| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,274,778 | G→A | 56.4% | S30N (AGC→AAC) | yodA → | conserved metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,274,778 | 0 | G | A | 56.4% | 18.2 / 75.5 | 62 | S30N (AGC→AAC) | yodA | conserved metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/14); new base A (17/18); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
CTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCGAA > minE/1274711‑1274845 | cTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGccc > 1:3516014/1‑71 (MQ=255) gTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCt > 1:1361709/1‑70 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt < 1:1987942/70‑1 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt > 1:1650612/1‑70 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATTGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTaa < 1:2954019/70‑1 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGccc > 1:3009664/1‑66 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTaa < 1:3073162/70‑1 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTaa < 1:1275480/70‑1 (MQ=255) tAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACagag > 1:996128/1‑71 (MQ=255) tATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACaga > 1:108986/1‑60 (MQ=255) tATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCg < 1:3047156/65‑1 (MQ=255) tATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCg < 1:3525898/65‑1 (MQ=255) tATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACaa > 1:3074407/1‑70 (MQ=255) tATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACaa > 1:2039517/1‑70 (MQ=255) aTTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACaaa < 1:1784109/70‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAg < 1:3531307/70‑1 (MQ=255) ttAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAgg < 1:314351/57‑1 (MQ=255) tAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAgg < 1:3509402/56‑1 (MQ=255) gcgcTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgctgct < 1:1945159/71‑1 (MQ=255) cgcTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACagag > 1:2179429/1‑52 (MQ=255) cgcTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACagag > 1:3733605/1‑52 (MQ=255) gcTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGt > 1:389105/1‑53 (MQ=255) tCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgctgct < 1:1253062/67‑1 (MQ=255) tCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgctgct < 1:2467113/67‑1 (MQ=255) tGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAgg > 1:3629677/1‑47 (MQ=255) gCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGgtgt > 1:3005496/1‑71 (MQ=255) ccTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt < 1:1727624/37‑1 (MQ=255) ccTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt < 1:1174486/37‑1 (MQ=255) ccTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt < 1:2656863/37‑1 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACATGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttt > 1:1229385/1‑71 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttt < 1:893046/71‑1 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGt > 1:2743868/1‑45 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGt > 1:2396802/1‑45 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgct > 1:2871457/1‑58 (MQ=255) ttttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttt < 1:1261781/70‑1 (MQ=255) tttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATg > 1:1820106/1‑63 (MQ=255) tttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGtttt > 1:1670335/1‑70 (MQ=255) ttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt < 1:1662344/70‑1 (MQ=255) tCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTaa > 1:399553/1‑59 (MQ=255) tCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtg < 1:2434071/70‑1 (MQ=255) cGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtga < 1:3660921/70‑1 (MQ=255) cATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTaa < 1:2187225/56‑1 (MQ=255) ggTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGtttt < 1:1417726/62‑1 (MQ=255) ggTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTATTTGATGATGc > 1:327652/1‑71 (MQ=255) ggTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGc > 1:1176395/1‑71 (MQ=255) tcatcaCTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCa < 1:2219689/71‑1 (MQ=255) tcatcaCTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCa < 1:798183/71‑1 (MQ=255) catcaCTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCa < 1:2196581/70‑1 (MQ=255) tcactcacACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgat < 1:95512/61‑1 (MQ=255) tcactcacACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACaaaa > 1:283073/1‑39 (MQ=255) cactcacACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttt < 1:1133880/55‑1 (MQ=255) actcacACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgc > 1:2207955/1‑40 (MQ=255) actcacACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTgatgat > 1:1824328/1‑62 (MQ=255) actcacACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTa > 1:3168626/1‑71 (MQ=255) acacGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgatga > 1:708457/1‑57 (MQ=255) acacGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtga > 1:1169517/1‑54 (MQ=255) acacGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACaa < 1:3355476/70‑1 (MQ=255) cacGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACaa < 1:2858214/69‑1 (MQ=255) acGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAAc < 1:3595332/71‑1 (MQ=255) cGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt > 1:1513178/1‑49 (MQ=255) ggCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCg < 1:3876879/71‑1 (MQ=255) cAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCGaa > 1:2869556/1‑71 (MQ=255) | CTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCGAA > minE/1274711‑1274845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |