| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,645,155 | A→G | 13.4% | E374E (GAA→GAG) | gntU → | gluconate transporter, low affinity GNT 1 system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,645,155 | 0 | A | G | 13.4% | 129.0 / 11.0 | 52 | E374E (GAA→GAG) | gntU | gluconate transporter, low affinity GNT 1 system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/21); new base G (3/4); total (27/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTGTC > minE/2645087‑2645224 | cgcATCATTCAGGGTTCTGCCCCCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATG‑CGGCTATTGaacaa > 1:2581558/1‑71 (MQ=255)cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:145829/71‑1 (MQ=255) atcatTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACt > 1:1810439/1‑71 (MQ=255) tcatTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTg < 1:2505883/71‑1 (MQ=255) catTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTg > 1:3233242/1‑70 (MQ=255) atTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGaa < 1:3150201/71‑1 (MQ=255) atTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGa < 1:3069535/70‑1 (MQ=255) ttCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAac > 1:266104/1‑71 (MQ=255) cAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACt > 1:3569004/1‑65 (MQ=255) cAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTg < 1:3049902/66‑1 (MQ=255) cAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAacta > 1:1023992/1‑71 (MQ=255) cAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAacta > 1:1924492/1‑71 (MQ=255) cAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAacta > 1:1823501/1‑71 (MQ=255) cAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAacta > 1:3548595/1‑71 (MQ=255) aGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAactac < 1:2161548/71‑1 (MQ=255) cTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGt > 1:332713/1‑71 (MQ=255) gCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaacaa > 1:292986/1‑54 (MQ=255) ccACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGCTGCCGGTTATTGaacaa > 1:1261666/1‑53 (MQ=255) ccACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaacaa > 1:3162227/1‑53 (MQ=255) ccACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTgc < 1:2262055/70‑1 (MQ=255) aCCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCa < 1:2401186/71‑1 (MQ=255) ccGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCa > 1:995414/1‑70 (MQ=255) ccGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCa > 1:1024139/1‑70 (MQ=255) gTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAAt < 1:3579249/71‑1 (MQ=255) gCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggc > 1:3152505/1‑71 (MQ=255) gCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATgg < 1:3373143/70‑1 (MQ=255) tGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcggc > 1:1718026/1‑71 (MQ=255) gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTc < 1:689999/52‑1 (MQ=255) gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTc < 1:180374/52‑1 (MQ=255) gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGgcggcg > 1:883228/1‑71 (MQ=255) tttAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGa > 1:2688842/1‑44 (MQ=255) tttAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGa > 1:605988/1‑44 (MQ=255) tttAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGgcgc > 1:3840633/1‑71 (MQ=255) ttAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCt > 1:1501515/1‑71 (MQ=255) aaCGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTg < 1:1870726/40‑1 (MQ=255) aCGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTc < 1:42628/71‑1 (MQ=255) ggcggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGaa > 1:2553587/1‑39 (MQ=255) ggcggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcg > 1:3363787/1‑61 (MQ=255) gcggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGAt < 1:2535604/71‑1 (MQ=255) tAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt < 1:2168203/71‑1 (MQ=255) ggACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTg < 1:604388/60‑1 (MQ=255) aCTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTg > 1:1973545/1‑58 (MQ=255) aCTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCg > 1:3033050/1‑71 (MQ=255) gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtgg < 1:2201031/71‑1 (MQ=255) gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCt < 1:336846/69‑1 (MQ=255) tGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcg < 1:1729384/47‑1 (MQ=255) tGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcg < 1:1944294/47‑1 (MQ=255) gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGCTTTGTATCGCtggtg > 1:3185843/1‑71 (MQ=255) tGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTggtggt < 1:1042840/71‑1 (MQ=255) gTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCt < 1:1645405/44‑1 (MQ=255) ttATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt < 1:2935035/53‑1 (MQ=255) tATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt > 1:3400130/1‑52 (MQ=255) tATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttg > 1:353100/1‑71 (MQ=255) aTTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttg < 1:107733/70‑1 (MQ=255) aTTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttg < 1:2538645/70‑1 (MQ=255) tGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGt > 1:1529173/1‑41 (MQ=255) tGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgttg > 1:2602802/1‑71 (MQ=255) aacaacTGTACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATtgttgt < 1:2887965/70‑1 (MQ=255) aacaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATtgttgt < 1:10611/70‑1 (MQ=255) aacaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATtgttgt > 1:1835142/1‑70 (MQ=255) aacaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATtgttgt < 1:203307/70‑1 (MQ=255) aacaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTGTc < 1:3650709/71‑1 (MQ=255) | CGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTGTC > minE/2645087‑2645224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |