| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,400 | C→A | 10.4% | S508S (TCG→TCT) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,400 | 0 | C | A | 10.4% | 367.4 / 15.6 | 115 | S508S (TCG→TCT) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/63); new base A (8/4); total (48/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGACGA > minE/1259330‑1259470 | cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:231363/1‑71 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:926415/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGATCAAACGa < 1:828043/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3004255/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2783061/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3891486/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:3640263/1‑68 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGTTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:3010057/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:2397924/1‑67 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3578712/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:2750524/1‑69 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:1514050/70‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagt > 1:1730518/1‑71 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:2029917/1‑69 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:3951101/70‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3708710/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:2901012/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:3490521/1‑71 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:3646008/63‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:851301/68‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTAAAACGATGTGGTGATCg > 1:1511245/1‑71 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:888718/1‑62 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag > 1:1710461/1‑62 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:1728536/1‑71 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:440249/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:2305141/71‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:3484133/71‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:2131078/1‑71 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:879018/1‑70 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc > 1:1187059/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:654891/1‑48 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:554875/1‑48 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGa < 1:1297889/70‑1 (MQ=255) tGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:3649842/1‑71 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:2851295/45‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:1706173/64‑1 (MQ=255) gTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCt < 1:670249/70‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:775258/43‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:3681445/71‑1 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:3219384/1‑44 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:2812286/1‑54 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc > 1:485677/1‑70 (MQ=255) tGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat > 1:2243716/1‑61 (MQ=255) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg < 1:579505/40‑3 (MQ=12) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg < 1:1234843/40‑3 (MQ=12) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCgtgt < 1:651053/69‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTAAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt < 1:3591683/70‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:3419571/1‑37 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:910408/1‑37 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAt > 1:2418865/1‑37 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:3201752/1‑49 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg < 1:2956475/71‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg < 1:1248448/71‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg < 1:3196282/70‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg < 1:1115627/70‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtgg < 1:893133/39‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:414599/52‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:1112067/52‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat > 1:2661348/1‑55 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg < 1:1824082/71‑1 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCAATGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg < 1:2243354/71‑1 (MQ=255) ccGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg > 1:1778397/1‑70 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGctgctg < 1:2006740/71‑1 (MQ=255) tCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGctgctg > 1:2345131/1‑69 (MQ=255) tCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCg < 1:1443494/71‑1 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCgg < 1:2437101/70‑1 (MQ=255) cGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt > 1:3351536/1‑40 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:1177999/42‑1 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt > 1:1121058/1‑55 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:984884/1‑69 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGt < 1:3757382/70‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTa < 1:1667782/71‑1 (MQ=255) gTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:2549912/41‑1 (MQ=255) gTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:2081782/64‑1 (MQ=255) cATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:186100/1‑40 (MQ=255) cATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCAt > 1:2670112/1‑71 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCa < 1:3443548/63‑1 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCAt < 1:968221/70‑1 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCAt < 1:963602/70‑1 (MQ=255) ttGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg < 1:3704852/48‑1 (MQ=255) tGCGCTCAAACGATGTGGTGATTGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCa < 1:1277633/61‑1 (MQ=255) tGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCAtt > 1:3429913/1‑69 (MQ=255) gcTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:1467441/56‑1 (MQ=255) cTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:3060993/36‑1 (MQ=255) cTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:2893957/36‑1 (MQ=255) tCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTa < 1:2397941/59‑1 (MQ=255) cAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt > 1:1264807/1‑38 (MQ=255) cAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAac > 1:2352645/1‑70 (MQ=255) cAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAac > 1:1237950/1‑70 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctg > 1:1085691/1‑44 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAacga > 1:1039694/1‑71 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAacga > 1:24823/1‑71 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAacga > 1:2272371/1‑71 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAacg < 1:1459019/70‑1 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAac < 1:1330685/69‑1 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAac < 1:1325967/69‑1 (MQ=255) aaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTcc < 1:289387/52‑1 (MQ=255) aCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAacgacg < 1:2406392/71‑1 (MQ=255) cGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAg < 1:1949146/62‑1 (MQ=255) cGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAAcgacga < 1:3197898/71‑1 (MQ=255) | CAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGACGA > minE/1259330‑1259470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |