| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,933,720 | T→C | 11.3% | E241E (GAA→GAG) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,933,720 | 0 | T | C | 11.3% | 230.9 / 18.2 | 88 | E241E (GAA→GAG) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/38); new base C (6/4); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
CGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCG > minE/1933650‑1933789 | cGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGt > 1:2433687/1‑71 (MQ=255) ttACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTc < 1:1908235/71‑1 (MQ=255) aCGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTcc < 1:495593/70‑1 (MQ=255) ggAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgc > 1:623995/1‑71 (MQ=255) gAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcg < 1:792838/71‑1 (MQ=255) aaGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCTGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc < 1:2946860/71‑1 (MQ=255) aaGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:3912495/1‑71 (MQ=255) aaGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:2645146/1‑71 (MQ=255) aGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:1843283/1‑70 (MQ=255) gTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACAAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGa > 1:1364136/1‑71 (MQ=255) aCGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATAc > 1:3718751/1‑71 (MQ=255) cGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATAc < 1:1133437/70‑1 (MQ=255) cGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACg < 1:616068/71‑1 (MQ=255) ggTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACg > 1:1168678/1‑70 (MQ=255) gTTGATTTCGAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCa < 1:1078146/71‑1 (MQ=255) ttGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGc < 1:3474315/69‑1 (MQ=255) ttGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAg > 1:3080684/1‑71 (MQ=255) ttGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAg > 1:3582482/1‑71 (MQ=255) aTTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:2983683/71‑1 (MQ=255) aTTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa > 1:3416192/1‑71 (MQ=255) tttCGAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATa > 1:911576/1‑70 (MQ=255) ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTcc > 1:1181936/1‑52 (MQ=255) ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:1286058/1‑71 (MQ=255) ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:3801662/1‑71 (MQ=255) ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:1290634/1‑71 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACAt < 1:3335801/70‑1 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACAt < 1:638973/70‑1 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATg > 1:1181427/1‑71 (MQ=255) gAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGt > 1:587896/1‑71 (MQ=255) gAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTT‑AGGTACAGTTCCGgcgc < 1:339026/53‑1 (MQ=255) aaTACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGt < 1:1217053/70‑1 (MQ=255) tACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATcta < 1:2333770/71‑3 (MQ=255) tACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATct > 1:1983765/1‑69 (MQ=255) tACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc > 1:1214196/1‑69 (MQ=255) tACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCga < 1:86483/71‑1 (MQ=255) acacGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:2422356/62‑1 (MQ=255) cacGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCgaga < 1:3669173/71‑1 (MQ=255) gCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATcc < 1:1093881/71‑1 (MQ=255) gCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATc > 1:893998/1‑70 (MQ=255) tCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg < 1:2364790/40‑1 (MQ=255) tCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAg > 1:571229/1‑71 (MQ=255) cGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCgaga > 1:126340/1‑65 (MQ=255) aGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGcgcg > 1:2184303/1‑71 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:2949407/71‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATa > 1:3723678/1‑42 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt > 1:3802675/1‑70 (MQ=255) caccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAg < 1:3878224/46‑1 (MQ=255) caccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAg < 1:1007358/46‑1 (MQ=255) accaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATAc < 1:489179/41‑1 (MQ=255) ccaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGAt < 1:2319111/58‑1 (MQ=255) caaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtgg < 1:2314149/71‑1 (MQ=255) caaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtgg > 1:1888811/1‑71 (MQ=255) aaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCgaga > 1:3477225/1‑55 (MQ=255) aaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAAGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt > 1:2978053/1‑71 (MQ=255) accaccAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtg > 1:135577/1‑68 (MQ=255) ccaccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtgg < 1:1134267/71‑1 (MQ=255) ccaccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtgg < 1:2061418/71‑1 (MQ=255) ccaccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtgg < 1:2897533/71‑1 (MQ=255) caaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtgatgg > 1:1558106/3‑71 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCg > 1:1844443/1‑47 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCg > 1:3657825/1‑47 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt > 1:3460855/1‑70 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt > 1:3239038/1‑70 (MQ=255) caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:1366743/39‑1 (MQ=255) caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGa > 1:446239/1‑71 (MQ=255) aGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCAAGCGCGTTATGGTGGGTGa > 1:3154480/1‑70 (MQ=255) gACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAAt > 1:649542/1‑70 (MQ=255) gACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAAt > 1:97730/1‑70 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCga < 1:2850073/45‑1 (MQ=255) aCGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAt < 1:770260/39‑1 (MQ=16) aCGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa > 1:2535162/1‑70 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt < 1:3645636/57‑1 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt < 1:3047046/57‑1 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt < 1:3002532/57‑1 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt < 1:654660/57‑1 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaaa > 1:2801156/1‑66 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACgg < 1:1513571/69‑1 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACgg < 1:1638514/69‑1 (MQ=255) ggTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcg > 1:782838/1‑70 (MQ=255) gatACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGcga < 1:3758614/69‑2 (MQ=255) gTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:3457676/47‑1 (MQ=255) gTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:1438502/47‑1 (MQ=255) aCAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcgcg > 1:1354442/1‑69 (MQ=255) aCAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCa > 1:2534954/1‑39 (MQ=16) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg > 1:2361368/1‑71 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg > 1:1155071/1‑71 (MQ=255) aGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGc < 1:1819896/71‑1 (MQ=255) gTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCg > 1:1475851/1‑71 (MQ=255) gTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCg < 1:3654387/71‑1 (MQ=255) ttCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAgcg < 1:596014/38‑1 (MQ=255) ttCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACgg < 1:1904697/60‑1 (MQ=255) | CGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCG > minE/1933650‑1933789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |