| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,933,015 | T→A | 14.0% | G476G (GGA→GGT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,933,015 | 0 | T | A | 14.0% | 299.3 / 35.0 | 114 | G476G (GGA→GGT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/46); new base A (8/8); total (60/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCT > minE/1932947‑1933084 | gggAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATAcc < 1:2036599/71‑1 (MQ=255) ggAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:2420740/1‑70 (MQ=255) gAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCa < 1:3836490/71‑1 (MQ=255) gAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:51047/1‑69 (MQ=255) gAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:446491/1‑69 (MQ=255) aaCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:2017540/1‑68 (MQ=255) aCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGa > 1:2874504/1‑71 (MQ=255) gaGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAc > 1:2195732/2‑71 (MQ=255) aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg < 1:2702998/71‑1 (MQ=255) aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg > 1:729160/1‑71 (MQ=255) aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg > 1:3221528/1‑71 (MQ=255) aaTAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAcca > 1:439714/1‑69 (MQ=255) aTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgc > 1:265374/1‑71 (MQ=255) tAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2236446/71‑1 (MQ=255) aaCGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgctg > 1:881339/1‑71 (MQ=255) aCGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGt < 1:2107835/71‑1 (MQ=255) gTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:1849638/67‑1 (MQ=255) tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2579557/66‑1 (MQ=255) tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcg > 1:3709333/1‑70 (MQ=255) cgGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcgg < 1:949646/71‑1 (MQ=255) ggATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcgg > 1:891360/1‑70 (MQ=255) atagTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTtggcgg > 1:3952323/4‑68 (MQ=255) aTGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGt > 1:622335/1‑69 (MQ=255) tGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAg < 1:3250687/71‑1 (MQ=255) ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:2167885/1‑71 (MQ=255) ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:1002513/1‑71 (MQ=255) ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:143374/1‑71 (MQ=255) aTGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg < 1:1840271/60‑1 (MQ=255) aTGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg < 1:1447979/60‑1 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTATCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:1916970/1‑71 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg > 1:2915610/1‑59 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:205013/1‑71 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCACAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:1699821/1‑71 (MQ=255) ggCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2707742/53‑1 (MQ=255) ggCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa < 1:1754461/68‑1 (MQ=255) gCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGcc > 1:1147443/1‑66 (MQ=255) cTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc < 1:1806520/71‑1 (MQ=255) cTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc < 1:1157779/71‑1 (MQ=255) tGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCAt > 1:500213/1‑66 (MQ=255) tGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc > 1:608211/1‑70 (MQ=255) ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTccc < 1:3230337/39‑1 (MQ=255) ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTccc < 1:314631/39‑1 (MQ=255) ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCa < 1:3740287/70‑1 (MQ=255) ggTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCa > 1:429589/1‑68 (MQ=255) ggTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGt < 1:610347/70‑1 (MQ=255) ggTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTg > 1:1557379/1‑71 (MQ=255) gTGAACAGCATTACCATACTGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTg < 1:81702/70‑1 (MQ=255) gTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTg < 1:1431549/70‑1 (MQ=255) tGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCg < 1:126706/71‑1 (MQ=255) aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAc > 1:2030058/1‑37 (MQ=21) aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAgcgcag < 1:3533722/70‑3 (MQ=255) aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAgcgcag < 1:1518668/70‑3 (MQ=255) aCAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTc < 1:86598/44‑1 (MQ=255) cAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa > 1:2858227/1‑55 (MQ=255) aGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTTCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGa < 1:950687/70‑1 (MQ=255) gCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACg > 1:1010793/1‑71 (MQ=255) cATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACg > 1:448310/1‑70 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTaa > 1:198306/1‑71 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTCTCGGCGGTAAGCCATg < 1:2845356/52‑1 (MQ=255) tACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg < 1:164329/41‑1 (MQ=255) tACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg < 1:277304/41‑1 (MQ=255) aatcATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAAt > 1:1777609/4‑71 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt > 1:306058/1‑51 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt > 1:2295852/1‑51 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCa > 1:3916373/1‑55 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAAt < 1:3606931/70‑1 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc > 1:427271/1‑71 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc > 1:2344956/1‑71 (MQ=255) attcGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTc < 1:1718938/68‑1 (MQ=255) tACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCa < 1:221560/71‑1 (MQ=255) cGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTg < 1:1049062/57‑1 (MQ=255) cGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCAt < 1:2233645/70‑1 (MQ=255) cGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTcgt < 1:353542/70‑3 (MQ=255) cGGTAGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTc > 1:935135/1‑68 (MQ=255) ggTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCg < 1:3665241/71‑1 (MQ=255) gTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCg > 1:3580744/1‑70 (MQ=255) gTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGt < 1:2972254/71‑1 (MQ=255) tCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCgg < 1:1605072/52‑1 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACTTGCTGTCGGCTGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGa < 1:3717702/71‑1 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTg > 1:3552068/1‑52 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCg < 1:3441203/67‑1 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAg > 1:508248/1‑70 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAg > 1:1471501/1‑70 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAg > 1:1807213/1‑70 (MQ=255) aTACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGcc < 1:3504296/35‑1 (MQ=255) aTACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTCGTCATAGaa < 1:549750/71‑1 (MQ=255) aTACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTCGTCATAGaa < 1:132951/71‑1 (MQ=255) tACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGaa > 1:2644161/1‑70 (MQ=255) tACAAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGa > 1:3182211/1‑69 (MQ=255) aCCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt > 1:57054/1‑37 (MQ=255) aCCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt > 1:829145/1‑37 (MQ=255) aCCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAAc > 1:2634888/1‑70 (MQ=255) aCCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACa > 1:3843692/1‑71 (MQ=255) ccAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTCGTCATAGAACAt > 1:3047784/1‑71 (MQ=255) aTTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGc > 1:548675/1‑71 (MQ=255) aTTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGc > 1:14951/1‑71 (MQ=255) aTTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGc > 1:2041472/1‑71 (MQ=255) aTTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGc > 1:2469833/1‑71 (MQ=255) ttCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCt < 1:1395080/71‑1 (MQ=255) ttCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCt > 1:2388482/1‑71 (MQ=255) | GGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCT > minE/1932947‑1933084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |