| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,934,016 | A→G | 6.1% | L143L (TTG→CTG) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,934,016 | 0 | A | G | 6.1% | 223.9 / 4.9 | 82 | L143L (TTG→CTG) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/42); new base G (3/2); total (38/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
CGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCG > minE/1933946‑1934086 | cgcgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCaa < 1:3551784/71‑1 (MQ=255)cgcgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCaa < 1:3120687/71‑1 (MQ=255) cTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCg > 1:3761438/1‑71 (MQ=255) tCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTcag > 1:3840113/1‑68 (MQ=255) tCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGt > 1:909015/1‑71 (MQ=255) ccTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTg > 1:3627898/1‑71 (MQ=255) ccTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGAAGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTg > 1:538962/1‑71 (MQ=255) cTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCgg > 1:1742852/1‑68 (MQ=255) cTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGt > 1:2585507/1‑69 (MQ=255) cTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGc < 1:1109558/71‑1 (MQ=255) gATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACt < 1:305944/63‑1 (MQ=255) gATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACt < 1:1777733/63‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACa < 1:347170/69‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACa < 1:384925/69‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCa < 1:1158369/69‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGt < 1:1279800/71‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGt < 1:697177/71‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGt > 1:2764946/1‑71 (MQ=255) cTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa < 1:499918/71‑1 (MQ=255) aGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGAc < 1:105514/71‑1 (MQ=255) gCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa > 1:2930630/1‑69 (MQ=255) cGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTg < 1:1832278/61‑1 (MQ=255) gTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGtt > 1:2548821/1‑71 (MQ=255) gTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGtt > 1:1145555/1‑71 (MQ=255) tGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACAGTGAATGGAAAgct > 1:2314831/1‑68 (MQ=255) tGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCg > 1:697659/1‑51 (MQ=255) tGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa > 1:1263051/1‑61 (MQ=255) tGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACa > 1:1297210/1‑67 (MQ=255) ggAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGc < 1:788719/54‑1 (MQ=255) gAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGc < 1:2404134/71‑1 (MQ=255) ttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCgg < 1:1235123/70‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtttt < 1:1756259/71‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttt < 1:295452/70‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttg > 1:3790899/1‑71 (MQ=255) ccGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtttt > 1:1277966/1‑70 (MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg < 1:3670154/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg < 1:3674647/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg > 1:1025603/1‑71 (MQ=255) ggCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggt < 1:676283/71‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGc < 1:1318606/42‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt < 1:1042513/71‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt < 1:1514901/71‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt < 1:1181166/71‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtttt < 1:1856460/67‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:2485912/71‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:3493045/71‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACGCGGTGCAg < 1:1690924/41‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGGGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:444897/71‑1 (MQ=255) cGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGGCGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttg > 1:1449648/1‑64 (MQ=255) cGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg > 1:1871649/1‑70 (MQ=255) ggACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGc < 1:2371946/37‑1 (MQ=255) ggACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtttt < 1:1396007/68‑1 (MQ=255) ggACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGaa < 1:3493020/71‑1 (MQ=255) cGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtttt > 1:1468268/1‑65 (MQ=255) cGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtttt > 1:1807359/1‑65 (MQ=255) cGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAg > 1:3934171/1‑71 (MQ=255) aGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGtt > 1:3047557/1‑46 (MQ=255) aGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttt < 1:3472684/55‑1 (MQ=255) aGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCt < 1:3864200/70‑1 (MQ=255) gTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:786657/62‑1 (MQ=255) gTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:157503/62‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa > 1:516229/1‑39 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggt > 1:1998712/1‑51 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTAc > 1:478281/1‑71 (MQ=255) gCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACAGTGAATGGAAAGCTCACCCGTTTGCGTCTTAAACAGCTTAcc > 1:519559/1‑71 (MQ=255) ttGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg > 1:2779264/1‑57 (MQ=255) ttGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCttt > 1:1900409/1‑71 (MQ=255) tGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTc > 1:16554/1‑71 (MQ=255) gTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCg < 1:2444400/39‑1 (MQ=255) gTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGGTTTGAACAGCTTACCTTTcg < 1:2073436/70‑1 (MQ=255) tCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:248279/53‑1 (MQ=255) cagcagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCtt > 1:3251565/1‑60 (MQ=255) agcagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggt > 1:3410928/1‑47 (MQ=255) agcagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAAc < 1:2461103/54‑1 (MQ=255) agcagACGCAACTCGGTGCAGCGGATAGACAGTTc > 1:586300/1‑35 (MQ=255) gcagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGcc > 1:3606177/1‑70 (MQ=255) gcagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGcc > 1:2251295/1‑70 (MQ=255) gcagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGcc > 1:614777/1‑70 (MQ=255) cagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCg < 1:3575647/70‑1 (MQ=255) cagACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGa < 1:91167/71‑1 (MQ=255) agACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAAc > 1:1442162/1‑51 (MQ=255) aCGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtt < 1:1436281/37‑1 (MQ=255) aCGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtt < 1:406240/37‑1 (MQ=255) aCGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtt < 1:359423/37‑1 (MQ=255) aaCTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTc < 1:2729515/71‑1 (MQ=255) aCTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCg > 1:741480/1‑71 (MQ=255) aCTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCg > 1:3719946/1‑71 (MQ=255) | CGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCG > minE/1933946‑1934086 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |