| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,382 | C→G | 12.7% | L514F (TTG→TTC) ‡ | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,382 | 0 | C | G | 12.7% | 266.1 / 23.5 | 102 | L514F (TTG→TTC) ‡ | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/50); new base G (9/4); total (48/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTC > minE/1259316‑1259448 | aaaTTGCTGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAg < 1:921377/70‑1 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAg > 1:1433139/1‑69 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:1517939/71‑1 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc > 1:3544148/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:3029568/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:2405667/1‑71 (MQ=255) gCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:3250342/1‑64 (MQ=255) aaCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:2682738/61‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt < 1:1403782/61‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:231363/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATAACCGGTCATAGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:531696/1‑70 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:926415/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGATCAAACGa < 1:828043/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2783061/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3004255/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3891486/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:3640263/1‑68 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGTTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:3010057/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:1256085/1‑67 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:2397924/1‑67 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3578712/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:2453958/71‑3 (MQ=255) cTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:2750524/1‑69 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc < 1:1701252/56‑1 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:1514050/70‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagt > 1:1730518/1‑71 (MQ=255) tCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaa > 1:1632711/1‑61 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:2029917/1‑69 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:1577647/59‑1 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:3494622/59‑1 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:3951101/70‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:2068752/1‑49 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:1764250/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:2901012/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:3490521/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3708710/71‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3646008/63‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:851301/68‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTAAAACGATGTGGTGATCg > 1:1511245/1‑71 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:888718/1‑62 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:1710461/1‑62 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:1728536/1‑71 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:1157681/53‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:1309532/53‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:2305141/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:440249/71‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:1359624/1‑53 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:1563468/1‑53 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:3484133/71‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:2131078/1‑71 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTa > 1:2015190/1‑70 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCCCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:3065910/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:879018/1‑70 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc > 1:1187059/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:554875/1‑48 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:654891/1‑48 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:3498616/71‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGa < 1:1297889/70‑1 (MQ=255) tGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:3649842/1‑71 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:1706173/64‑1 (MQ=255) gTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCt < 1:3651623/70‑1 (MQ=255) gTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCt < 1:670249/70‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:775258/43‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:3681445/71‑1 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:3219384/1‑44 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:2812286/1‑54 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc > 1:485677/1‑70 (MQ=255) tGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat > 1:2243716/1‑61 (MQ=255) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg < 1:1234843/40‑3 (MQ=12) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg < 1:579505/40‑3 (MQ=12) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCgtgt < 1:651053/69‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTAAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt < 1:3591683/70‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:3419571/1‑37 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:910408/1‑37 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:2418865/1‑37 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:3201752/1‑49 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg < 1:2956475/71‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg < 1:1248448/71‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg < 1:1115627/70‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg < 1:3196282/70‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtgg < 1:893133/39‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:414599/52‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:1112067/52‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat > 1:2661348/1‑55 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg < 1:1824082/71‑1 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCAATGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg < 1:2243354/71‑1 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCAATGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg < 1:2247962/71‑1 (MQ=255) ccGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt < 1:3402585/48‑1 (MQ=255) ccGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg > 1:1778397/1‑70 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGctgctg < 1:2006740/71‑1 (MQ=255) tCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGctgctg > 1:2345131/1‑69 (MQ=255) tCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCg < 1:1443494/71‑1 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCt < 1:568241/51‑1 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCgg < 1:2437101/70‑1 (MQ=255) cGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt > 1:3351536/1‑40 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:2897809/42‑1 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:810004/42‑1 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:1177999/42‑1 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt > 1:1121058/1‑55 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:984884/1‑69 (MQ=255) | AAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTC > minE/1259316‑1259448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |