| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,572,989 | T→C | 34.7% | intergenic (+1757/‑22) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,572,989 | 0 | T | C | 34.7% | 46.0 / 43.5 | 49 | intergenic (+1757/‑22) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/15); new base C (9/8); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
CAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGG > minE/2572920‑2573059 | cAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt < 1:3208275/70‑1 (MQ=255) gCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt < 1:2518800/68‑1 (MQ=255) ataGGGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAc > 1:2736402/1‑71 (MQ=255) taGAGGCTTAAGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAAcc < 1:925975/71‑1 (MQ=255) gagGCTTAAGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAg < 1:2379440/71‑1 (MQ=255) cTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACgg < 1:1317361/71‑1 (MQ=255) ggAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAAtt > 1:1195105/1‑71 (MQ=255) agaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTa < 1:1640416/71‑1 (MQ=255) 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cACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGc > 1:1499541/1‑66 (MQ=255) cTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTa < 1:3912471/50‑1 (MQ=255) cTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctttcttt > 1:3545471/1‑71 (MQ=255) tataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGaa < 1:3048141/60‑1 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:3172466/1‑71 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc < 1:1457097/70‑1 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCg > 1:2813101/1‑71 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCg > 1:1536972/1‑71 (MQ=255) aCCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCgg > 1:3672216/1‑71 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCgg > 1:3292378/1‑70 (MQ=255) 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ttGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTgg > 1:3150937/1‑71 (MQ=255) | CAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGG > minE/2572920‑2573059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |