 (MQ=255) aTGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATgag < 1:3209317/70‑1 (MQ=255) tGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGAc > 1:355609/1‑71 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:209001/70‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:3269259/70‑1 (MQ=255) aataaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtat < 1:257301/70‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata < 1:2815788/70‑1 (MQ=255) taaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACa > 1:13632/1‑71 (MQ=255) aaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACAt > 1:3522116/1‑71 (MQ=255) gTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACAtcg < 1:1944225/71‑1 (MQ=255) | ATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCG > minE/2571277‑2571411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |