| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,891,414 | C→A | 54.4% | P23P (CCC→CCA) | ytfQ → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,891,414 | 0 | C | A | 54.4% | 7.1 / 104.4 | 68 | P23P (CCC→CCA) | ytfQ | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base A (11/26); total (27/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
TGTGGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGAA > minE/2891347‑2891482 | tgtgGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTa < 1:418485/71‑1 (MQ=255) tgGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAAc > 1:1820166/1‑71 (MQ=255) tgGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTaa < 1:3356470/70‑1 (MQ=255) aaaCGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGt < 1:2685221/71‑1 (MQ=255) aCGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTg > 1:1132957/1‑71 (MQ=255) aCGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTg > 1:318315/1‑71 (MQ=255) cGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTgg < 1:42492/71‑1 (MQ=255) cttacttaTAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGAt > 1:921369/1‑71 (MQ=255) acttaTAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGAttt < 1:3908750/70‑1 (MQ=255) cttaTAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGAtttt < 1:2596769/70‑1 (MQ=255) ataGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCg > 1:2861598/1‑69 (MQ=255) ataGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGc < 1:3351605/70‑1 (MQ=255) ataGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTa < 1:2161674/54‑1 (MQ=255) ataGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTa < 1:541637/54‑1 (MQ=255) ataGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGc < 1:1856166/70‑1 (MQ=255) aGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAg > 1:3408748/1‑70 (MQ=255) ctctGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcg > 1:489079/1‑71 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgg < 1:258396/69‑1 (MQ=255) cAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGt > 1:681048/1‑49 (MQ=255) cAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGt > 1:1968536/1‑49 (MQ=255) cAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGt < 1:2010274/49‑1 (MQ=255) cAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgga < 1:3089157/68‑1 (MQ=255) cAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgga < 1:499906/68‑1 (MQ=255) aGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcg > 1:871396/1‑70 (MQ=255) gTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcgga < 1:885768/71‑1 (MQ=255) gTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcgg > 1:3676678/1‑70 (MQ=255) tctcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGAttt < 1:3723029/53‑1 (MQ=255) tctcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCg < 1:1939772/56‑1 (MQ=255) ctcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcg > 1:3271615/1‑62 (MQ=255) ctcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcg > 1:2850521/1‑62 (MQ=255) ctcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGaa > 1:3886563/1‑70 (MQ=255) tcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAAt > 1:3601053/1‑70 (MQ=255) ggCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAg > 1:1839604/1‑71 (MQ=255) ggCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCTTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATc < 1:2108057/69‑1 (MQ=255) gCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggat < 1:847958/61‑1 (MQ=255) aGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATc > 1:3640409/1‑66 (MQ=255) gCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTg < 1:1303564/71‑1 (MQ=255) ccATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTg > 1:1888078/1‑70 (MQ=255) cATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGc < 1:1183195/71‑1 (MQ=255) cATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGc < 1:3402175/71‑1 (MQ=255) tGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgga < 1:132197/53‑1 (MQ=255) tGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGt > 1:13267/1‑71 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTgg < 1:1854533/66‑1 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTg < 1:1544429/70‑1 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTg < 1:1181534/70‑1 (MQ=255) gtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGcc < 1:1984656/70‑1 (MQ=255) gtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCg > 1:2338416/1‑71 (MQ=255) cTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCg > 1:1267879/1‑69 (MQ=255) aTGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgg < 1:3252524/44‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCa < 1:211090/68‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGa < 1:3349980/70‑1 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGGTGGCGTGCCGCAGAAAc > 1:3851037/1‑71 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAAc < 1:1963135/71‑1 (MQ=255) gTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAg < 1:860430/50‑1 (MQ=255) gTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAg < 1:2538235/50‑1 (MQ=255) gTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCa < 1:3943506/71‑1 (MQ=255) ttGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcgg < 1:1870511/43‑1 (MQ=255) ttGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcgg < 1:487340/43‑1 (MQ=255) ttGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCa < 1:3687504/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAAt < 1:3226840/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAAt > 1:2877894/1‑44 (MQ=255) gCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGc > 1:138553/1‑52 (MQ=255) gCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAAtgt < 1:1587719/71‑1 (MQ=255) gCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAAtg < 1:1523635/70‑1 (MQ=255) ccGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAAtgtg < 1:2061651/71‑1 (MQ=255) gCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGc > 1:1826718/1‑71 (MQ=255) gCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGc > 1:2996377/1‑71 (MQ=255) gCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGc > 1:1977426/1‑71 (MQ=255) ccTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGaa < 1:3297028/70‑1 (MQ=255) | TGTGGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGAA > minE/2891347‑2891482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |