| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,564,887 | C→T | 21.2% | intergenic (‑99/+193) | yfdE ← / ← glk | predicted CoA‑transferase, NAD(P)‑binding/glucokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,564,887 | 0 | C | T | 21.2% | 64.1 / 12.0 | 33 | intergenic (‑99/+193) | yfdE/glk | predicted CoA‑transferase, NAD(P)‑binding/glucokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/12); new base T (3/4); total (17/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTAC > minE/1564820‑1564948 | aaaGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgac > 1:3756935/1‑71 (MQ=255)aaaGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgac > 1:2219886/1‑71 (MQ=255) aGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgacg < 1:470413/70‑1 (MQ=255) aGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgacg < 1:465794/70‑1 (MQ=255) cacTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGt > 1:851693/1‑70 (MQ=255) tCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt > 1:386229/1‑71 (MQ=255) cGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt > 1:2785425/1‑70 (MQ=255) aTTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:3401925/66‑1 (MQ=255) tATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGt > 1:166438/1‑58 (MQ=255) tGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:3280054/61‑1 (MQ=255) gTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTg > 1:921300/1‑70 (MQ=255) tAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTg > 1:1880390/1‑69 (MQ=255) tAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTg > 1:135372/1‑69 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgacga < 1:836875/50‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgacga < 1:3539169/50‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTAt > 1:1672923/1‑60 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAg < 1:3013231/70‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAg < 1:2166967/70‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAg < 1:1541799/70‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAg < 1:101632/70‑1 (MQ=255) aTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgacga > 1:191792/1‑48 (MQ=255) tCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTg < 1:705588/64‑1 (MQ=255) tCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAAc > 1:2315587/1‑70 (MQ=255) tAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATc < 1:2391969/71‑1 (MQ=255) aTGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACa < 1:2080784/63‑1 (MQ=255) gATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGt > 1:776499/1‑70 (MQ=255) atcGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAAtt < 1:796342/39‑1 (MQ=39) atcGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATg < 1:1312995/42‑1 (MQ=39) aaTTCCTCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACaaa > 1:890099/1‑71 (MQ=255) ttCCTCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAaata < 1:1854017/71‑1 (MQ=255) ttCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaata < 1:2405714/71‑1 (MQ=255) ttCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaat > 1:1018333/1‑70 (MQ=255) tCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataat > 1:1242000/1‑69 (MQ=255) tCGTTCAGTGATAGTCGCCGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATg > 1:2419965/1‑70 (MQ=255) gTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataa > 1:2389746/1‑66 (MQ=255) ttCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCAtt < 1:671014/71‑1 (MQ=255) tCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCAtt > 1:798701/1‑70 (MQ=255) cAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGtt > 1:2830269/1‑50 (MQ=255) aGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTAc < 1:3297752/71‑1 (MQ=255) gTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTa < 1:545573/69‑1 (MQ=255) | AAAGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTAC > minE/1564820‑1564948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |