| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,646,153 | C→T | 14.9% | intergenic (‑125/‑21) | dapA ← / → gcvR | dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,646,153 | 0 | C | T | 14.9% | 217.2 / 25.7 | 87 | intergenic (‑125/‑21) | dapA/gcvR | dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/38); new base T (3/10); total (39/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
AGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGA > minE/1646084‑1646223 | agcaagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcc > 1:1072815/1‑71 (MQ=255) caagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcccc > 1:3058599/1‑71 (MQ=255) gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGGATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa < 1:3926221/71‑1 (MQ=255) gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCtt > 1:3679853/1‑70 (MQ=255) gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCtt > 1:1217504/1‑70 (MQ=255) gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa < 1:2369529/71‑1 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa > 1:502347/1‑69 (MQ=255) cagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAg > 1:1763773/1‑69 (MQ=255) cagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGa < 1:3499759/71‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAAt > 1:3916443/1‑70 (MQ=255) aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATa < 1:2985263/71‑1 (MQ=255) tCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAAc < 1:3383088/67‑1 (MQ=255) cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc > 1:923910/1‑50 (MQ=255) cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGt < 1:2665484/70‑1 (MQ=255) tGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATa < 1:1276576/63‑1 (MQ=255) aTTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGa < 1:898008/58‑1 (MQ=255) aTTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGa < 1:2975595/58‑1 (MQ=255) ttgttgTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcccc > 1:2195370/1‑49 (MQ=255) tgttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:2558174/1‑71 (MQ=255) tgttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac > 1:1534013/1‑70 (MQ=255) gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGaca < 1:3847962/70‑1 (MQ=255) ttgaATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt > 1:3443078/1‑71 (MQ=255) gtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGttt > 1:3322146/1‑63 (MQ=255) tATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTc < 1:2203054/71‑1 (MQ=255) aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAccc > 1:411817/1‑41 (MQ=255) tGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCAt > 1:707658/1‑71 (MQ=255) gCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAAc > 1:3810248/1‑53 (MQ=255) aTGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc < 1:3133093/71‑1 (MQ=255) aTGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCg > 1:819210/1‑70 (MQ=255) tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa < 1:2305183/40‑1 (MQ=255) tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa < 1:773474/40‑1 (MQ=255) tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGttt < 1:2307851/56‑1 (MQ=255) tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:2094807/59‑1 (MQ=255) tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:993633/1‑70 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCt < 1:1348120/37‑1 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCaa > 1:3593333/1‑71 (MQ=255) ttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAgg > 1:762821/1‑40 (MQ=255) ttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACAt > 1:1339602/1‑71 (MQ=255) ttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTaa < 1:3612229/35‑1 (MQ=255) ttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACAtt < 1:2467232/70‑1 (MQ=255) ttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTa > 1:2462497/1‑71 (MQ=255) tttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTa < 1:2795704/70‑1 (MQ=255) ttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATc > 1:1239840/1‑71 (MQ=255) ttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATc > 1:472981/1‑71 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCaa > 1:2858978/1‑62 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCt < 1:1281224/70‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCt < 1:1764536/69‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTgg < 1:3149842/71‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTgg < 1:2372106/71‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTg < 1:2550317/70‑1 (MQ=255) cTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTg < 1:793060/71‑1 (MQ=255) tttCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGa > 1:862703/1‑71 (MQ=255) tCCTTAGGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGAt > 1:509673/1‑70 (MQ=255) tCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCa < 1:776189/50‑1 (MQ=255) tCCTTAAGAACAACTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCa < 1:277178/50‑1 (MQ=255) tCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCaag > 1:3839459/1‑56 (MQ=255) tCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGAt > 1:2511103/1‑70 (MQ=255) ttAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGAt < 1:3342976/67‑1 (MQ=255) ttAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCa < 1:1874475/69‑1 (MQ=255) ttAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCa < 1:2217517/69‑1 (MQ=255) tAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACt > 1:1931744/1‑70 (MQ=255) tAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACt > 1:3274423/1‑70 (MQ=255) tAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTg > 1:1534912/1‑71 (MQ=255) aaGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGa > 1:3394685/1‑37 (MQ=255) aaGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGa > 1:1896022/1‑37 (MQ=255) aGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCg > 1:3031901/1‑71 (MQ=255) gAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGt < 1:453848/71‑1 (MQ=255) aacaacTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTAt < 1:257271/54‑1 (MQ=255) aacaacTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTAt < 1:1394815/54‑1 (MQ=255) aacaacTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGt < 1:3322699/70‑1 (MQ=255) aacaacTCATCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGt < 1:3195270/70‑1 (MQ=255) aacaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:102770/35‑1 (MQ=255) aacaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCa < 1:3762846/47‑1 (MQ=255) aacaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:1813469/71‑1 (MQ=255) aacaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:754465/71‑1 (MQ=255) acaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:2813958/70‑1 (MQ=255) caacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc < 1:1093218/44‑1 (MQ=255) caacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAAc > 1:1364914/1‑47 (MQ=255) caacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAAc > 1:2406682/1‑47 (MQ=255) caacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTgg > 1:1849916/1‑71 (MQ=255) caacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTgg > 1:953852/1‑71 (MQ=255) caacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTAT‑TGGTGATCACTGCGTTggg > 1:945751/1‑71 (MQ=255) cTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTg > 1:2101480/1‑71 (MQ=255) tCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGc > 1:286573/1‑71 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGCCACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTggg > 1:2594572/1‑66 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATc < 1:2878636/36‑1 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGt < 1:3526631/51‑1 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGcc < 1:2866917/70‑1 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCg < 1:1641635/71‑1 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCg < 1:3473832/71‑1 (MQ=255) aCCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTAATCACTGCGTTGGGTGcc > 1:2854551/1‑70 (MQ=255) aCCACTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCg < 1:798700/71‑1 (MQ=255) ccccTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGa < 1:2229986/71‑1 (MQ=255) | AGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGA > minE/1646084‑1646223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |