| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,408,246 | T→C | 8.9% | L172S (TTA→TCA) | yejF → | fused predicted oligopeptide transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,408,246 | 0 | T | C | 8.9% | 151.1 / 5.0 | 56 | L172S (TTA→TCA) | yejF | fused predicted oligopeptide transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/23); new base C (3/2); total (31/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATT > minE/1408178‑1408316 | gCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTaa < 1:638715/71‑1 (MQ=255) aCAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAAcgc < 1:3240988/70‑1 (MQ=255) aGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTaa < 1:1684854/65‑1 (MQ=255) aTTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCg > 1:3779623/1‑71 (MQ=255) ttATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCgg < 1:1681216/71‑1 (MQ=255) aTCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAattatt < 1:717644/70‑1 (MQ=255) aTCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAattatt < 1:399649/70‑1 (MQ=255) aTCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAAttatta < 1:1971364/71‑1 (MQ=255) aGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTaa > 1:1110707/1‑69 (MQ=255) aGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAAtt > 1:2278228/1‑71 (MQ=255) aGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAAtt > 1:588467/1‑71 (MQ=255) aGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAAtt < 1:3020082/71‑1 (MQ=255) tcCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGa > 1:1337274/1‑71 (MQ=255) ccGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAAcgc > 1:1745431/1‑48 (MQ=255) ccGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAAcgc > 1:61261/1‑48 (MQ=255) gcggcgAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGaa < 1:39836/71‑1 (MQ=255) cgAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGa > 1:335207/1‑71 (MQ=255) gAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTaa > 1:3527497/1‑37 (MQ=255) gAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAatt > 1:568819/1‑50 (MQ=255) gAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAatt > 1:2551363/1‑50 (MQ=255) gAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGaa < 1:3605202/66‑1 (MQ=255) gAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGaa < 1:1887324/66‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTaa > 1:1124960/1‑53 (MQ=255) aCGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGacca > 1:2566559/1‑71 (MQ=255) aCGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGacc > 1:2130392/1‑70 (MQ=255) aCGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGac > 1:1864905/1‑69 (MQ=255) aCGGCAGCGGGTGATGATAGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTaa > 1:3733882/1‑53 (MQ=255) cgccAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAacca < 1:3784002/67‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCg > 1:1159318/1‑70 (MQ=255) aGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGaccaccact < 1:2966377/71‑4 (MQ=255) aGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGc > 1:1209337/1‑70 (MQ=255) gCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGa < 1:3835204/39‑1 (MQ=255) gCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGcgc > 1:1874009/1‑69 (MQ=255) cgagTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCt > 1:506781/4‑71 (MQ=255) cGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGa < 1:3427926/38‑1 (MQ=255) ggTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTgg < 1:3110895/71‑1 (MQ=255) ggTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTgg < 1:1813691/71‑1 (MQ=255) gatgatTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACg > 1:397596/1‑71 (MQ=255) gatgatTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACg > 1:3474781/1‑71 (MQ=255) atgatTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGatg < 1:2923797/70‑3 (MQ=255) tgatTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGtc > 1:479258/1‑71 (MQ=255) ttGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAAcc < 1:573229/49‑1 (MQ=255) ttGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGa > 1:2963857/1‑64 (MQ=255) ttGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGtc > 1:3608624/1‑68 (MQ=255) tGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAAcc < 1:1703096/48‑1 (MQ=255) gCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGt > 1:1692609/1‑71 (MQ=255) cGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGt < 1:1230163/70‑1 (MQ=255) cGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGt < 1:1986457/70‑1 (MQ=255) cGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTc < 1:465261/71‑1 (MQ=255) gATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTc > 1:3569246/1‑70 (MQ=255) aTGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGac < 1:74249/47‑1 (MQ=255) tGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAg > 1:2500184/1‑71 (MQ=255) ggCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGaa > 1:2045517/1‑40 (MQ=255) gcgcTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGgc < 1:2669850/71‑1 (MQ=255) gcTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGtc > 1:1251168/1‑58 (MQ=255) gTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTc > 1:773352/1‑61 (MQ=255) ttAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTg < 1:2404572/48‑1 (MQ=255) ttAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGa < 1:3698854/70‑1 (MQ=255) tAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGAtt > 1:1948707/1‑71 (MQ=255) | GCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATT > minE/1408178‑1408316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |