| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,300,414 | A→G | 30.6% | I237I (ATT→ATC) | yeeA ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,300,414 | 0 | A | G | 30.6% | 73.1 / 48.0 | 62 | I237I (ATT→ATC) | yeeA | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/25); new base G (11/8); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
CGAAATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTC > minE/1300344‑1300481 | cGAAATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTa < 1:3555272/71‑1 (MQ=255) tGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGt < 1:1164000/71‑1 (MQ=255) tGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGt < 1:266440/71‑1 (MQ=255) gCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCt < 1:287015/71‑1 (MQ=255) gCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTc < 1:1933990/70‑1 (MQ=255) cTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTg < 1:331271/71‑1 (MQ=255) gcgcGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAAt < 1:2491434/60‑1 (MQ=255) gcgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCt > 1:97159/1‑71 (MQ=255) gcgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCt < 1:3541236/71‑1 (MQ=255) gcgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAAATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCt < 1:1032729/71‑1 (MQ=255) cgTGTCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTg < 1:1227837/63‑1 (MQ=255) cgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTg < 1:1994502/63‑1 (MQ=255) cgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCt < 1:3427283/70‑1 (MQ=255) ggggCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAAACAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTc < 1:1821874/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTc < 1:3702444/70‑1 (MQ=255) cccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCatat < 1:1238913/71‑1 (MQ=255) cccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCatat < 1:67291/71‑1 (MQ=255) cAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATAcc > 1:2641009/1‑62 (MQ=255) cAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCatatat > 1:2269693/1‑71 (MQ=255) aGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATc < 1:1869066/71‑1 (MQ=255) aGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATc > 1:25736/1‑71 (MQ=255) gTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTgg < 1:3747031/55‑1 (MQ=255) gTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTgg < 1:1121115/55‑1 (MQ=255) cATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAtttt > 1:2482752/1‑71 (MQ=255) cATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAtttt > 1:1018563/1‑71 (MQ=255) cATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:2576475/70‑1 (MQ=255) cATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt < 1:3033549/70‑1 (MQ=255) aTTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTc < 1:3143188/57‑1 (MQ=255) ttGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTg > 1:2376466/1‑47 (MQ=255) ttGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata < 1:164107/59‑1 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGt > 1:1720202/1‑42 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:3840982/1‑71 (MQ=255) aTTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGt > 1:3457231/1‑41 (MQ=255) ttGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATAc > 1:1242706/1‑71 (MQ=255) tGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATAcc > 1:2699493/1‑47 (MQ=255) tGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATAc < 1:3871556/70‑1 (MQ=255) tGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACg > 1:2649966/1‑71 (MQ=255) tGCAACTCCAGCATACAAA‑CAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATAcc > 1:2031727/1‑46 (MQ=255) aCTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGtt < 1:3262664/71‑1 (MQ=255) cTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGttt < 1:980233/71‑1 (MQ=255) cTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGttt < 1:2644002/71‑1 (MQ=255) cTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGttt < 1:2226310/71‑1 (MQ=255) tCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGt < 1:1989298/68‑1 (MQ=255) ccAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACgg > 1:997025/1‑65 (MQ=255) cAGCATAAAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCtt > 1:1957796/1‑71 (MQ=255) cATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCttt > 1:1701708/1‑69 (MQ=255) aTACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGc < 1:1335540/70‑1 (MQ=255) aTACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGc < 1:1330989/70‑1 (MQ=255) aTACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCt > 1:2451819/1‑71 (MQ=255) tACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttta > 1:3218227/1‑49 (MQ=255) aCAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTgg > 1:3287072/1‑71 (MQ=255) cAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCat > 1:2585029/1‑37 (MQ=255) aaaCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCat > 1:2080523/1‑36 (MQ=255) aaaCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCat > 1:2423537/1‑36 (MQ=255) aaaCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggcg < 1:61498/71‑1 (MQ=255) aCCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACgg > 1:1688174/1‑54 (MQ=255) cAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTgg > 1:1997488/1‑65 (MQ=255) aGATTGCGGTTAATGGTCTGCATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggcggg > 1:1748617/1‑68 (MQ=255) gATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggcgggcg > 1:603364/1‑69 (MQ=255) ttGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAAt < 1:1561183/71‑1 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:680511/1‑37 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAAt < 1:3055311/65‑1 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTc > 1:3683304/1‑70 (MQ=255) aaTGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACg > 1:1771426/1‑39 (MQ=255) aaTGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACg > 1:1580051/1‑39 (MQ=255) | CGAAATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTC > minE/1300344‑1300481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |