| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 312,627 | A→G | 6.8% | S82S (AGT→AGC) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 312,627 | 0 | A | G | 6.8% | 329.7 / 11.0 | 117 | S82S (AGT→AGC) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/59); new base G (6/2); total (56/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GAACCTGCGCGATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTG > minE/312557‑312696 | gAACCTGCGCGATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCa > 1:1004204/1‑71 (MQ=255) aaCCTGCGCGATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCACGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCa < 1:2806951/70‑1 (MQ=255) cTGCGCGATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGt < 1:3169355/71‑1 (MQ=255) gcgcGATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCa > 1:2965798/1‑65 (MQ=255) cgATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTagag < 1:2077407/71‑1 (MQ=255) atatCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:10652/1‑71 (MQ=255) atatCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:2873614/1‑71 (MQ=255) atCCGCATCAGTACGAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACa > 1:33773/1‑71 (MQ=255) cGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATg > 1:2575464/1‑70 (MQ=255) cGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATg < 1:3094677/70‑1 (MQ=255) gCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:3178849/1‑71 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:1144665/1‑70 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa < 1:3566946/70‑1 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc < 1:2717478/71‑1 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc < 1:2874417/71‑1 (MQ=255) aTCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTaga < 1:919007/60‑1 (MQ=255) aTCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTaga < 1:203686/60‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTagag > 1:1795913/1‑58 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2076713/71‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2134927/71‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:3408802/71‑1 (MQ=255) gTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGt < 1:1073532/64‑1 (MQ=255) tACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAgg < 1:640487/71‑1 (MQ=255) cAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:1891773/66‑1 (MQ=255) cAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2557084/66‑1 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc > 1:1876565/1‑61 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt < 1:2655081/71‑1 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt < 1:2420090/71‑1 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:51735/1‑71 (MQ=255) gACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:1523062/1‑70 (MQ=255) gACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3319888/1‑71 (MQ=255) aCTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:93835/1‑70 (MQ=255) aCTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:2039442/1‑70 (MQ=255) cTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACt < 1:2529929/42‑1 (MQ=255) cTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa < 1:2061349/71‑1 (MQ=255) cTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa < 1:2119506/71‑1 (MQ=255) tCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACa < 1:1175603/58‑1 (MQ=255) tCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGtt < 1:2767310/65‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:1652470/1‑65 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa < 1:1442003/68‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:1521077/70‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:1616987/70‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATAc < 1:3728057/71‑1 (MQ=255) taGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt < 1:2371790/63‑1 (MQ=255) aaGGTAAGGGTAATTGTCACGCTACCGGCGGAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATAcc < 1:2900353/71‑1 (MQ=255) aGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCg > 1:76873/1‑71 (MQ=255) ggTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGt < 1:1404292/71‑1 (MQ=255) ggTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGt > 1:2738827/1‑71 (MQ=255) cAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCa > 1:1235896/1‑71 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3008188/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3058917/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:981753/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:2498347/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:2170609/69‑1 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCa > 1:3488319/1‑70 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAg > 1:3177005/1‑52 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata < 1:941128/71‑1 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata > 1:1217826/1‑71 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAgg > 1:2908011/1‑38 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:579410/1‑39 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:562294/1‑39 (MQ=255) gTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa > 1:2172799/1‑58 (MQ=255) aTCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTa < 1:3700416/51‑1 (MQ=255) aTCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTg > 1:3101348/1‑71 (MQ=255) tCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCg > 1:104342/1‑59 (MQ=255) tCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGt > 1:1834067/1‑71 (MQ=255) cTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc > 1:431966/1‑40 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc > 1:3578790/1‑59 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc > 1:1137642/1‑59 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTc > 1:3525639/1‑70 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTc > 1:3421168/1‑70 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa > 1:2179881/1‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |