| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,143,545 | A→T | 5.5% | D663V (GAT→GTT) | katE → | hydroperoxidase HPII(III) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,143,545 | 0 | A | T | 5.5% | 293.8 / 4.3 | 103 | D663V (GAT→GTT) | katE | hydroperoxidase HPII(III) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/47); new base T (2/4); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGAT > minE/1143475‑1143614 | gTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGa < 1:587959/71‑1 (MQ=255) cTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATg < 1:736622/69‑1 (MQ=255) tgaggATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCgg > 1:1662025/4‑71 (MQ=255) tGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCgg > 1:2064319/1‑71 (MQ=255) gACGGTACGGTGTTGCCTATAGACGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGt > 1:376588/1‑71 (MQ=255) acggtacggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGt < 1:340751/70‑1 (MQ=255) cggtacggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTcc > 1:953043/1‑71 (MQ=255) cggtacggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTcc > 1:108477/1‑71 (MQ=255) acggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCt > 1:454591/1‑69 (MQ=255) acggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTg > 1:3854935/1‑71 (MQ=255) cggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTcc > 1:3290680/1‑66 (MQ=255) cggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTcc > 1:1633361/1‑66 (MQ=255) cggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGc > 1:2989637/1‑71 (MQ=255) cggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGc < 1:563993/71‑1 (MQ=255) cggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGc < 1:809284/71‑1 (MQ=255) ggtGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg < 1:3098561/71‑1 (MQ=255) ggcgtTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg < 1:1465336/68‑1 (MQ=255) gtgtTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCgg < 1:1210278/71‑1 (MQ=255) tgtTGCCTATAGCCGCTACCTTT‑CCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGTTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCa < 1:2487835/71‑1 (MQ=255) ttGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTc < 1:3249926/60‑1 (MQ=255) ttGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCaa > 1:1096628/1‑71 (MQ=255) tGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCaa > 1:896664/1‑70 (MQ=255) tGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCaa > 1:1322347/1‑70 (MQ=255) cTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCt < 1:2399863/59‑1 (MQ=255) cTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCt < 1:2464721/59‑1 (MQ=255) cTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg < 1:2247942/63‑1 (MQ=255) cTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg < 1:1646553/63‑1 (MQ=255) ataGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcgc > 1:3938871/1‑71 (MQ=255) ataGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcg > 1:1003187/1‑70 (MQ=255) taGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGTTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcg < 1:3073025/69‑1 (MQ=255) taGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAata < 1:3703417/66‑1 (MQ=255) taGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcgcg < 1:2083762/71‑1 (MQ=255) taGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcgc < 1:1758391/70‑1 (MQ=255) taGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcg < 1:811772/69‑1 (MQ=255) aGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGt > 1:2621795/1‑45 (MQ=255) aGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcgcg > 1:1941384/1‑70 (MQ=255) gCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATc > 1:3013752/1‑66 (MQ=255) gCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGa > 1:543527/1‑71 (MQ=255) cGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGata < 1:1097046/71‑1 (MQ=255) cGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGat < 1:2043117/70‑1 (MQ=255) gCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcgcg > 1:2698103/1‑66 (MQ=255) gCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGatat > 1:1221474/1‑71 (MQ=255) gCTACCTTTGCCGGAGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGatat > 1:3745422/1‑71 (MQ=255) aCCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGc > 1:3650964/1‑71 (MQ=255) ccTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGc < 1:2613138/70‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg > 1:579409/1‑48 (MQ=255) ttGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGa > 1:3275630/1‑70 (MQ=255) tGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCaa > 1:3706485/1‑51 (MQ=255) tGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGa < 1:3816233/69‑1 (MQ=255) tGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGAc < 1:2494268/70‑1 (MQ=255) gCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACa < 1:3432476/70‑1 (MQ=255) ccGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACaa < 1:3322232/70‑1 (MQ=255) ccGGTGCACCTTCGCTGACGGGCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTg < 1:3410900/66‑1 (MQ=255) cGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACg < 1:217202/71‑1 (MQ=255) cGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACg < 1:2554514/71‑1 (MQ=255) gTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTcc < 1:3788372/36‑1 (MQ=255) gTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGc < 1:718715/71‑1 (MQ=255) tGCACCTTCGCTGACGGTCGTTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGc > 1:2624326/1‑70 (MQ=255) tGCACCTTCGCTGACGGTCGTTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGc > 1:2628929/1‑70 (MQ=255) tGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcg < 1:1390782/50‑1 (MQ=255) tGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACggag < 1:2706087/71‑3 (MQ=255) tGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCg < 1:2147884/71‑1 (MQ=255) gCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGAc > 1:3287948/1‑63 (MQ=255) gCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAAc < 1:3081843/66‑1 (MQ=255) cACCTTCGCTGACGGTCGATGCTGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGa < 1:443542/70‑1 (MQ=255) cACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGa < 1:837152/70‑1 (MQ=255) cACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGa < 1:1868160/70‑1 (MQ=255) cACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGa < 1:777522/70‑1 (MQ=255) cACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGAt > 1:2673785/1‑71 (MQ=255) aCCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGa < 1:3102003/69‑1 (MQ=255) ccTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGAc < 1:1956601/60‑1 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGTTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGc < 1:1530763/38‑1 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGTTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGc < 1:1516701/38‑1 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGa < 1:772147/49‑1 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGc < 1:1133525/65‑1 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGcc < 1:2951574/71‑1 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGc > 1:2497835/1‑70 (MQ=255) cTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGc > 1:1965165/1‑70 (MQ=255) ttCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGcc > 1:3736500/1‑70 (MQ=255) ttCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGcc > 1:1098534/1‑70 (MQ=255) ttCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGcc > 1:1486700/1‑70 (MQ=255) ttCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGc > 1:1649675/1‑69 (MQ=255) gCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGat < 1:3122689/46‑1 (MQ=255) gACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCt < 1:1019933/49‑1 (MQ=255) gACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAactac > 1:3655841/1‑70 (MQ=255) gACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAactac > 1:3386086/1‑70 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCaa > 1:514467/1‑65 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAActacta > 1:2356067/1‑71 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAActacta > 1:2432438/1‑71 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAActacta > 1:780566/1‑71 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAActacta > 1:3534792/1‑71 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAActacta > 1:3877417/1‑71 (MQ=255) aCGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATAGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAActacta > 1:758740/1‑71 (MQ=255) ggTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCt < 1:2243030/46‑1 (MQ=255) tCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACtactac > 1:683646/1‑68 (MQ=255) tCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACtactac > 1:1555437/1‑68 (MQ=255) tCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTg < 1:2138950/71‑1 (MQ=255) gATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGa < 1:649251/70‑1 (MQ=255) gATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGa < 1:1344323/70‑1 (MQ=255) gATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGAt > 1:1360689/1‑71 (MQ=255) | GTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGAT > minE/1143475‑1143614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |