| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,097 | G→A | 15.0% | L28L (TTG→TTA) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,097 | 0 | G | A | 15.0% | 349.9 / 44.5 | 140 | L28L (TTG→TTA) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/58); new base A (11/10); total (72/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTAC > minE/218031‑218166 | cAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:2679737/1‑70 (MQ=255)cAAAATAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACg > 1:1025623/1‑70 (MQ=255)cAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:1587024/1‑70 (MQ=255)cAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGa < 1:3178782/71‑1 (MQ=255) aaaaTAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGaa > 1:2943575/1‑71 (MQ=255) aaaTAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAAt > 1:2080023/1‑71 (MQ=255) aaaTAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAAt > 1:2635144/1‑71 (MQ=255) aTAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATga > 1:746633/1‑71 (MQ=255) tAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag < 1:1561891/71‑1 (MQ=255) aagaagAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag > 1:1398727/1‑70 (MQ=255) agaagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgata < 1:629809/70‑3 (MQ=255) agaagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgata < 1:3797051/70‑3 (MQ=255) agaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgaga < 1:953943/70‑1 (MQ=255) gaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg < 1:3688200/71‑1 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:3544019/1‑70 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:1311194/1‑70 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGt < 1:2237575/71‑1 (MQ=255) gagGAAATGCAGAAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:468475/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:3921119/1‑71 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc < 1:3688807/70‑1 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc < 1:1024937/70‑1 (MQ=255) ttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:1830179/70‑1 (MQ=255) ttCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:618225/70‑1 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:3424510/1‑36 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:3892707/1‑36 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt > 1:814337/1‑69 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTa < 1:709753/70‑1 (MQ=255) aGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCa < 1:346821/50‑1 (MQ=255) gggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:1177408/1‑61 (MQ=255) gggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCa < 1:1375320/54‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg > 1:1663374/1‑61 (MQ=255) gATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc < 1:3494260/71‑1 (MQ=255) aTACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCg < 1:2167799/71‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:2105306/70‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaa < 1:1962751/71‑1 (MQ=255) ggCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaaa < 1:818590/71‑1 (MQ=255) ggCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:715268/69‑1 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:2000860/71‑1 (MQ=255) cacaTTGCTATTATTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:91430/1‑70 (MQ=255) caTCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:1898900/57‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg < 1:3178609/53‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAgg < 1:1036586/39‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc < 1:1063705/71‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc < 1:1390508/71‑1 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:3720397/1‑71 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt > 1:845740/1‑57 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt > 1:2014333/1‑57 (MQ=255) gCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa < 1:552225/70‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt < 1:2649186/55‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg > 1:1260558/1‑71 (MQ=255) cTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg > 1:3834812/1‑71 (MQ=255) tATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:3537645/70‑1 (MQ=255) aTTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:130959/1‑71 (MQ=255) aTTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTATGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:2790156/1‑71 (MQ=255) ttAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa < 1:966734/70‑1 (MQ=255) ttAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:270869/49‑1 (MQ=255) tAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt > 1:1340150/1‑46 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:35280/1‑68 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:3335187/1‑68 (MQ=255) aaTATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:1241869/1‑68 (MQ=255) atatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa < 1:3094054/48‑1 (MQ=255) atatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAg < 1:1122330/70‑1 (MQ=255) atatTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa < 1:21122/63‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:1273849/36‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:2992649/59‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:2666338/56‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACa < 1:3529269/68‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:3083070/70‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:3439000/70‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCTGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:2653340/51‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:3313834/51‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:3496166/51‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc < 1:1151720/59‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc > 1:1118617/1‑71 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc < 1:1755981/71‑1 (MQ=255) ttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTa > 1:2226934/1‑71 (MQ=255) ttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTa > 1:3356191/1‑71 (MQ=255) gACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTAc < 1:1429119/70‑1 (MQ=255) | CAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTAC > minE/218031‑218166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |