| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,082 | T→C | 10.8% | I23I (ATT→ATC) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,082 | 0 | T | C | 10.8% | 300.7 / 22.4 | 111 | I23I (ATT→ATC) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/47); new base C (5/7); total (57/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCA > minE/218012‑218152 | tAATGAATGAAGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACAtt > 1:2290569/1‑71 (MQ=255) aatgaatgAAGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTg > 1:3231337/1‑71 (MQ=255) atgaatgaAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGc < 1:1563068/71‑1 (MQ=255) atgaaGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGAACATTGCTAt > 1:602004/1‑70 (MQ=255) gacgacTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAatat > 1:3281020/1‑71 (MQ=255) gacgacTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAatat > 1:121127/1‑71 (MQ=255) gacgacTACAAAATAAGAAGAGGGAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAatat > 1:492523/1‑71 (MQ=255) acgacTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAatat > 1:1630863/1‑70 (MQ=255) 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1:3589853/53‑1 (MQ=255) gaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg < 1:3688200/71‑1 (MQ=255) aagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACAtt < 1:2948928/43‑1 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTg < 1:3535227/43‑1 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTg < 1:83172/43‑1 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:1311194/1‑70 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:3544892/1‑70 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGt < 1:2237575/71‑1 (MQ=255) gagGAAATGCAGAAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:468475/1‑71 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTg < 1:2126842/41‑1 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTAt < 1:148946/71‑1 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTATCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTAt > 1:2042261/1‑71 (MQ=255) 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1:3221078/1‑71 (MQ=255) cagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATAtttt < 1:2420735/43‑1 (MQ=255) cagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAggg > 1:3282911/1‑71 (MQ=255) agAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGt > 1:3746727/1‑71 (MQ=255) agAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt < 1:2851185/60‑1 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTg < 1:3005782/42‑1 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGAc > 1:514160/1‑44 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:3291412/1‑45 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGt > 1:3750623/1‑70 (MQ=255) aaTTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt > 1:106149/1‑70 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAatat < 1:1912676/35‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATAtttt > 1:360415/1‑38 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGAc > 1:910615/1‑41 (MQ=255) 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ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg > 1:3125694/1‑52 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:3720397/1‑71 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt > 1:845740/1‑57 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt > 1:2014333/1‑57 (MQ=255) | TAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCA > minE/218012‑218152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |