| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,675,295 | G→A | 24.3% | L60L (CTG→TTG) | gntY ← | predicted gluconate transport associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,675,295 | 0 | G | A | 24.3% | 131.9 / 40.6 | 74 | L60L (CTG→TTG) | gntY | predicted gluconate transport associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/29); new base A (9/9); total (36/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAG > minE/2675229‑2675363 | tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa < 1:2317746/71‑1 (MQ=255)tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa < 1:2091591/71‑1 (MQ=255)tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTc > 1:3929807/1‑70 (MQ=255) aCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaaa > 1:642077/1‑71 (MQ=255) cAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAt > 1:3283767/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt > 1:2841736/1‑71 (MQ=255) aaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAttt > 1:3424207/1‑71 (MQ=255) aaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAttt < 1:582688/71‑1 (MQ=255) aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAttt < 1:1065570/70‑1 (MQ=255) aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTc < 1:2816786/71‑1 (MQ=255) aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTc < 1:1706791/71‑1 (MQ=255) aTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaa < 1:454947/65‑1 (MQ=255) tCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACTCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAg < 1:2931406/71‑1 (MQ=255) cGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAgg > 1:2469390/1‑71 (MQ=255) ctctGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCtg > 1:390359/1‑71 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGc < 1:913946/66‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCtgt < 1:645904/69‑1 (MQ=255) gCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATTAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc > 1:2775525/1‑71 (MQ=255) aTCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg < 1:760985/71‑1 (MQ=255) aTCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:3070291/1‑71 (MQ=255) tCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCCGTGTCGGt > 1:1197603/1‑71 (MQ=255) cTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCa > 1:47156/1‑57 (MQ=255) cTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTg > 1:3645930/1‑71 (MQ=255) ccAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTgg < 1:1976417/69‑1 (MQ=255) aGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTc < 1:1364428/71‑1 (MQ=255) ggTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTcc < 1:2933787/71‑1 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:3378743/1‑71 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAt > 1:1240256/1‑46 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAt > 1:1326042/1‑46 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:1305105/60‑1 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:184560/60‑1 (MQ=255) tttGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGGGGCTTCca < 1:1170542/68‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCt < 1:898606/52‑1 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt > 1:2759859/1‑58 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCg > 1:825348/1‑71 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCtg > 1:940529/1‑51 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt < 1:289290/41‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt < 1:3553712/41‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTACca > 1:1160608/1‑65 (MQ=255) cgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAtt < 1:2797623/39‑1 (MQ=255) cgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTcc > 1:330789/1‑71 (MQ=255) cgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTcc > 1:1310610/1‑71 (MQ=255) gcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcg < 1:2582059/71‑1 (MQ=255) gcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcg < 1:1426784/71‑1 (MQ=255) cTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTg > 1:377276/1‑54 (MQ=255) cTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTcc < 1:284295/60‑1 (MQ=255) cTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGc < 1:1330830/44‑1 (MQ=255) ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggc > 1:511906/1‑71 (MQ=255) tAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGc < 1:538828/42‑1 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAggg > 1:2574728/1‑40 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTgg > 1:1139908/1‑52 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCt > 1:2559470/1‑54 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg < 1:214504/70‑1 (MQ=255) aCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGCGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGa < 1:2592227/71‑1 (MQ=255) cTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg < 1:3044411/68‑1 (MQ=255) atcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGGGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAAt < 1:3476388/71‑1 (MQ=255) tcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcgg < 1:3039874/62‑1 (MQ=255) tcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATa < 1:985489/71‑1 (MQ=255) aaCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCtg > 1:58422/1‑35 (MQ=255) aaCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCtg > 1:255305/1‑35 (MQ=255) aaCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAg > 1:2701474/1‑53 (MQ=255) aaCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAg > 1:2256537/1‑53 (MQ=255) aaCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAAt > 1:2865575/1‑68 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAg > 1:118657/1‑70 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa < 1:836062/71‑1 (MQ=255) cATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca < 1:2366409/48‑1 (MQ=255) cATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:1325188/38‑1 (MQ=255) aTACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTc > 1:3902517/1‑54 (MQ=255) aTACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTc > 1:3865202/1‑54 (MQ=255) tACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTg < 1:2469156/39‑1 (MQ=255) cgcgGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa > 1:3264265/1‑66 (MQ=255) gTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCcaca < 1:1307500/71‑1 (MQ=255) gTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCcaca > 1:935044/1‑71 (MQ=255) tCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAt < 1:608878/71‑1 (MQ=255) agcagGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTc < 1:689240/71‑1 (MQ=255) cagGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAg < 1:3660817/71‑1 (MQ=255) ggTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcg < 1:3118933/42‑1 (MQ=255) | TAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAG > minE/2675229‑2675363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |