| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,886,319 | G→A | 11.3% | G191S (GGT→AGT) | ytfI → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,886,319 | 0 | G | A | 11.3% | 118.9 / 5.3 | 44 | G191S (GGT→AGT) | ytfI | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/21); new base A (3/2); total (21/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
GTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTCA > minE/2886251‑2886388 | gTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGt < 1:1273305/71‑1 (MQ=255)gTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAAGt < 1:3724968/71‑1 (MQ=255) gCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAAt > 1:2500559/1‑71 (MQ=255) cTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAAtt > 1:1337549/1‑70 (MQ=255) aTTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTaa < 1:3130280/69‑1 (MQ=255) aTTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTa > 1:1793752/1‑68 (MQ=255) ttGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAg < 1:2271158/70‑1 (MQ=255) ggaTATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCg < 1:2330092/71‑1 (MQ=255) ataGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAAGTGGAATTAAAGAATGCgatg > 1:3587578/1‑70 (MQ=255) taGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAAGTGGAATTAAAGAATGCgatgga < 1:693564/71‑1 (MQ=255) gTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTaaa > 1:1340396/1‑57 (MQ=255) gTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCgatggatg > 1:2733109/1‑71 (MQ=255) tAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGatggatgg < 1:1721827/71‑1 (MQ=255) aaGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAAGTGGAATTAAAGAATGCGatggatgg > 1:1049935/1‑70 (MQ=255) aGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGta > 1:1572518/1‑71 (MQ=255) gCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGtat < 1:3715619/71‑1 (MQ=255) aaTTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCgatgga < 1:3205376/62‑1 (MQ=255) aaTTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAtt > 1:1875345/1‑71 (MQ=255) aTTAAAACGTGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt < 1:385016/71‑1 (MQ=255) aTTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt < 1:1649324/71‑1 (MQ=255) aTTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt < 1:1258712/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATg > 1:2596572/1‑53 (MQ=255) aaaCGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGaa < 1:3569624/48‑1 (MQ=255) cGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCga > 1:2839271/1‑50 (MQ=255) tAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCgatgga < 1:86067/49‑1 (MQ=255) tAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCgatg < 1:2714724/47‑1 (MQ=255) tAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAaataa > 1:3786669/1‑71 (MQ=255) aaTTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGt < 1:1164320/51‑1 (MQ=255) aaTTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAaataat > 1:691545/1‑70 (MQ=255) aaTTTGAACTCCAAATAACAGGAGGTGGAATTAAAGAATCCgatggaa > 1:725968/1‑47 (MQ=255) aTTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAAtt > 1:316796/1‑70 (MQ=255) tttGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTa > 1:2737385/1‑56 (MQ=255) tttGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTa > 1:2672290/1‑56 (MQ=255) ttGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGta > 1:2791239/1‑49 (MQ=255) tGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATtgat > 1:1533371/1‑70 (MQ=255) aCTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATa < 1:2597984/71‑1 (MQ=255) tCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt < 1:3302640/48‑1 (MQ=255) tCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAaat < 1:3050519/58‑1 (MQ=255) cAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAAtt < 1:2696049/70‑1 (MQ=255) aaaTACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAtt < 1:3642064/44‑1 (MQ=255) aaTACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTg > 1:1849722/1‑71 (MQ=255) aaTACCAGGAAGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTg > 1:421894/1‑71 (MQ=255) ccAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAtt < 1:123594/39‑1 (MQ=255) cAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATa < 1:811488/71‑1 (MQ=255) gaggTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTc < 1:160802/71‑1 (MQ=255) gaggTGGAATTAAAGAATGCGATGGATAGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTc < 1:1117692/71‑1 (MQ=255) aggTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGt > 1:2036041/1‑69 (MQ=255) aggTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTCa < 1:1757349/71‑1 (MQ=255) | GTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTCA > minE/2886251‑2886388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |