| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,439,294 | G→A | 14.0% | D336D (GAC→GAT) | ompC ← | outer membrane porin protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,439,294 | 0 | G | A | 14.0% | 290.3 / 29.6 | 107 | D336D (GAC→GAT) | ompC | outer membrane porin protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/40); new base A (8/7); total (60/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TACGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATATTTCAGGATATC > minE/1439225‑1439362 | tACGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGt > 1:2868366/1‑71 (MQ=255) aCGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGt > 1:1242151/1‑70 (MQ=255) cGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGt < 1:2159200/69‑1 (MQ=255) cGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTc < 1:511023/70‑1 (MQ=255) cGATGTTATCAGTGATGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGt < 1:1053344/69‑1 (MQ=255) gATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCa > 1:3666719/1‑70 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACg > 1:824252/1‑69 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGt < 1:3841367/70‑1 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGt < 1:3159678/70‑1 (MQ=255) tgtTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa < 1:1731251/64‑1 (MQ=255) ttGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAg > 1:641126/1‑63 (MQ=255) ttGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGa < 1:1933249/68‑1 (MQ=255) ttGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACAt > 1:3603587/1‑71 (MQ=255) aTGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGt < 1:1265232/70‑1 (MQ=255) tGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttt > 1:464789/1‑71 (MQ=255) tGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttt < 1:911647/71‑1 (MQ=255) ccAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttttt < 1:1378387/71‑1 (MQ=255) ccAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttttt < 1:2224536/71‑1 (MQ=255) ccAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttttt > 1:1994250/1‑71 (MQ=255) cAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttg > 1:3375700/1‑71 (MQ=255) cAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttg < 1:1179977/71‑1 (MQ=255) gCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCaa < 1:117701/49‑1 (MQ=255) gCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgtt > 1:2496730/1‑71 (MQ=255) gTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 1:1594426/71‑1 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgt > 1:3185400/1‑65 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgt > 1:2703796/1‑65 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:3733491/1‑70 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:2836553/1‑70 (MQ=255) cGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGt > 1:782205/1‑50 (MQ=255) cGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:1155396/1‑69 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa < 1:1227251/46‑1 (MQ=255) aGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtagt < 1:2565923/71‑1 (MQ=255) tGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTc < 1:2562091/37‑1 (MQ=255) tGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGtagtag > 1:1807631/1‑71 (MQ=255) aaCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtaggt < 1:603886/71‑1 (MQ=255) aCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt < 1:3632781/54‑1 (MQ=255) aCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt < 1:2205659/54‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgt > 1:1983111/1‑56 (MQ=255) cTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtaggtag < 1:1321057/71‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtaggtag > 1:3845183/1‑71 (MQ=255) cTGGATGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGt < 1:3628978/38‑1 (MQ=255) tGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt > 1:3379294/1‑52 (MQ=255) tGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttt < 1:500043/51‑1 (MQ=255) ggTTGTCGTCGAGCAGGTTGATTTTGTAGTCTACGTAGGTGGTCTTGTTTTTGTTGAAGTAgtaggttg < 1:255983/69‑3 (MQ=18) ggTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAg > 1:2171610/1‑38 (MQ=255) ttGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgt < 1:3286564/52‑1 (MQ=255) tGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCAcc > 1:2228426/1‑70 (MQ=255) tGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCAcc > 1:2268900/1‑70 (MQ=255) gttgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACca < 1:721457/67‑1 (MQ=17) gtcgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAgtagta > 1:2162551/1‑60 (MQ=255) ttgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagta < 1:143961/54‑1 (MQ=17) tgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACcaata > 1:1229126/2‑69 (MQ=18) tgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACcaat > 1:607587/2‑69 (MQ=18) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacat > 1:2144461/1‑71 (MQ=255) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaaca < 1:1061213/70‑1 (MQ=255) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaa > 1:2533968/1‑68 (MQ=255) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaa > 1:1693408/1‑68 (MQ=255) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaa > 1:2760528/1‑68 (MQ=255) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtag > 1:716614/1‑55 (MQ=17) tcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt < 1:461697/43‑1 (MQ=255) tcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACca < 1:1011954/66‑1 (MQ=255) tcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagt < 1:1481058/52‑1 (MQ=17) tcCAACAGGTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTATTGAAATAGTAAGTCGCGCcaatatc < 1:2961234/71‑1 (MQ=17) ccAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCAc > 1:2487385/1‑63 (MQ=17) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg > 1:1095868/1‑46 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGtagtag > 1:418687/1‑55 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtagg > 1:1015170/1‑56 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatcaa < 1:3102972/71‑1 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatcaa > 1:228492/1‑71 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatcaa > 1:2140314/1‑71 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatcaa > 1:1212347/1‑71 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatca < 1:610761/70‑1 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaac > 1:3914110/1‑66 (MQ=255) gcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatcaaca > 1:3245034/1‑71 (MQ=255) acagGTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGtt < 1:1649097/36‑1 (MQ=21) agGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaa > 1:1896102/1‑61 (MQ=255) agGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACata > 1:6731/1‑71 (MQ=255) agGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACgta < 1:1427285/71‑1 (MQ=17) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAtt > 1:139841/1‑71 (MQ=255) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAtt > 1:17600/1‑71 (MQ=255) gTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACGTAtt < 1:1979892/71‑1 (MQ=17) gTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACGTAtt > 1:846419/1‑71 (MQ=17) ttGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaaca < 1:2850459/60‑1 (MQ=255) ttGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAttt < 1:3649937/71‑1 (MQ=255) ttGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACgtat < 1:1569583/69‑1 (MQ=17) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAttt > 1:2281942/1‑70 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAttt > 1:2787091/1‑70 (MQ=255) gATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAttt > 1:1403947/1‑69 (MQ=255) gATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCa > 1:709239/1‑52 (MQ=11) gATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCAc > 1:1580177/1‑53 (MQ=14) aTTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacatca < 1:1468494/60‑1 (MQ=255) aTTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATATTTCAg > 1:266866/1‑71 (MQ=255) aTTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACGTAtttaac > 1:2105972/1‑68 (MQ=17) ttttGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAgtagta < 1:1987274/43‑1 (MQ=255) ttGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACatat > 1:1383626/1‑63 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |