| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 350,279 | G→A | 38.9% | intergenic (+6/‑94) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 350,279 | 0 | G | A | 38.9% | 54.9 / 72.9 | 72 | intergenic (+6/‑94) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/29); new base A (15/13); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
GTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGA > minE/350212‑350346 | gtgAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa < 1:215902/69‑1 (MQ=255)gtgAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa < 1:692271/69‑1 (MQ=255) aaTATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa < 1:1076892/66‑1 (MQ=255) aaTATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTa > 1:2153443/1‑71 (MQ=255) tataAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 1:3029324/1‑71 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 1:3553564/1‑69 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa < 1:1865703/71‑1 (MQ=255) accAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGAc < 1:2512668/68‑1 (MQ=255) cAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCAATTCAGACAAt > 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1:1412183/71‑1 (MQ=255) gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCtttttt < 1:1162320/59‑1 (MQ=255) gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:1135199/70‑1 (MQ=255) tttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGtt < 1:1637196/71‑1 (MQ=255) ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAgg > 1:688928/1‑60 (MQ=255) aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACaa > 1:3312384/1‑46 (MQ=255) aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:425471/66‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:3191567/66‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg < 1:1913688/70‑1 (MQ=255) cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCa < 1:252697/71‑1 (MQ=255) cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc < 1:189839/70‑1 (MQ=255) 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1:2277899/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt > 1:3778981/1‑71 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:3445929/70‑1 (MQ=255) aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:2561935/1‑70 (MQ=255) aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1509446/70‑1 (MQ=255) aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:650757/70‑1 (MQ=255) aaaCTTAACGCTATTCAGACAATGCTTTATTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1939964/69‑1 (MQ=255) aaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTc < 1:3424141/70‑1 (MQ=255) cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCGGCTAAGTTGGCAggg > 1:2597525/1‑48 (MQ=38) cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa < 1:3807339/71‑1 (MQ=255) gTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGa > 1:495067/1‑70 (MQ=255) gACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg > 1:39536/1‑40 (MQ=255) | GTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGA > minE/350212‑350346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |