| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,816,309 | T→C | 22.0% | intergenic (‑52/‑34) | soxS ← / → soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator/DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,816,309 | 0 | T | C | 22.0% | 111.4 / 28.2 | 59 | intergenic (‑52/‑34) | soxS/soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator/DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/28); new base C (5/8); total (23/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCT > minE/2816239‑2816377 | taatTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGtat < 1:1886029/71‑1 (MQ=255) atTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATaa < 1:1394554/71‑1 (MQ=255) ttttCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAAt < 1:1026491/71‑1 (MQ=255) ttttCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAAt < 1:1203113/71‑1 (MQ=255) ttCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAAtt < 1:2153303/70‑1 (MQ=255) cTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTTCAATTCCt > 1:44646/1‑71 (MQ=255) aTGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTc > 1:2792066/1‑69 (MQ=255) tGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAg > 1:3388412/1‑71 (MQ=255) gACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGtt > 1:3841374/1‑70 (MQ=255) aCATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCaa < 1:1228145/66‑1 (MQ=255) aCATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTa < 1:1388367/70‑1 (MQ=255) cATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAAc > 1:3515915/1‑71 (MQ=255) aTAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAAt < 1:924978/57‑1 (MQ=255) aTAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACt < 1:1824001/71‑1 (MQ=255) tAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGtat < 1:2019392/53‑1 (MQ=255) tAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATaa < 1:2035157/55‑1 (MQ=255) tAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACtt < 1:1822051/71‑1 (MQ=255) tAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTc > 1:3037445/1‑61 (MQ=255) aaaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACtt > 1:549428/1‑70 (MQ=255) aaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACtt > 1:3599146/1‑69 (MQ=255) aaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:2235975/70‑1 (MQ=255) aaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:295977/70‑1 (MQ=255) aaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTg < 1:3862834/70‑1 (MQ=255) aaTCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTAGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACtt > 1:1010609/1‑69 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTaa < 1:395971/70‑1 (MQ=255) ccTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTaaa < 1:174973/71‑1 (MQ=255) ctTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTcc > 1:697292/1‑48 (MQ=255) ctTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTcc > 1:268550/1‑48 (MQ=255) ctTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTaaa > 1:3718592/1‑68 (MQ=255) ttttCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGc < 1:3561743/69‑1 (MQ=255) cAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTg > 1:1566746/1‑56 (MQ=255) cAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGAttt < 1:2073810/70‑1 (MQ=255) cAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGAttt < 1:3434847/70‑1 (MQ=255) aGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTa < 1:1174460/70‑1 (MQ=255) aGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTa < 1:1362476/70‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTaa > 1:2531342/1‑57 (MQ=255) tCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAg < 1:3558980/42‑1 (MQ=255) aGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGaa > 1:1780097/1‑68 (MQ=255) aGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGaa > 1:1050262/1‑68 (MQ=255) aGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAg < 1:3210703/71‑1 (MQ=255) gTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCa < 1:1557473/37‑1 (MQ=255) tCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAAg > 1:2855784/1‑37 (MQ=255) gTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGaa < 1:2688668/68‑1 (MQ=255) gTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAAt < 1:81444/70‑1 (MQ=255) gTTAATTCATCTGTTGGGGAGTACAATTCCTCAGGTTAACTTGAGGTaa < 1:2518323/49‑1 (MQ=39) tAATTCATCTGTTGGGTAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGAttt < 1:616110/55‑1 (MQ=255) tAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGAttt < 1:2523463/55‑1 (MQ=255) aTTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTAccc > 1:3119963/1‑71 (MQ=255) tCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGa < 1:358753/35‑1 (MQ=255) tCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa > 1:3187609/1‑39 (MQ=255) cTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCAt > 1:2402764/1‑70 (MQ=255) cTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCAt > 1:3900526/1‑70 (MQ=255) tGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCAtt > 1:2307010/1‑70 (MQ=255) ttGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTa < 1:2427011/69‑1 (MQ=255) ttGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTa < 1:3641322/69‑1 (MQ=255) ttGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTa < 1:3364909/35‑1 (MQ=255) ttGGGGAGTACAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCAtt < 1:3400342/68‑1 (MQ=255) ggggAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAg < 1:3251350/70‑1 (MQ=255) gggAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGaa < 1:3640831/52‑1 (MQ=255) aGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGaa < 1:2938647/49‑1 (MQ=255) gTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCgctgc > 1:2934453/1‑71 (MQ=255) tataATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGa < 1:458327/46‑1 (MQ=255) ataATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCgctgct < 1:2567131/70‑1 (MQ=255) | TAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCT > minE/2816239‑2816377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |