| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,985,438 | G→T | 8.5% | intergenic (+41/+114) | yggW → / ← yggM | predicted oxidoreductase/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,985,438 | 0 | G | T | 8.5% | 221.9 / 5.0 | 70 | intergenic (+41/+114) | yggW/yggM | predicted oxidoreductase/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/34); new base T (4/2); total (34/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
GCTGGAGCTTTTTCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGATTGCCGGATGCGG > minE/1985373‑1985508 | ataagacgcgacagcgtcgcatcaggcattgattgccggatgcggcgtaAACGCCTTATCCGGCCTACAt > 1:3573453‑M1/50‑70 (MQ=255)ataagacgcgacagcgtcgcatcaggcattgattgccggatgcggcgtaAACGCCTTATCCGGCCTACAt > 1:3568879‑M1/50‑70 (MQ=255)ataagacgcgacagcgtcgcatcaggcattgattgccggatgcggcacaAGTGCCTTATCCGGCCTacagg < 1:3166230‑M1/22‑3 (MQ=255)ataagacgcgacagcgtcgcatcaggcattgattgccggatgcggcacaAGTGCCTTATCCGGCCTacagg < 1:2524437‑M1/22‑3 (MQ=255) ctgGAGCTTTTTCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACAtg < 1:474033/70‑1 (MQ=255) gAGCTTTTTCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACAtgt‑g < 1:3066371/69‑1 (MQ=255) gAGCTTTTTCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑gg > 1:2307832/1‑70 (MQ=255) gCTTTTTCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAg > 1:3183642/1‑71 (MQ=255) ttttCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCgg > 1:70812/1‑71 (MQ=255) tttCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCg < 1:966476/69‑1 (MQ=255) tCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑Tg > 1:1838983/1‑71 (MQ=255) tCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑Tg > 1:215397/1‑71 (MQ=255) cTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑Tg < 1:1729025/70‑1 (MQ=255) cTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑Tg < 1:469180/70‑1 (MQ=255) gCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAgg < 1:2617255/71‑1 (MQ=255) cTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGt < 1:3564711/71‑1 (MQ=255) tGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTc > 1:2808273/1‑71 (MQ=255) tGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTc > 1:1480362/1‑71 (MQ=255) gAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCt > 1:1761731/1‑71 (MQ=255) aGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCt > 1:3269423/1‑70 (MQ=255) aGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCt < 1:2200282/70‑1 (MQ=255) aaCTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACAt > 1:748022/1‑46 (MQ=255) aaCTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATa < 1:680132/70‑1 (MQ=255) aCTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACAtgt < 1:243240/47‑1 (MQ=255) aCTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGAt < 1:619715/68‑1 (MQ=255) aCTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAg < 1:3500078/71‑1 (MQ=255) cTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGa < 1:1531311/71‑1 (MQ=255) ttGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAc > 1:3173735/1‑71 (MQ=255) aagaTTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGG‑CTGATAAGAc < 1:1433123/68‑1 (MQ=2) gTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAcgc > 1:1665548/1‑71 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGt < 1:3751649/55‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGAGGT‑TGTAGGt < 1:596031/55‑1 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATaa > 1:730105/1‑61 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAcgc > 1:841225/1‑66 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAcgc > 1:1109265/1‑66 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAg > 1:1522311/1‑71 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACTTGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGc < 1:2470911/71‑1 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCaa < 1:2150778/69‑1 (MQ=255) cggatgcggcgtaAACGCCTTATCCGGCCTACATTT‑GACAGCCGT‑TGTAGGCCTGATAAGACGCGCAAGCg > 1:455237‑M1/14‑71 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGc < 1:2905422/70‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCa < 1:3719056/66‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCa < 1:983599/66‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGc > 1:2160819/1‑69 (MQ=255) gATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTc > 1:3154714/1‑71 (MQ=255) gATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTc > 1:3877854/1‑71 (MQ=255) tGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGG‑CTGATAAGAcg < 1:1481298/60‑1 (MQ=2) gcggcgTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCa > 1:3812378/1‑71 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGc < 1:1306985/35‑1 (MQ=255) gTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTc < 1:1074741/43‑1 (MQ=255) gTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTc < 1:3264685/43‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATa < 1:2127416/45‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAgtgt > 1:2504970/1‑59 (MQ=255) aaCGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAgtgt > 1:2500351/1‑59 (MQ=255) aaCGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGt > 1:3255656/1‑59 (MQ=255) aCGCCTTATCCATCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCaa < 1:2023994/54‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGTGCAAGCGTCGCATCAGACGtt > 1:45135/1‑70 (MQ=255) cGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGtt > 1:249496/1‑70 (MQ=255) gCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGa < 1:3578675/71‑1 (MQ=255) ccTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATc > 1:3743770/1‑61 (MQ=255) ccTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATc > 1:995175/1‑61 (MQ=255) ccTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATc > 1:1167606/1‑61 (MQ=255) ccTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAg < 1:1996159/63‑1 (MQ=255) cTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGtt > 1:1535208/1‑67 (MQ=255) cTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGAtt < 1:461836/71‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACATTT‑GACAGCCGT‑TGTAGGCCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAg > 1:1539771/1‑61 (MQ=14) tATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGAtt > 1:2892249/1‑69 (MQ=255) aTCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGATTg < 1:816944/69‑1 (MQ=255) aGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAcg < 1:2095870/38‑1 (MQ=255) aGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAcg < 1:937388/38‑1 (MQ=255) aGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGAcg < 1:1018290/38‑1 (MQ=255) gACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGATTGCCGGATGCgg < 1:1974326/71‑1 (MQ=255) | GCTGGAGCTTTTTCTGGCTGAGTAAACTTGTATTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCAGCCGACATGT‑GGCAGCGGT‑TGTAGGTCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGACGTTGATTGCCGGATGCGG > minE/1985373‑1985508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |