| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 312,633 | A→G | 6.4% | S80S (TCT→TCC) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 312,633 | 0 | A | G | 6.4% | 360.7 / 10.4 | 125 | S80S (TCT→TCC) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/65); new base G (6/2); total (58/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CGATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCA > minE/312566‑312703 | cgATATCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTagag < 1:2077407/71‑1 (MQ=255) atatCCGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:10652/1‑71 (MQ=255) atCCGCATCAGTACGAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACa > 1:33773/1‑71 (MQ=255) gCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:3178849/1‑71 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:1144665/1‑70 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa < 1:3566946/70‑1 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc < 1:2717478/71‑1 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc < 1:2874417/71‑1 (MQ=255) aTCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTaga < 1:203686/60‑1 (MQ=255) aTCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTaga < 1:919007/60‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTagag > 1:1795913/1‑58 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:3408802/71‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2134927/71‑1 (MQ=255) tACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAgg < 1:1200755/71‑1 (MQ=255) tACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAgg < 1:640487/71‑1 (MQ=255) cAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:1891773/66‑1 (MQ=255) cAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2557084/66‑1 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc > 1:1876565/1‑61 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:51735/1‑71 (MQ=255) 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aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:1521077/70‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATAc < 1:3728057/71‑1 (MQ=255) taGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt < 1:2371790/63‑1 (MQ=255) aaGGTAAGGGTAATTGTCACGCTACCGGCGGAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATAcc < 1:2900353/71‑1 (MQ=255) aGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCg > 1:76873/1‑71 (MQ=255) ggTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGt > 1:2738827/1‑71 (MQ=255) ggTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGt < 1:1404292/71‑1 (MQ=255) cAGTGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:830142/70‑1 (MQ=255) cAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa > 1:2874364/1‑64 (MQ=255) cAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCa > 1:1235896/1‑71 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3058917/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3008188/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:2498347/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:981753/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:2170609/69‑1 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCa > 1:3488319/1‑70 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAg > 1:3177005/1‑52 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata > 1:1217826/1‑71 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAgg > 1:2908011/1‑38 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:562294/1‑39 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGa > 1:579410/1‑39 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:386238/61‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |