Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 312,642 | G→A | 8.8% | Y77Y (TAC→TAT) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 312,642 | 0 | G | A | 8.8% | 410.9 / 20.3 | 136 | Y77Y (TAC→TAT) | acrB | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/74); new base A (8/4); total (58/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCACTGTTTTC > minE/312573‑312711 | cGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATg > 1:2575464/1‑70 (MQ=255) cGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATg < 1:3094677/70‑1 (MQ=255) gCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:3178849/1‑71 (MQ=255) gCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:1490258/1‑71 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa > 1:1144665/1‑70 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTa < 1:3566946/70‑1 (MQ=255) cATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc < 1:2874417/71‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2134927/71‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2076713/71‑1 (MQ=255) aGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:3408802/71‑1 (MQ=255) tACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAgg < 1:640487/71‑1 (MQ=255) tACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAgg < 1:1200755/71‑1 (MQ=255) ccAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACGCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGtt < 1:2155597/71‑1 (MQ=255) cAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCa < 1:2557084/66‑1 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTAc > 1:1876565/1‑61 (MQ=255) aGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:51735/1‑71 (MQ=255) gACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:1523062/1‑70 (MQ=255) gACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc < 1:2758741/71‑1 (MQ=255) gACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3319888/1‑71 (MQ=255) aCTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:93835/1‑70 (MQ=255) aCTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:2039442/1‑70 (MQ=255) cTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa < 1:2061349/71‑1 (MQ=255) tCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGtt < 1:2767310/65‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt > 1:1652470/1‑65 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa < 1:1442003/68‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:1621565/70‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:1616987/70‑1 (MQ=255) aaaGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATAc < 1:3728057/71‑1 (MQ=255) taGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTAt < 1:2371790/63‑1 (MQ=255) aGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCg > 1:76873/1‑71 (MQ=255) ggTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGt > 1:2738827/1‑71 (MQ=255) ggTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGt < 1:1404292/71‑1 (MQ=255) cAGTGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:830142/70‑1 (MQ=255) cAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa > 1:2874364/1‑64 (MQ=255) cAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCa > 1:1235896/1‑71 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:981753/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATc > 1:3008188/1‑59 (MQ=255) aGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:2170609/69‑1 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAg > 1:3177005/1‑52 (MQ=255) gggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata > 1:1217826/1‑71 (MQ=255) ggTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATa < 1:386238/61‑1 (MQ=255) gTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa > 1:2172799/1‑58 (MQ=255) aTCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTa < 1:3700416/51‑1 (MQ=255) aTCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTg > 1:3101348/1‑71 (MQ=255) tCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCg > 1:104342/1‑59 (MQ=255) cTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGt > 1:2190386/1‑70 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc > 1:1137642/1‑59 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTc > 1:3421168/1‑70 (MQ=255) gCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTc > 1:3525639/1‑70 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCt > 1:2218531/1‑65 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTg < 1:738254/66‑1 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGt < 1:2435987/67‑1 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGt < 1:1882583/67‑1 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGt < 1:1629868/67‑1 (MQ=255) cACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTc < 1:3539866/69‑1 (MQ=255) cACGCTACCGGCGGAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATACCGtt > 1:3112617/1‑57 (MQ=255) aCGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGAt < 1:3470332/71‑1 (MQ=255) aCGCTACCGGCGGAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATAGATACCGTTCATATTCTGTTCGAt < 1:3909656/71‑1 (MQ=19) gTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAAc > 1:2965456/1‑71 (MQ=255) tACCGGCGGAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATa > 1:2835802/1‑47 (MQ=16) tACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAAcc > 1:3726382/1‑71 (MQ=255) ccGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCtgt < 1:602086/71‑1 (MQ=255) ccGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCtgt < 1:2066195/71‑1 (MQ=255) gcggAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTgcgt > 1:408035/3‑71 (MQ=21) gcggAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTgcgt > 1:1941906/3‑71 (MQ=21) gTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTgtgt < 1:1813060/71‑1 (MQ=255) gTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTgtgt < 1:3464463/71‑1 (MQ=255) cggAATCGCTGGTGGAGGACATATACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTgcgt > 1:1819625/2‑70 (MQ=255) ggAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGa > 1:990760/1‑38 (MQ=255) gAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCa < 1:2885434/70‑1 (MQ=255) gAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCAc > 1:1773381/1‑71 (MQ=255) aGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCAcc < 1:802943/71‑1 (MQ=255) tCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:3598410/42‑1 (MQ=255) tCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATAtt < 1:1856524/47‑1 (MQ=255) cACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGtt < 1:2643291/51‑1 (MQ=255) aCTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCgtg < 1:3068805/70‑1 (MQ=255) aCTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCgtg < 1:1065346/70‑1 (MQ=255) aCTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCgtg < 1:1075688/70‑1 (MQ=255) tGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTc < 1:3591114/38‑1 (MQ=255) tGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTcc > 1:1747006/1‑71 (MQ=255) tGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTcc > 1:2684014/1‑71 (MQ=255) gTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata < 1:2252912/40‑1 (MQ=255) gTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata < 1:730413/40‑1 (MQ=255) gTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCata < 1:729273/40‑1 (MQ=255) ttAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTcc < 1:3427591/69‑1 (MQ=255) ttAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTg < 1:2326700/71‑1 (MQ=255) ttAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTg < 1:2407123/71‑1 (MQ=255) ttAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTg > 1:1333341/1‑71 (MQ=255) gtggagGACATATACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGCGTCACCGTATCCTg > 1:3111717/4‑71 (MQ=25) gtggagGACATATACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGCGTCACCGTATCCTg < 1:512134/68‑1 (MQ=25) tAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTg > 1:290465/1‑70 (MQ=255) agagGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGtt > 1:2662229/1‑44 (MQ=255) agagGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCa > 1:541248/1‑71 (MQ=255) ggACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCACTg < 1:1190008/71‑1 (MQ=255) aCATGGACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTTTTCGATAACCtgt < 1:2132310/50‑1 (MQ=39) cATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGAt > 1:723729/1‑42 (MQ=255) cATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCACTGttt < 1:248404/71‑1 (MQ=255) cATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCACTGttt < 1:1026371/71‑1 (MQ=255) tGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAAc < 1:28957/43‑1 (MQ=255) tGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCACTGTTTTc < 1:1535085/71‑1 (MQ=255) | CGCATCAGTACCAGACTCAAAGGTCAGGGTGATCTGCACGGTACCCGTGGAGTCACTGTTAGAGGACATGTACATCAGGTTATCGATACCGTTCATATTCTGTTCGATAACCTGTGTCACCGTGTCCTGCACTGTTTTC > minE/312573‑312711 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |