| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,477,458 | T→C | 21.3% | V168V (GTT→GTC) | pstA → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,477,458 | 0 | T | C | 21.3% | 118.1 / 28.3 | 61 | V168V (GTT→GTC) | pstA | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/29); new base C (7/6); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTG > minE/2477388‑2477524 | tggCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGtt < 1:732492/71‑1 (MQ=255) ggCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGtt > 1:2546988/1‑70 (MQ=255) gcgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTAt < 1:3684212/71‑1 (MQ=255) gcgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCAt > 1:3141507/1‑71 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTAt < 1:1015911/70‑1 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATc > 1:632880/1‑71 (MQ=255) gcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATc > 1:652125/1‑70 (MQ=255) aGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCg > 1:1500903/1‑70 (MQ=255) gCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCg < 1:3505377/71‑1 (MQ=255) cGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATg < 1:317038/70‑1 (MQ=255) cGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGc < 1:2868292/71‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCt > 1:2605501/1‑70 (MQ=255) gCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTg < 1:1163959/71‑1 (MQ=255) tGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa > 1:753940/1‑70 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc < 1:2297666/71‑1 (MQ=255) cgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGAAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTg > 1:875377/1‑71 (MQ=255) gcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTg > 1:1382246/1‑71 (MQ=255) gTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc > 1:3255322/1‑71 (MQ=255) tGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGtt > 1:247428/1‑35 (MQ=255) tGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc > 1:260889/1‑70 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGt < 1:1678593/70‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:687274/1‑71 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGt < 1:922357/70‑1 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTAc < 1:2862616/71‑1 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:3684545/1‑70 (MQ=255) ccTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGcc < 1:154843/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGcc < 1:816007/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGcc < 1:1374763/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGTTGTTGCAGGTGACGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGcc < 1:1360320/71‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCt > 1:309857/1‑71 (MQ=255) ggCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTAc < 1:1511447/64‑1 (MQ=255) gCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg > 1:1448594/1‑71 (MQ=255) cGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTgg > 1:1075149/1‑54 (MQ=255) gttgttGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCg < 1:285763/58‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa < 1:2312677/71‑1 (MQ=255) tgttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc > 1:2950975/1‑48 (MQ=255) ttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGc < 1:798604/71‑1 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:3534877/1‑71 (MQ=255) aGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc < 1:2923081/49‑1 (MQ=255) aGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc < 1:1835729/49‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg < 1:2132570/59‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg < 1:3376881/59‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTa < 1:960279/71‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTa < 1:193074/71‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCt < 1:1540317/55‑1 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCTAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGTCTTa < 1:3183667/69‑1 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa > 1:3639433/1‑60 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa > 1:3080509/1‑60 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATg > 1:1774199/1‑71 (MQ=255) ccGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgc < 1:3312568/71‑1 (MQ=255) ccGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATg < 1:2222710/70‑1 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACa > 1:2208532/1‑48 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg < 1:2887635/55‑1 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg < 1:923391/55‑1 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg < 1:1740054/55‑1 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgcg < 1:2948601/71‑1 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGaa > 1:3075751/1‑58 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGaa > 1:474693/1‑58 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa < 1:1300773/57‑1 (MQ=255) aTTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGaa < 1:288020/57‑1 (MQ=255) ttGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGcc < 1:1100086/48‑1 (MQ=255) ttGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTg > 1:36352/1‑71 (MQ=255) ttGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTg > 1:3042489/1‑71 (MQ=255) ttGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgc > 1:3515704/1‑67 (MQ=255) ttATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTa < 1:3608623/61‑1 (MQ=255) tATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa < 1:2743133/51‑1 (MQ=255) | TGGCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTG > minE/2477388‑2477524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |