| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,350,843 | T→C | 18.6% | intergenic (‑22/+70) | dcd ← / ← udk | 2'‑deoxycytidine 5'‑triphosphate deaminase/uridine/cytidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,350,843 | 0 | T | C | 18.6% | 182.5 / 35.3 | 86 | intergenic (‑22/+70) | dcd/udk | 2'‑deoxycytidine 5'‑triphosphate deaminase/uridine/cytidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/22); new base C (7/9); total (55/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
AACGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTATCAA > minE/1350773‑1350910 | aaCGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCAt > 1:1993530/1‑71 (MQ=255)aaCGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCAt > 1:2876854/1‑71 (MQ=255) aCGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCAt > 1:2313582/1‑70 (MQ=255) cGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCAtta > 1:3631240/1‑69 (MQ=255) gCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACt < 1:768425/71‑1 (MQ=255) ccTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTc > 1:34156/1‑71 (MQ=255) cTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTcc > 1:2433422/1‑71 (MQ=255) tcatcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCt > 1:2862699/1‑71 (MQ=255) tcatcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCt > 1:1602167/1‑71 (MQ=255) tcataaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCt > 1:2014897/1‑71 (MQ=255) catcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCt > 1:2772304/1‑70 (MQ=255) atcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCtt > 1:1764420/1‑70 (MQ=255) atcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCtt < 1:1577843/70‑1 (MQ=255) atcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTa < 1:1208749/71‑1 (MQ=255) atcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTa < 1:1065560/71‑1 (MQ=255) tcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTaa < 1:3698015/71‑1 (MQ=255) tcaAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTaa < 1:3946557/71‑1 (MQ=255) caAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTaa > 1:357220/1‑70 (MQ=255) cAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCaa < 1:2548687/71‑1 (MQ=255) gCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTa < 1:2554530/71‑1 (MQ=255) ttCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGcc < 1:1099389/64‑1 (MQ=255) tCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGt > 1:1326534/1‑71 (MQ=255) cAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGt > 1:1821159/1‑70 (MQ=255) cAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGt > 1:1328152/1‑70 (MQ=255) cAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGt > 1:838185/1‑70 (MQ=255) aaTATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTc < 1:176054/70‑1 (MQ=255) aaTATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCa < 1:1469027/71‑1 (MQ=255) aaTATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACGACTCCCTTAACGCCAATTACGTCa < 1:3767254/71‑1 (MQ=255) aaTATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTc < 1:16986/70‑1 (MQ=255) atatCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCaa < 1:629737/71‑1 (MQ=255) tatCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCaa < 1:389817/70‑1 (MQ=255) tctcGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTccc > 1:1831198/1‑49 (MQ=255) ctcGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAggg > 1:1131014/1‑70 (MQ=255) tcGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTaa > 1:559899/1‑51 (MQ=255) ggTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCAt > 1:1804456/1‑70 (MQ=255) ggTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATa > 1:198943/1‑71 (MQ=255) gTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAgg < 1:1845187/65‑1 (MQ=255) gTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAgg < 1:1350703/65‑1 (MQ=255) gTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATAc < 1:1187550/71‑1 (MQ=255) gTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACg > 1:3683967/1‑50 (MQ=255) gTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGc > 1:2141933/1‑51 (MQ=255) gTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGc > 1:2422955/1‑51 (MQ=255) tCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCa < 1:3924138/61‑1 (MQ=255) cacacaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGc > 1:3862087/1‑65 (MQ=255) acacaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAAtt < 1:3904639/53‑1 (MQ=255) acacaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTa > 1:449216/1‑70 (MQ=255) acaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTaa > 1:2818577/1‑43 (MQ=255) acaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTaa > 1:3599084/1‑43 (MQ=255) acaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGt > 1:3213197/1‑71 (MQ=255) acaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGt > 1:1236359/1‑71 (MQ=255) acaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGt > 1:3406327/1‑71 (MQ=255) acaGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGt > 1:2040442/1‑71 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTccc > 1:729150/1‑37 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCtt > 1:424587/1‑39 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTa > 1:2056818/1‑71 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTa > 1:306375/1‑71 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTa > 1:311026/1‑71 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTa > 1:3790755/1‑71 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTa > 1:3274417/1‑71 (MQ=255) aGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTa > 1:2377825/1‑50 (MQ=255) gACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTAt < 1:2797224/71‑1 (MQ=255) aCGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTAt > 1:2115895/1‑70 (MQ=255) aCGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTAt > 1:2946111/1‑70 (MQ=255) cGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTa < 1:2407175/68‑1 (MQ=255) gCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAg > 1:2868526/1‑53 (MQ=255) aTGGCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACt < 1:2461623/70‑1 (MQ=255) tGGTATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCAc < 1:3431698/68‑1 (MQ=255) ggCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGaa > 1:1512103/1‑71 (MQ=255) gCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCAc > 1:2614547/1‑66 (MQ=255) gCATTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTg > 1:3849321/1‑68 (MQ=255) aTTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAg < 1:1873494/46‑1 (MQ=255) aTTTTCTCCTTTCGCGCACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAg < 1:1457832/46‑1 (MQ=255) tttCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTa > 1:685638/1‑71 (MQ=255) tttCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTa > 1:884207/1‑71 (MQ=255) tttCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTa > 1:1312930/1‑71 (MQ=255) ctcCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACgg < 1:3822375/66‑1 (MQ=255) tcCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTacac > 1:150559/1‑70 (MQ=255) tttCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTaca < 1:3362000/66‑1 (MQ=255) tttCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTaca < 1:2031850/66‑1 (MQ=255) tCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAg > 1:3528252/1‑35 (MQ=255) cgcgCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTa < 1:3207891/70‑1 (MQ=255) cgcgCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTAt > 1:951921/1‑71 (MQ=255) cgcgCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTAt > 1:2681486/1‑71 (MQ=255) cgcgCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTAt > 1:2592553/1‑71 (MQ=255) cgcgCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTAt > 1:1696218/1‑71 (MQ=255) gcATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTAt > 1:400007/1‑68 (MQ=255) gcATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTATc > 1:3138585/1‑69 (MQ=255) gcATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTATc > 1:2043158/1‑69 (MQ=255) gcACCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTATCaa < 1:414716/71‑1 (MQ=255) cATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGCACGGt > 1:1403502/1‑56 (MQ=255) | AACGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTATCAA > minE/1350773‑1350910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |