| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,549,665 | G→A | 18.7% | G248R (GGG→AGG) | kbl → | glycine C‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,549,665 | 0 | G | A | 18.7% | 66.7 / 9.6 | 32 | G248R (GGG→AGG) | kbl | glycine C‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/16); new base A (4/2); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
TGAATACTGCGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAGCGTTCTCGTC > minE/2549601‑2549731 | tGAATACTGCGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCAGGGCtt > 1:736380/1‑71 (MQ=255)tGAATACTGCGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCAGGGCtt > 1:3794846/1‑71 (MQ=255) aTACTGCGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCt < 1:2823094/70‑1 (MQ=255) cTGCGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCtggt < 1:8559/70‑1 (MQ=255) cGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCtggtgg < 1:558847/69‑1 (MQ=255) cGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCtggtgg < 1:3520884/69‑1 (MQ=255) cGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTggtggt > 1:1979113/1‑70 (MQ=255) aTGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACcgc > 1:1969938/1‑71 (MQ=255) ccGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCgcggcg > 1:289420/1‑70 (MQ=255) gggTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTtata > 1:1889428/1‑60 (MQ=255) attatCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCtgg < 1:318756/44‑1 (MQ=255) tatCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTc > 1:2413033/1‑39 (MQ=255) atCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTgg < 1:1709975/70‑1 (MQ=255) atCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGt > 1:1448145/1‑71 (MQ=255) aCCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCgcgg > 1:2669769/1‑52 (MQ=255) aCCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTg < 1:1298608/70‑1 (MQ=255) cGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGt > 1:970246/1‑71 (MQ=255) gTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTgg < 1:969607/71‑1 (MQ=255) tACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAg > 1:1584863/1‑67 (MQ=255) gCTTGGTAAAGCGCTGGGCAGGGCTTCTGGTGGTta < 1:1104996/36‑1 (MQ=255) tGGTAAAGCGCTGGGCAGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCTCAAAGAAGTGGTTGAGTGGc < 1:705978/65‑1 (MQ=255) ggTAAAGCGCTGGGCGGGTCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGcc < 1:290184/70‑1 (MQ=255) ggTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGcc < 1:2125579/70‑1 (MQ=255) gTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGtt < 1:1311813/56‑1 (MQ=255) gTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAg < 1:667993/71‑1 (MQ=255) tAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTg < 1:3686179/56‑1 (MQ=255) aaGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAGCg < 1:1367359/70‑1 (MQ=255) aaGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAGCGt < 1:3221766/71‑1 (MQ=255) cTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGa > 1:489080/1‑50 (MQ=255) gggCAGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAGCGTTCTCGTc > 1:2415013/1‑71 (MQ=255) gggCAGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAGCGTTCTCGTc > 1:3128931/1‑71 (MQ=255) gCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTg < 1:1964684/45‑1 (MQ=255) | TGAATACTGCGATGTGATGGGCCGGGTCGATATTATCACCGGTACGCTTGGTAAAGCGCTGGGCGGGGCTTCTGGTGGTTATACCGCGGCGCGCAAAGAAGTGGTTGAGTGGCTGCGCCAGCGTTCTCGTC > minE/2549601‑2549731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |