| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,321,783 | G→A | 52.3% | intergenic (‑237/+257) | gnd ← / ← galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,321,783 | 0 | G | A | 52.3% | 3.7 / 118.7 | 86 | intergenic (‑237/+257) | gnd/galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/17); new base A (31/14); total (55/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
TCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCT > minE/1321714‑1321852 | tctcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt > 1:2421808/1‑71 (MQ=255) ctcAGTGTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATg > 1:514033/1‑71 (MQ=255) tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATg > 1:1709632/1‑70 (MQ=255) aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCAt < 1:1603611/71‑1 (MQ=255) gTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATg > 1:1458791/1‑71 (MQ=255) tGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGc > 1:1927909/1‑65 (MQ=255) tGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGc > 1:3111630/1‑65 (MQ=255) gATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCatgcatgc > 1:2566832/1‑68 (MQ=255) tAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTatga > 1:724697/1‑71 (MQ=255) tAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTatga > 1:3411022/1‑71 (MQ=255) aaTAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTatgat > 1:3207154/1‑71 (MQ=255) aaTAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTatga < 1:411859/70‑1 (MQ=255) aTAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTatgatg > 1:224366/1‑71 (MQ=255) tAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGAtgt < 1:1525872/71‑1 (MQ=255) gagGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGAtgtg < 1:1111942/70‑1 (MQ=255) agGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGAc > 1:1113698/1‑71 (MQ=255) ggTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGAc > 1:2567758/1‑70 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGa > 1:1447982/1‑66 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGa > 1:3123686/1‑66 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGAtgt > 1:2454986/1‑61 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGAtgt > 1:324879/1‑61 (MQ=255) tGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGAc < 1:3882625/62‑1 (MQ=255) tGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc < 1:286959/71‑1 (MQ=255) tGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc > 1:1338940/1‑71 (MQ=255) cACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc > 1:1186179/1‑70 (MQ=255) aCGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGa > 1:928486/1‑58 (MQ=255) aCGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:3392000/1‑71 (MQ=255) cGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc > 1:1893350/1‑71 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:1876031/1‑68 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:3583855/1‑68 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:1631227/71‑1 (MQ=255) ccGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcgcg > 1:3050586/1‑71 (MQ=255) ccGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcgcg > 1:3363765/1‑71 (MQ=255) ccGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcgcg > 1:878426/1‑71 (MQ=255) ccGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcgc > 1:441507/1‑70 (MQ=255) cGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTaa > 1:2037222/1‑60 (MQ=255) cGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc > 1:1570012/1‑61 (MQ=255) cGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc > 1:2801931/1‑61 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTACAGCTACCATAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCgcgc > 1:3642782/1‑70 (MQ=255) ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:1387546/71‑1 (MQ=255) ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCt < 1:2705784/40‑1 (MQ=255) ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGa > 1:3153521/1‑49 (MQ=255) cccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcgc < 1:2299349/66‑1 (MQ=255) cccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:647925/71‑1 (MQ=255) cccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:3916681/71‑1 (MQ=255) cccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa > 1:760111/1‑70 (MQ=255) cccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa > 1:413145/1‑70 (MQ=255) ccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCTCTaaa < 1:2095280/71‑1 (MQ=255) cTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:3754808/68‑1 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAccc > 1:593935/1‑71 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcgcg > 1:339626/1‑63 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAccc > 1:18436/1‑71 (MQ=255) tttACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCg > 1:709987/1‑69 (MQ=255) ttACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc > 1:3801737/1‑56 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAcc > 1:141367/1‑65 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAcc > 1:3829531/1‑65 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt < 1:332894/47‑1 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt < 1:2960581/47‑1 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt < 1:1266457/47‑1 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGaaa > 1:1319810/1‑70 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGaaa > 1:1601746/1‑70 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGaaaaa > 1:2803866/1‑71 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGaaaa < 1:1159778/70‑1 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:885959/60‑1 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACGCGAAAAAt < 1:2746661/71‑1 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAt < 1:131531/71‑1 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAt > 1:1287508/1‑71 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt < 1:1654823/43‑1 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt < 1:1939786/43‑1 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt < 1:2077942/43‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCa < 1:3479506/71‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCa < 1:2542788/71‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaaa > 1:3901652/1‑58 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaaa > 1:3714310/1‑58 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTc > 1:2930955/1‑70 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCa < 1:1459377/71‑1 (MQ=255) ccAGAGCACTTCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc < 1:42262/42‑1 (MQ=38) ccAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc < 1:2228948/42‑1 (MQ=255) agagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACACACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTc < 1:3677344/65‑1 (MQ=255) agCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc > 1:711208/1‑37 (MQ=255) agCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc > 1:2933799/1‑37 (MQ=255) agCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:3709093/43‑1 (MQ=255) cACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:909707/1‑42 (MQ=255) cTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTg > 1:315630/1‑71 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAc > 1:98904/1‑45 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCt > 1:2019513/1‑71 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCt > 1:2531663/1‑71 (MQ=255) | TCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCT > minE/1321714‑1321852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |