| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,006,920 | C→G | 8.5% | S2T (AGT→ACT) E327D (GAG→GAC) |
hybB ← hybA ← |
predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,006,920 | 0 | C | G | 8.5% | 274.4 / 12.2 | 94 | S2T (AGT→ACT) E327D (GAG→GAC) | hybB hybA | predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/47); new base G (4/4); total (43/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGCCA > minE/2006850‑2006990 | gACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc > 1:2440112/1‑71 (MQ=255)gACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc > 1:46753/1‑71 (MQ=255) cGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACt > 1:3800675/1‑70 (MQ=255) ttAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCAt > 1:2799579/1‑70 (MQ=255) ttAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATg < 1:1571858/71‑1 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa > 1:2887608/1‑71 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa > 1:2715873/1‑71 (MQ=255) cGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCg < 1:995101/71‑1 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTctcct > 1:2054789/1‑71 (MQ=255) aaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTctcctc > 1:909884/1‑71 (MQ=255) aaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTctcctc > 1:852461/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCtcctcc > 1:3926105/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCtcctcc > 1:1705678/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCtcctcc > 1:1615188/1‑71 (MQ=255) aTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgt > 1:2966778/1‑71 (MQ=255) aTGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:3292691/71‑1 (MQ=255) aTGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:369022/71‑1 (MQ=255) aTGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:233879/71‑1 (MQ=255) tGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:1727085/70‑1 (MQ=255) gACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:2802324/69‑1 (MQ=255) aCCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTctcct < 1:1500014/61‑1 (MQ=255) aCCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGAt > 1:1913876/1‑71 (MQ=255) cGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATgg < 1:3495304/71‑1 (MQ=255) ggTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGt < 1:1358943/71‑1 (MQ=255) gTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAGTCATGATcc > 1:1037427/1‑50 (MQ=255) ttACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGa > 1:198892/1‑64 (MQ=255) ttACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGt > 1:3300373/1‑71 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:2441129/70‑1 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:827569/70‑1 (MQ=255) tgatgaTTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt > 1:3095872/1‑70 (MQ=255) tgatgaTTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt > 1:476561/1‑70 (MQ=255) tgatgaTTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:2170046/69‑1 (MQ=255) tgatgaTTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:248534/69‑1 (MQ=255) tgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTgg > 1:3359735/1‑70 (MQ=255) atTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:1326703/71‑1 (MQ=255) atTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:1756747/71‑1 (MQ=255) tttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:511284/1‑70 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtc > 1:608845/1‑48 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtc > 1:1876125/1‑48 (MQ=255) ccgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcg < 1:3702589/69‑1 (MQ=255) cgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg > 1:2636233/1‑60 (MQ=255) cgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg > 1:1421592/1‑60 (MQ=255) cgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg < 1:2915442/60‑1 (MQ=255) cgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgacg < 1:387678/71‑1 (MQ=255) ccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGaa < 1:1670896/70‑1 (MQ=255) ccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAAc < 1:3629024/71‑1 (MQ=255) aGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTgaga > 1:3892907/1‑64 (MQ=255) aGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgac > 1:2209093/1‑65 (MQ=255) aGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCa < 1:51215/71‑1 (MQ=255) gCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:1401905/52‑1 (MQ=255) gCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:2378772/52‑1 (MQ=255) gCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGt > 1:3431597/1‑49 (MQ=255) gCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGt > 1:139638/1‑49 (MQ=255) cGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:1354772/51‑1 (MQ=255) gTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCa < 1:2087667/70‑1 (MQ=255) tgtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:299993/1‑54 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGt < 1:2822207/43‑1 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGt < 1:1646629/43‑1 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACgg < 1:839761/70‑1 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACgg < 1:3118347/70‑1 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGtt < 1:191682/71‑1 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGtt < 1:2106040/71‑1 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGtt < 1:2625966/71‑1 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGt < 1:1105382/70‑1 (MQ=255) ggATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGAt > 1:198678/1‑35 (MQ=255) ggATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGAt > 1:3103918/1‑35 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg < 1:3258277/45‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg < 1:2787627/45‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCa < 1:989555/61‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCa < 1:486265/61‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtg < 1:1113168/48‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgac < 1:1793113/55‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTaa < 1:833145/71‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTa < 1:758958/70‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTa < 1:2794546/70‑1 (MQ=255) aTCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTaa > 1:3096360/1‑70 (MQ=255) tCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc > 1:1415059/1‑71 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:3390270/40‑1 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:813852/40‑1 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc > 1:1226905/1‑71 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc > 1:3392346/1‑71 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc > 1:712922/1‑71 (MQ=255) cATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt > 1:662639/1‑46 (MQ=255) cATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt > 1:3549587/1‑46 (MQ=255) cATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt > 1:899587/1‑40 (MQ=255) cATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg > 1:2590494/1‑42 (MQ=255) cATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcg > 1:1895352/1‑50 (MQ=255) aTGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:3883284/39‑1 (MQ=255) aTGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGccc < 1:2594592/71‑1 (MQ=255) aTGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGcc > 1:551245/1‑70 (MQ=255) tGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgaa < 1:2901341/50‑2 (MQ=255) tGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGccc < 1:2822059/70‑1 (MQ=255) aCTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:2684045/37‑1 (MQ=255) aCTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgacga > 1:854167/1‑50 (MQ=255) aCTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGcc < 1:2274732/71‑1 (MQ=255) aCTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGc > 1:3847742/1‑70 (MQ=255) cTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGCCa < 1:3708669/71‑1 (MQ=255) | GACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGCCA > minE/2006850‑2006990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |