| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,395,660 | T→A | 10.3% | A122A (GCT→GCA) | setB → | lactose/glucose efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,395,660 | 0 | T | A | 10.3% | 183.0 / 12.2 | 68 | A122A (GCT→GCA) | setB | lactose/glucose efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/35); new base A (5/2); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
GGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCT > minE/1395596‑1395730 | ggAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCg > 1:2468661/1‑71 (MQ=255) aTCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCt < 1:2718825/62‑1 (MQ=255) aTCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCt < 1:1910544/62‑1 (MQ=255) aTCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCa > 1:2328156/1‑70 (MQ=255) tCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCaaa > 1:2447282/1‑71 (MQ=255) gCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAAt < 1:1757957/70‑1 (MQ=255) cAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGt < 1:3538397/71‑1 (MQ=255) actactTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCaaa > 1:245277/1‑66 (MQ=255) ctactTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttg < 1:677794/71‑1 (MQ=255) ctactTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttg > 1:2390772/1‑71 (MQ=255) ctTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGc < 1:3354325/59‑1 (MQ=255) ctTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccc > 1:3017967/1‑71 (MQ=255) ctTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc < 1:3909760/70‑1 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttg > 1:3815234/1‑71 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccctt < 1:606811/70‑1 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccctt > 1:2447194/1‑70 (MQ=255) tttGCTATTAGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTTGCTCGACCGCt > 1:265719/1‑46 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCg < 1:1879064/70‑1 (MQ=255) tATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:2355869/1‑71 (MQ=255) aTTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccc < 1:530827/59‑1 (MQ=255) aTTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:3142771/1‑70 (MQ=255) aTTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:3877655/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa > 1:2269993/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATg > 1:56878/1‑71 (MQ=255) gTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc > 1:2839136/1‑54 (MQ=255) gTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt < 1:2236280/69‑1 (MQ=255) cgggCGTACTTCTGAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGcc > 1:19748/3‑71 (MQ=255) acttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGtt > 1:866000/3‑42 (MQ=255) acttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGtt > 1:2425967/3‑42 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGcc < 1:2619620/63‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:2334121/1‑71 (MQ=255) cttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTtcgccct > 1:1451895/2‑47 (MQ=255) ttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc < 1:2137535/57‑1 (MQ=255) ttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAcc > 1:3868049/1‑71 (MQ=255) ttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAcc > 1:466338/1‑71 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGaa < 1:3101074/56‑1 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAcc < 1:2629621/70‑1 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc < 1:1861699/69‑1 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg > 1:2452205/1‑71 (MQ=255) cttAGCAGCTTTGGCTGGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg < 1:3744246/70‑1 (MQ=255) cttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgccc < 1:3381556/49‑1 (MQ=255) cttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGa < 1:3887590/53‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg > 1:815844/1‑66 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:2099785/71‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:1834735/71‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:3876625/71‑1 (MQ=255) gcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa < 1:2257204/49‑1 (MQ=255) tttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:2550579/56‑1 (MQ=255) tttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:80215/66‑1 (MQ=255) tttGGCTCGACCGCTAACCCG‑‑AATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaa < 1:3818484/55‑1 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:1013837/44‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGc < 1:398573/69‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:3145439/70‑1 (MQ=255) ggCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt > 1:3757543/1‑71 (MQ=255) gCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGTCGTGAGGCGGt < 1:1883105/70‑1 (MQ=255) tCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaa > 1:3579251/1‑51 (MQ=255) tCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGa < 1:51195/70‑1 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGGAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTg > 1:3791775/1‑68 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt > 1:54471/1‑70 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATg > 1:1513304/1‑71 (MQ=255) gACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt < 1:3629887/69‑1 (MQ=255) gACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGt > 1:3622715/1‑71 (MQ=255) aCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGtt < 1:1174679/71‑1 (MQ=255) aCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt < 1:3363924/71‑1 (MQ=255) cGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGAc < 1:1007913/43‑1 (MQ=255) cGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCa < 1:1119772/71‑1 (MQ=255) cGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt > 1:897252/1‑69 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa < 1:3576171/51‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAg < 1:1626097/71‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAg < 1:1033888/71‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAg > 1:3007713/1‑71 (MQ=255) tAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGct > 1:2686959/1‑71 (MQ=255) | GGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCT > minE/1395596‑1395730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |