| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 350,336 | C→T | 56.6% | intergenic (+63/‑37) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 350,336 | 0 | C | T | 56.6% | 18.5 / 62.1 | 53 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/10); new base T (10/20); total (23/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > minE/350267‑350401 | ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:2988425/71‑1 (MQ=255) cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGa < 1:2277899/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt > 1:3778981/1‑71 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:3445929/70‑1 (MQ=255) aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:2561935/1‑70 (MQ=255) aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1509446/70‑1 (MQ=255) aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:650757/70‑1 (MQ=255) aaaCTTAACGCTATTCAGACAATGCTTTATTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1939964/69‑1 (MQ=255) aaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTc < 1:3424141/70‑1 (MQ=255) cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa < 1:3807339/71‑1 (MQ=255) gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:305656/68‑1 (MQ=255) gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:3619856/68‑1 (MQ=255) gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:2016486/68‑1 (MQ=255) gTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGa > 1:495067/1‑70 (MQ=255) taaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaaa < 1:328776/69‑1 (MQ=255) gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt < 1:1167423/59‑1 (MQ=255) gCTAATCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGAACGTGTTGTCCGAATTCa > 1:631054/1‑62 (MQ=255) tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaaa > 1:3710169/1‑65 (MQ=255) tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:2074626/1‑70 (MQ=255) tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:698959/1‑70 (MQ=255) tCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAt < 1:635032/70‑1 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAttt > 1:3142392/1‑70 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:2653885/65‑1 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:3429189/52‑1 (MQ=255) ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCg < 1:3579914/55‑1 (MQ=255) ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCACGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:3246260/1‑70 (MQ=255) ttttAGGGCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAg > 1:616534/1‑51 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:1987454/1‑42 (MQ=255) tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:2998672/59‑1 (MQ=255) tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa < 1:3913269/70‑1 (MQ=255) tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAtt < 1:2741989/70‑1 (MQ=255) tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTa > 1:2338811/1‑71 (MQ=255) aGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc > 1:1724961/1‑39 (MQ=255) cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2511940/53‑1 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg > 1:2756457/1‑71 (MQ=255) aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg < 1:1372101/70‑1 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:3418335/70‑1 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:2410346/70‑1 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:164968/70‑1 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:1027097/1‑70 (MQ=255) gCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:659287/71‑1 (MQ=255) cAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAt > 1:2452509/1‑71 (MQ=255) aGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAtt > 1:1429728/1‑71 (MQ=255) aGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAtt < 1:3230661/71‑1 (MQ=255) ggggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg > 1:1341620/1‑71 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCCGAATTGAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTgg > 1:944811/1‑71 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTgg < 1:3124263/71‑1 (MQ=255) ggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaa < 1:1099558/39‑1 (MQ=255) cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:690157/36‑1 (MQ=255) cGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAg > 1:252803/1‑71 (MQ=255) gtgtTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAgg > 1:1462639/1‑71 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAttt > 1:1804021/1‑57 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:1342100/1‑71 (MQ=255) | CCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > minE/350267‑350401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |