| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,211,331 | C→G | 10.6% | Q7H (CAG→CAC) ‡ | cspC ← | stress protein, member of the CspA‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,211,331 | 0 | C | G | 10.6% | 232.0 / 14.8 | 85 | Q7H (CAG→CAC) ‡ | cspC | stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/46); new base G (6/3); total (36/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAGA > minE/1211265‑1211399 | cacaTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGAc < 1:2904577/71‑1 (MQ=255)cacaTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGAc > 1:3287333/1‑71 (MQ=255) acaTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCt < 1:2200473/67‑1 (MQ=255) aaaTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGAc > 1:263882/3‑70 (MQ=255) gtCTTTGCTGCCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCtt > 1:1462865/2‑71 (MQ=255) aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCtt < 1:1820088/71‑1 (MQ=255) cTTTGCTGCCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCtt > 1:2838813/1‑69 (MQ=255) cTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCttt > 1:3855000/1‑70 (MQ=255) tgctgcCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATc > 1:2031568/1‑71 (MQ=255) tgctgcCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATc > 1:2793454/1‑71 (MQ=255) tgctgcCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATc > 1:1210538/1‑71 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCtt < 1:1277899/71‑1 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCtt < 1:501487/71‑1 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCtt < 1:83884/71‑1 (MQ=255) cATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGcc < 1:3587172/71‑1 (MQ=255) aTCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGa > 1:2382057/1‑55 (MQ=255) aTCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCa < 1:3058124/71‑1 (MQ=255) tCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt < 1:1016430/71‑1 (MQ=255) tCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt < 1:2182732/71‑1 (MQ=255) ttccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCTTAGACAtc > 1:2289156/3‑69 (MQ=255) aGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAttt < 1:3669882/71‑1 (MQ=255) aGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAttt > 1:2278971/1‑71 (MQ=255) aGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAtt < 1:992184/70‑1 (MQ=255) tccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCtt < 1:2279505/54‑1 (MQ=16) gCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTg < 1:3357793/71‑1 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTaa < 1:1532320/57‑1 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTaa < 1:131685/57‑1 (MQ=255) gAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt < 1:1934341/64‑1 (MQ=255) aGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGAc < 1:2600584/47‑1 (MQ=255) aGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa < 1:1373721/71‑1 (MQ=255) gTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGATAAAt > 1:2332611/1‑71 (MQ=255) tAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTg < 1:174917/43‑1 (MQ=255) tAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAAtt < 1:354049/71‑1 (MQ=255) tAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAAt < 1:1242601/70‑1 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAttt > 1:3767160/1‑61 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc > 1:901757/1‑71 (MQ=255) aGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAg < 1:1061082/71‑1 (MQ=255) gCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGa < 1:1836371/71‑1 (MQ=255) cAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGact > 1:1847833/1‑69 (MQ=255) cAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGAt > 1:446508/1‑70 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAttt > 1:3183931/1‑53 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTg > 1:3707406/1‑71 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTg < 1:1081798/71‑1 (MQ=255) aaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCt < 1:1876481/63‑1 (MQ=255) aCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGttt > 1:582833/1‑71 (MQ=255) ccTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCttt > 1:3533376/1‑42 (MQ=255) ccTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtttt < 1:3845560/71‑1 (MQ=255) ccTTTAGAATCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtttt < 1:42467/71‑1 (MQ=255) cTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtttt < 1:2472973/70‑1 (MQ=255) ttAGACTCGTTGAAGCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttct > 1:3740998/1‑70 (MQ=255) ttAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCt < 1:1715342/37‑1 (MQ=255) ttAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCt < 1:2574013/37‑1 (MQ=255) ttAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttct > 1:3428869/1‑70 (MQ=255) aGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttcttc < 1:724211/70‑1 (MQ=255) gACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCg < 1:1204728/70‑1 (MQ=255) cTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTc < 1:3792746/50‑1 (MQ=255) tCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa > 1:1745581/1‑46 (MQ=255) tCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaa < 1:363604/44‑1 (MQ=255) tCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGa > 1:3587630/1‑42 (MQ=255) tCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc < 1:667791/50‑1 (MQ=255) tCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg > 1:3434377/1‑71 (MQ=255) tCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg > 1:441598/1‑71 (MQ=255) cGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGcc < 1:3821576/35‑1 (MQ=255) cGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg > 1:1961516/1‑70 (MQ=255) gTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg < 1:3833906/69‑1 (MQ=255) gTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg < 1:3703480/69‑1 (MQ=255) gTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg < 1:2703936/69‑1 (MQ=255) gTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGc < 1:2039115/70‑1 (MQ=255) gTTGAACCACTTAACCTGACCGTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCtt > 1:754489/1‑50 (MQ=255) tGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCtt > 1:2735142/1‑48 (MQ=255) tGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCAGCAgg > 1:1399468/1‑71 (MQ=255) aaCCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaa < 1:469350/39‑1 (MQ=255) aCCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCAt < 1:1029865/71‑1 (MQ=255) aCCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCAt < 1:441365/71‑1 (MQ=255) cACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATaa > 1:775355/1‑71 (MQ=255) aCTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAAt < 1:3922925/37‑1 (MQ=255) aCTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAAt < 1:1792903/37‑1 (MQ=255) cTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc < 1:2978015/39‑1 (MQ=255) cTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACa < 1:2811411/71‑1 (MQ=255) ttAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTa < 1:1976685/41‑1 (MQ=255) tAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCtt > 1:3848967/1‑39 (MQ=255) tAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCtt > 1:2065428/1‑39 (MQ=255) aaCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtt > 1:2070148/1‑46 (MQ=255) aaCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACa > 1:3951056/1‑68 (MQ=255) aCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACa > 1:2403371/1‑67 (MQ=255) ccTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAGa > 1:1116986/1‑70 (MQ=255) | CACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAGA > minE/1211265‑1211399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |