| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,557,415 | A→G | 56.7% | *128Q (TAG→CAG) | emrY ← | predicted multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,557,415 | 0 | A | G | 56.7% | 8.4 / 33.0 | 30 | *128Q (TAG→CAG) | emrY | predicted multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/9); new base G (7/10); total (11/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
CGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTG > minE/1557346‑1557485 | cGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTAt < 1:2332073/71‑1 (MQ=255)cGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTAt < 1:2336588/71‑1 (MQ=255) tCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAc < 1:2391936/71‑1 (MQ=255) gACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTg > 1:1804880/1‑70 (MQ=255) gACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTg < 1:1621360/70‑1 (MQ=255) ccATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGaa < 1:566994/71‑1 (MQ=255) aTAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAAtt < 1:308426/71‑1 (MQ=255) aTGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAAc < 1:1386506/71‑1 (MQ=255) gCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAAtt < 1:3146202/66‑1 (MQ=255) gCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACgg > 1:2367586/1‑71 (MQ=255) cAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGcc < 1:3907312/71‑1 (MQ=255) agCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTaa < 1:2023540/63‑1 (MQ=255) gCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGc < 1:1311103/71‑1 (MQ=255) gCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGAc < 1:2403675/51‑1 (MQ=255) aaTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAc < 1:1642901/48‑1 (MQ=255) aTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCAtt < 1:427524/71‑1 (MQ=255) aTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCAtt < 1:2876561/71‑1 (MQ=255) tGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCAtt > 1:3726072/1‑70 (MQ=255) ttCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAAtt < 1:402546/53‑1 (MQ=255) cTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGc > 1:1191055/1‑57 (MQ=255) cTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAAcc < 1:1760438/70‑1 (MQ=255) ttttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAAcccc > 1:2217620/1‑71 (MQ=255) ttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCt > 1:458297/1‑70 (MQ=255) tttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTg < 1:345619/70‑1 (MQ=255) ccTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGActct > 1:3632969/1‑63 (MQ=255) ccTTAATAATAAACTCCATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAata > 1:2664059/1‑71 (MQ=255) cTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAata < 1:3484385/70‑1 (MQ=255) taataataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAatat > 1:3352034/1‑69 (MQ=255) taaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCACTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACAt > 1:3141381/1‑71 (MQ=255) aaCTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATc > 1:2303736/1‑70 (MQ=255) aTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTg > 1:2143791/1‑71 (MQ=255) | CGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTG > minE/1557346‑1557485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |