| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,338 | T→G | 20.7% | intergenic (+106/‑1673) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,338 | 0 | T | G | 20.7% | 98.3 / 35.6 | 63 | intergenic (+106/‑1673) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/34); new base G (8/5); total (24/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
AAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACA > minE/2571269‑2571408 | aaGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaat < 1:3318810/70‑1 (MQ=255) aGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaataa < 1:2593480/71‑1 (MQ=255) ggACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAg < 1:78859/71‑1 (MQ=255) gACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:1057921/71‑1 (MQ=255) gACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:707929/71‑1 (MQ=255) aCTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:707223/70‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaata > 1:106744/1‑63 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:2119564/70‑1 (MQ=255) 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1:2571275/3‑43 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATc > 1:466854/1‑71 (MQ=255) gatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTAAAGAAGTTc > 1:2962167/1‑39 (MQ=9) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGtt < 1:1363014/36‑1 (MQ=255) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCg < 1:1035998/71‑1 (MQ=255) tgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATcc > 1:602030/1‑71 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:334079/1‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc < 1:833991/70‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTc > 1:1663272/3‑67 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:1699436/68‑1 (MQ=255) ccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTga < 1:2002593/69‑2 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTACCCGTCTTGATc < 1:681628/71‑1 (MQ=255) atttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1204721/2‑71 (MQ=255) ttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTg > 1:1385251/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTgt > 1:3859165/1‑70 (MQ=255) tatTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:2954658/46‑1 (MQ=255) tatTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTAACCGTCTTGTTCTGCCGc < 1:1658843/70‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:3677991/70‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:2701468/70‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATga < 1:2009661/71‑1 (MQ=255) gcaTGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa < 1:3193494/45‑1 (MQ=255) gcaTGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa < 1:3041316/45‑1 (MQ=255) tATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc > 1:779794/1‑57 (MQ=255) tATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGa > 1:2418661/1‑67 (MQ=255) aTGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATgag < 1:3209317/70‑1 (MQ=255) tGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGAc > 1:355609/1‑71 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:209001/70‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:3269259/70‑1 (MQ=255) aataaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtat < 1:257301/70‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata < 1:2815788/70‑1 (MQ=255) taaGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACa > 1:13632/1‑71 (MQ=255) | AAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACA > minE/2571269‑2571408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |