| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,361 | G→A | 16.5% | S521S (AGC→AGT) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,361 | 0 | G | A | 16.5% | 265.3 / 37.8 | 109 | S521S (AGC→AGT) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/44); new base A (14/4); total (61/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGC > minE/1259291‑1259429 | acacGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTg < 1:2929217/71‑1 (MQ=255) cacGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGc < 1:544249/71‑1 (MQ=255) gTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt > 1:2098813/1‑69 (MQ=255) gTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTg > 1:3067295/1‑70 (MQ=255) gTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGt < 1:504385/71‑1 (MQ=255) atCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGt < 1:1807957/70‑1 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:188086/71‑1 (MQ=255) cAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTaa > 1:165247/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAt < 1:2587043/71‑1 (MQ=255) aaaaTCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAAt < 1:337808/71‑1 (MQ=255) aaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAt > 1:1249524/1‑70 (MQ=255) aTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAc < 1:1778016/71‑1 (MQ=255) aTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAc < 1:470536/71‑1 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAcc > 1:3105599/1‑71 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAcc > 1:513725/1‑71 (MQ=255) cGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCg > 1:3200162/1‑71 (MQ=255) cGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCg > 1:3768493/1‑71 (MQ=255) cGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCg > 1:151080/1‑71 (MQ=255) gTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCgg > 1:455261/1‑71 (MQ=255) gTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCg > 1:746990/1‑70 (MQ=255) gTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCg > 1:128098/1‑70 (MQ=255) aCGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTc < 1:2202681/70‑1 (MQ=255) cgcgCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCAt < 1:1215971/71‑1 (MQ=255) gcgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:3400514/1‑71 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:3452958/1‑71 (MQ=255) cTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATc < 1:397559/58‑1 (MQ=255) tCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGc > 1:1738389/1‑49 (MQ=255) aaaTTGCTGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAg < 1:921377/70‑1 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAg > 1:1433139/1‑69 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:1517939/71‑1 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc > 1:3544148/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:2405667/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:3029568/1‑71 (MQ=255) gCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:3250342/1‑64 (MQ=255) aaCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa < 1:2219828/50‑1 (MQ=255) aaCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:2682738/61‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt < 1:1403782/61‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:231363/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATAACCGGTCATAGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:531696/1‑70 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATCCTGGTTGCTGTAATCAc > 1:791073/1‑42 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:926415/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGATCAAACGa < 1:828043/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3004255/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3891486/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2783061/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCa > 1:454530/1‑36 (MQ=19) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCa > 1:2650871/1‑36 (MQ=19) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCa > 1:3555863/1‑36 (MQ=19) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGTTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:3010057/1‑71 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGt < 1:1314366/41‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:412213/45‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:1062837/45‑1 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCAtgg > 1:3190134/1‑43 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:1256085/1‑67 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:2397924/1‑67 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3578712/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:2750524/1‑69 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc < 1:1701252/56‑1 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:1514050/70‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagt > 1:1730518/1‑71 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:771381/1‑42 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:282319/1‑42 (MQ=255) tCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaa > 1:1632711/1‑61 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:2029917/1‑69 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:1577647/59‑1 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:3494622/59‑1 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:3951101/70‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:2068752/1‑49 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3708710/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:3490521/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:1764250/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:2901012/1‑71 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3646008/63‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:851301/68‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTAAAACGATGTGGTGATCg > 1:1511245/1‑71 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:888718/1‑62 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:1710461/1‑62 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:1728536/1‑71 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:1309532/53‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:1157681/53‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:2305141/71‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:1563468/1‑53 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:3484133/71‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:2131078/1‑71 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCCCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:3065910/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:879018/1‑70 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc > 1:1187059/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:554875/1‑48 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:654891/1‑48 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:3498616/71‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGa < 1:1297889/70‑1 (MQ=255) tGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:3649842/1‑71 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:2851295/45‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:1706173/64‑1 (MQ=255) gTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCt < 1:3651623/70‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:775258/43‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:3681445/71‑1 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:3219384/1‑44 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:2812286/1‑54 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc > 1:485677/1‑70 (MQ=255) | ACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGC > minE/1259291‑1259429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |