| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,790,849 | C→T | 44.7% | intergenic (+244/‑531) | pgi → / → ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,790,849 | 0 | C | T | 44.7% | 8.7 / 44.9 | 38 | intergenic (+244/‑531) | pgi/ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/12); new base T (6/11); total (15/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
TTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTT > minE/2790790‑2790918 | ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa > 1:1214959/1‑67 (MQ=255)ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa > 1:339611/1‑67 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAttt < 1:1828104/70‑1 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAtttt < 1:2489364/70‑1 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTaa < 1:2572366/71‑1 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCg < 1:364247/71‑1 (MQ=255) aTAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgt > 1:983217/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAg > 1:3439795/1‑57 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATTCCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa < 1:3644323/69‑1 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAtt < 1:818798/71‑1 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAtt < 1:2477120/71‑1 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATa < 1:1658926/48‑1 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAttt > 1:1905016/1‑69 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTaa < 1:1874757/51‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa < 1:2754261/70‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:91123/69‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:430055/69‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:1224923/69‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa < 1:2611971/70‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:3146650/69‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:1121102/68‑1 (MQ=255) aaaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:3328102/2‑60 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:1880512/66‑1 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:288792/1‑69 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtt < 1:1555990/38‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtttt > 1:3513517/1‑38 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtttt > 1:1588460/1‑38 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTaa < 1:2570428/71‑1 (MQ=255) tCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTg > 1:1364739/1‑71 (MQ=255) cGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTg > 1:2052480/1‑71 (MQ=255) tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt > 1:3355688/1‑71 (MQ=255) tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTAGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt < 1:2933692/71‑1 (MQ=255) gAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt > 1:1691437/1‑71 (MQ=255) gAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt > 1:2674539/1‑71 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt < 1:2973785/70‑1 (MQ=255) gTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATAc < 1:739072/47‑1 (MQ=255) tAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGATTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt > 1:380389/1‑71 (MQ=255) aCCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt < 1:3386217/71‑1 (MQ=255) | TTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTT > minE/2790790‑2790918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |