Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 1,932,853 | C→T | 27.6% | intergenic (‑224/+72) | yqeF ← / ← lysS | predicted acyltransferase/lysine tRNA synthetase, constitutive |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 1,932,853 | 0 | C | T | 27.6% | 41.4 / 16.4 | 29 | intergenic (‑224/+72) | yqeF/lysS | predicted acyltransferase/lysine tRNA synthetase, constitutive |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/8); new base T (4/4); total (17/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
ACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGC > minE/1932783‑1932912 | accaATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTc > 1:3648297/1‑71 (MQ=255) tAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGttt < 1:2683253/71‑1 (MQ=255) gTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg > 1:3490850/1‑70 (MQ=255) aTAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat < 1:565640/71‑1 (MQ=255) aTAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGt < 1:502145/58‑1 (MQ=255) aTAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg < 1:3346974/66‑1 (MQ=255) gggCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgatgat < 1:307319/71‑1 (MQ=255) ggCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATa > 1:3446160/1‑71 (MQ=255) ggCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAt < 1:489305/59‑1 (MQ=255) gTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGt > 1:574325/1‑71 (MQ=255) tAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGtt > 1:898307/1‑70 (MQ=255) tAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:1445673/1‑71 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaa > 1:812249/1‑70 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTcaga > 1:3639884/1‑64 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAtt < 1:3219859/48‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTATATGATACGTTCTaa < 1:2781125/67‑1 (MQ=255) aTACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgat > 1:925625/1‑53 (MQ=255) tACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTg < 1:3930183/47‑1 (MQ=255) aaCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCg > 1:3715655/1‑69 (MQ=255) aCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATAc > 1:704613/1‑51 (MQ=255) aCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGAc < 1:1615977/70‑1 (MQ=255) ccTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGt > 1:2810597/1‑41 (MQ=255) gTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaa > 1:2003075/1‑56 (MQ=255) tATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCgg > 1:3631784/1‑71 (MQ=255) aTGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGt < 1:2336583/44‑1 (MQ=255) aaTTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCTGGGTtgtg < 1:381171/71‑1 (MQ=255) aaTTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTtgt > 1:3249160/1‑70 (MQ=255) cTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTtg > 1:3931901/1‑62 (MQ=255) ccATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAg > 1:2259759/1‑64 (MQ=255) ccATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGc > 1:174608/1‑65 (MQ=255) | ACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGC > minE/1932783‑1932912 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |