| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,106 | G→T | 70.3% | E31D (GAG→GAT) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,106 | 0 | G | T | 70.3% | 107.9 / 110.3 | 118 | E31D (GAG→GAT) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/16); new base T (36/47); total (55/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCA > minE/218036‑218175 | aagaagAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag > 1:1398727/1‑70 (MQ=255) agaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgaga < 1:953943/70‑1 (MQ=255) agaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgaga < 1:35170/70‑1 (MQ=255) gaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg < 1:3688200/71‑1 (MQ=255) agagGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:3544019/1‑70 (MQ=255) gagGAAATGCAGAAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:468475/1‑71 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTAt < 1:148946/71‑1 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTATCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTAt > 1:2042261/1‑71 (MQ=255) agGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt > 1:2218775/1‑71 (MQ=255) ggAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTAtt > 1:590098/1‑71 (MQ=255) aaaTGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:3004111/1‑63 (MQ=255) aaaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGt < 1:2092416/66‑1 (MQ=255) aatgcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc > 1:1713405/4‑69 (MQ=255) gcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGc < 1:357132/71‑1 (MQ=255) cagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAggg > 1:3282911/1‑71 (MQ=255) agAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt < 1:2851185/60‑1 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGt > 1:3750623/1‑70 (MQ=255) aaTTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt > 1:106149/1‑70 (MQ=255) 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(MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:2000860/71‑1 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:3701228/71‑1 (MQ=255) cacaTTGCTATTATTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:91430/1‑70 (MQ=255) cacaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagc < 1:2067929/71‑1 (MQ=255) caTCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:1048425/57‑1 (MQ=255) caTCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:1898900/57‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg < 1:3178609/53‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAgg < 1:1036586/39‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc < 1:1063705/71‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc < 1:1390508/71‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg > 1:3125694/1‑52 (MQ=255) tcgCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa > 1:3359388/3‑57 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:3720397/1‑71 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt > 1:845740/1‑57 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATg > 1:3278508/1‑57 (MQ=255) gCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa < 1:552225/70‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt < 1:2649186/55‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg > 1:1260558/1‑71 (MQ=255) cTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg > 1:3834812/1‑71 (MQ=255) tATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:3537645/70‑1 (MQ=255) aTTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc > 1:932122/1‑55 (MQ=255) aTTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:130959/1‑71 (MQ=255) 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atatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAg < 1:1122330/70‑1 (MQ=255) atatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAg > 1:3891349/1‑70 (MQ=255) atatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:2011799/1‑57 (MQ=255) atatTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa < 1:21122/63‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:1273849/36‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:2992649/59‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:2666338/56‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACa < 1:3529269/68‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:3083070/70‑1 (MQ=255) tatTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGaa < 1:1368838/71‑1 (MQ=255) atTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATg > 1:2987773/1‑48 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |